《大偵探皮卡丘》電影正片結束後，沒有片尾彩蛋(即片尾畫面)，不過片尾字幕有不少致敬原漫畫對比的角色。
而在《大偵探皮卡丘》電影中有不少「精靈寶可夢」遊戲的彩蛋，不管是60多個神奇寶貝現身劇中，還是訓練師拿精靈球抓寶等，但這些趣味的彩蛋都比不上在結局最後倒數的時間，突然安排的一個大彩蛋來得驚喜(道元先賣關子，如還未看過電影的影迷，請看到下一段結束即可。)
接著道元將解析部分劇情及這個結局大彩蛋的安排，如未觀影，建議觀影后，再來閱讀以下的內容。
電影大偵探皮卡丘彩蛋分析
1. 皮卡丘的配音。皮卡丘的美版配音為瑞安·雷諾茲，曾是死侍的主演，這個相信大家都知道，而皮卡丘的國語配音由雷佳音擔任，鑑叔發現非常巧合的是兩個人的中文名字中都有「雷」字。除此之外，皮卡丘的日語配音你知道是誰嗎?其實是主演過《笑顏的法則》的演員西島秀俊。
2. 皮卡丘是公的，小智那隻也是公的。儘管大偵探皮卡丘的電影裡皮卡丘的配音都是男性，而小智的皮卡丘配音為女性大谷育江，但實際上兩隻皮卡丘都是公的，皮卡丘的雌雄可以從尾巴上區分出來，雄性皮卡丘尾巴尖端是平的，而雌性皮卡丘的尾巴處是心形的。
3. 除了皮卡丘之外，男主蒂姆也非常受到人們的關注，他的演員名為賈斯提斯·史密斯。不知道大家是不是對這張臉有點熟悉的感覺，卻又想不起來在哪看過?實際上去年上映的《侏羅紀世紀2》裡有他出演的配角富蘭克林，順便一提，他憑藉那部電影入圍了入圍第39屆金酸梅獎最差男配角獎，驚不驚喜，意不意外?
4. 劇情其實與小智有聯繫。儘管官方一再聲稱，這部電影裡將不會出現小智，這隻皮卡丘也不是小智的那隻，但我們可以看出來劇情其實與小智是有聯繫的。因為預告片中胖丁手裡的那隻話筒其實是TV版中胖丁從小智包裡翻出來的畫筆。
5. 火伊布很有可能是通過了時空傳送。預告片中的火伊布憑空出現在了畫面中，而旁邊則是有著時空二神帕路奇亞、帝牙盧卡的雕像，這意味著火伊布很有可能是通過了時空傳送，從別的時空來到了這個世界。
6. 皮卡丘極有可能與超夢展開了激烈戰鬥。預告片中劇情比較碎片化，但我們可以看得出來皮卡丘在巨大皮卡丘氣球附近使用了招式，而超夢在皮卡丘氣球爆開後霸氣登場，這裡可以猜測到的是超夢極有可能與皮卡丘展開了戰鬥，而按照以往的套路來講，超夢說不定是反派角色或是被反派控制了。
7. 儘管大部分小夥伴對於神奇寶貝的回憶還停留在初代的151隻之上，但實際上目前的神奇寶貝數量已經達到了809隻，而《大偵探皮卡丘》中從第一世代到第七世代的精靈均有登場，第七世代登場精靈為睡睡菇。