據估計最初的傳染病在比較近的人類歷史晚期才出現。傳染病是隨著人類歷史的巨大變革——農業和畜牧業形成而出現的，這發生在12000年前的中東。此前幾十萬年時間裡，人類都只是狩獵者和採集者，都是以機動的小群體為單位生活著，他們之間很少能相互碰到，這也讓疾病很難傳播開來。
農業尤其是畜牧業——也就是通常所說的「新石器時代」，在兩個方面改變了人們生活的格局：在村莊和城鎮中，人們越來越密集而且活動範圍日益縮小，疾病的傳播可以很快，尤其是人們的日常生活中經常接觸動物，這些活物傳播的突變病毒是一些重大疾病的罪魁禍首。最新的例子就是2019年12月暴發的新冠肺炎。
古埃及、古希臘和羅馬帝國都經歷過多次鼠疫。這種可怕傳染病最臭名昭著的一次大流行，出現在14世紀中葉，被稱為「鼠疫大瘟疫」或「黑死病」。
1346年蒙古人圍攻卡法（今天的菲奧多西亞），這是克裡米亞半島的一座港口城市，熱那亞人將其作為貿易的一個中轉站。蒙古士兵有些人感染了鼠疫，而一些老鼠也將鼠疫傳染給了義大利人。雙方力量都遭到了極大削弱，不得不籤訂停戰協議。熱那亞人乘船離開，也隨船帶走了災難。鼠疫隨後登陸到了君士坦丁堡和馬賽。不過很長一段時間這種病不見了蹤影，而民眾也沒能獲得免疫能力。
在三四年後，死亡卻以可怕的方式蔓延開來：在整個歐洲、北非、中東等地。死亡人數實在是太多了：有四分之一至三分之一的歐洲人失去了性命。
隨後，災難差不多每10到15年就會降臨歐洲，有時是一個地區，有時是一個城市。1665年倫敦暴發鼠疫，有近五分之一的居民染病死亡。
▲中世紀，黑死病蔓延的歐洲大陸上，出現了一款填著植物香料的鳥嘴形面具。
1720年，一艘裝滿東方絲綢和珍貴面料的船抵達馬賽。面料裡有很多感染了鼠疫的跳蚤。一兩個月後疫情在馬賽港暴發，整個普羅旺斯地區都受到衝擊。當局十分重視，全普羅旺斯都被隔離了。軍隊設置路障並向試圖衝過來的人射擊。人們遠遠地向那些未經允許靠近的人丟擲東西。
為了保護教皇居所，教廷在沃克呂茲山周邊壘起了長達36公裡的石頭牆，還布置了哨所和衛兵，有人不斷在牆內進行巡邏。如今在呂貝龍山區的美麗田野上，還能看到很多石牆遺蹟。
數千年與世隔絕的美洲印第安人，從來沒有與中世紀後肆虐歐洲的各種病毒和病菌接觸過。隨著1492年哥倫布抵達美洲而陸續到來的西班牙人，在不知不覺中給印第安人帶來了「禮物」。如今人們普遍認為，歐洲徵服者能讓強大的阿茲特克帝國崩塌的致命武器就是病菌，天花和麻疹等傳染病前所未有地擊潰了原住民。在歐洲人首先抵達的安的列斯群島的一些島嶼上，20年後就杳無人煙了。很多人認為，美洲大陸的人口因為病菌消失了90%。
而西班牙人從大洋彼岸帶回來更多的罪惡。他們帶著梅毒回來了，從16世紀初梅毒就開始在歐洲蔓延。
在15世紀末、16世紀初美洲發生的事情，在西方航海者陸續發現大洋洲島嶼之後，於18世紀末重演了。船長德布甘維爾和庫克曾認為發現了「善良野蠻人」的天堂，在大溪地或其他太平洋島嶼上。最初在他們路過幾年之後，這些島嶼都變成了荒蕪之地。
霍亂是一種起源於霍亂弧菌的古老疾病，因水手們不注意衛生傳染開來並且會導致急性腹瀉，有時會因為致人幾個小時內脫水而致命。該疾病的來源被認為可能出現在印度恆河谷地，那裡習慣用人的糞便圈肥。
幾個世紀裡這種疾病一直只是在亞洲存在，但是在19世紀末由於全球化、跨國貿易、輪船和鐵路擴散到了全世界。在19世紀初至20世紀中葉，霍亂出現過七次大的疫情（最後一次衝擊到了亞洲、中東、非洲和拉美，歐洲倖免於難）。1832年的第二次霍亂疫情中，倫敦和巴黎受到了嚴重影響。有接近兩萬巴黎人因霍亂死亡，其中甚至包括當時的法國總理佩裡耶。
所有人都聽說過一個世紀之前（1918年至1919年）的流感疫情，據估計當時死亡人數可能在2000萬至5000萬人之間甚至更多。大家也都知道，病毒最早來自美國，隨後才蔓延到了歐洲。
當時為什麼要叫「西班牙流感」呢？很簡單，只是因為當初在世界紛爭中保持中立地位的西班牙，是當時流感登陸歐洲的第一個國家，而且是唯一媒體敢公開談論流感的國家。其他國家都禁止媒體這樣做，以避免讓敵人知悉自己的力量受到了削弱。所有法國、英國、德國等國的媒體，都僅僅說這是一種很遙遠的外來疾病，就是想讓人們相信自己不會受到影響。
很久以前人們就明白免疫的原理，尤其是面對天花時：一旦得過，以後就不會再感染了。由此出現了一種想法，主動讓個體感染弱症病毒就能得到保護。接種技術傳到了奧斯曼帝國，並於18世紀傳到了歐洲。這種技術風險很大，因為人們無法肯定是否會將重症也傳給人。
英國醫生愛德華·詹納（1749年—1823年）找到了辦法。他發現農場女工和農民都不會得天花，他們為了擠牛奶手上都會沾滿牛痘（vaccine）膿皰，而牛痘是奶牛的一種病但對人無害。於是，他從18世紀末開始研發第一批疫苗（vaccin）。
動物感染了我們，動物也挽救了我們。