市場定位不同
對於科創板與創業板的差異與關係，中國證監會有明確表態，即創業板與科創板都承擔著資本市場服務創新發展和經濟高質量發展的戰略任務，兩個板塊各具特色、錯位發展。
科創板面向世界科技前沿、面向經濟主戰場、面向國家重大需求，主要服務於符合國家戰略、突破關鍵核心技術、市場認可度高的科技創新企業。創業板主要服務於成長型創新、創業企業，支持傳統產業與新技術、新產業、新業態、新模式深度融合。
根據深交所制定的《創業板企業發行上市申報及推薦暫行規定》，堅守創業板定位，結合以高新技術產業企業和戰略性新興產業企業為主的板塊特徵，設置行業負面清單，原則上不支持房地產等傳統企業在創業板上市。
中信證券首席策略分析師秦培景也指出，創業板更多在於培育和推動成長型中小企業成長，是支持國家自主創新核心戰略的重要平臺，是培育自主創業型中小企業的搖籃。
以首批上市的18隻註冊制發行的創業板新股為例，過去3年，這18家公司營業收入和淨利潤的平均複合增長率分別達到31.8%和42.6%。其中，捷強裝備、鋒尚文化、藍盾光電和南大環境近3年淨利潤複合增速超過70%。18家新上市的創業板公司淨資產收益率中位數為29.65%，高出科創板公司中位數1.3倍，高出創業板上市公司中位數2.9倍，高出A股全部上市公司中位數3倍。
因此，毫無疑問，高成長性已經成為創業板最為顯著的標記。
再看科創板，肩負科技興國的重任，開板1年來誕生了一批掌握硬科技的公司。例如，中國內地技術最先進的集成電路晶片製造企業中芯國際、新冠疫苗第一股康希諾、全球智能晶片領域的先行者寒武紀。這些公司的顯著特點是——都有著極高比例的研發投入。
制度細節有差異
8月24日開始，創業板全面實施註冊制，在諸多交易制度方面向上交所科創板看齊。
例如：新股上市前5個交易日不設漲跌幅限制，5個交易日後漲跌幅限制比例由之前的10%提高至20%，。創業板已經上市的股票、基金等，競價交易也實行20%的價格漲跌幅限制。新的交易制度還增加臨時停牌機制，在無漲跌幅限制下，較開盤首次上漲、下跌達到或超過30%和60%的，各停牌10分鐘。
創業板註冊制實施之後，部分股票名稱中可能會出現字母標誌，比如「N」「C」「U」等，其中N代表股票上市首日，C代表股票上市後次日至第5日，U表示該公司尚未盈利。此外，這次改革還引入了盤後定價交易方式，增加了連續競價期間「價格籠子」，設置單筆最高申報數量上限等等。