《火影忍者》即便是已經完結這麼多年，但還是有許多坑沒有填上。一般動漫為了劇情進展，都會為之後埋下許多伏筆，為的便是吸引讀者的興趣，讓劇情充滿趣味性。不過在之後劇情中被填上的才叫伏筆，沒有被填上的只能稱之為坑。火影當中堪稱經典的伏筆不少，沒有填補的坑也不少，那些未解之謎直到現在都沒有給出一個正確答覆，恐怕之後也不會有一個明確的答案。
卡卡西到底長什麼樣，這個問題不光困擾著讀者，同樣困擾著木葉村十二小強。卡卡西從一開始登場便帶著面罩，無論是戰鬥還是日常，而且卡卡西的面罩並沒有什麼其他作用，更像是一個裝飾品，於是所有人想看看卡卡西到底長什麼樣子。在火影動漫中的確有過一集，出現過卡卡西摘掉面具的樣子，不過因為長相太平淡，外加官方也並沒有明確確認，所以很多人都不太相信。
與卡卡西相同的是，誰也沒見過綱手的真正長相。綱手是木葉村三忍之一，三忍成名時是第二次忍界大戰，距離鳴人和佐助那個時期要非常遙遠，這一點可以從同為三忍的自來也身上看得出來，因為他沒有大蛇丸、綱手那種永葆青春的忍術。別看現在綱手的外貌非常年輕態，但她的真實年齡要比想像中的大，在綱手極度虛弱沒有查克拉之後真是的面目會是什麼樣呢？或許沒有人看到過吧。
一樂大叔的真正實力有多強？一樂大叔很多人認為他藏著很強的實力，因為每一次都能在大戰中倖存下來。木葉村建村以來，最大的一次損失便是佩恩入侵木葉村事件，整個村子都被毀於一旦，但是一樂大叔家的拉麵館生意照樣做，絲毫不受影響。外加上一樂大叔自從登場以來，至始至終都是眯著眼，因此有人猜測他是為了防止有人看到他的輪迴眼才這麼做的。一樂大叔究竟有多強呢？可能是個無法解決的問題。
漩渦一族是怎麼消失的？作為千手一族的遠親，漩渦一族的封印術尤其突出。很久以前是沒有人柱力這一種說法，第一任九尾人柱力便是漩渦水戶，同樣也可能是第一位人柱力，其他尾獸的封印，也根據漩渦一族的封印術進行創建和發明出來。而且漩渦與木葉有著密切的聯繫，初代的妻子就是漩渦一族的人。按道理無論哪一方受到進攻，雙方都會互相幫助，但這樣一個超級大族卻悄無聲息地消失了。
身為「忍界之神」的千手柱間，曾經和宇智波斑站在忍界戰鬥力的巔峰，可以說除此之外再無敵手，那問題來了，千手柱間究竟是怎麼領盒飯的呢？在初代與斑的戰鬥中，宇智波斑都能偷偷活下來，作為勝利一方的千手柱間呢？而且他並非慢慢逝去，而是突然就沒了，緊接著便是第一次忍界大戰。這麼一位強大的忍者，身懷萬能的柱間細胞，究竟是怎麼逝去的呢？
隨著《火影》的完結，這些問題可能不會被解決，即便是還有《博人傳》，也不可能再被提起。