子午流注取穴法主要包括「納甲法」、「納子法」和「納絡法」三種。
納甲法
納甲法是根據日天幹開穴，天幹起於甲，故稱納甲法。其原則如《針灸大成》云：「按日起時，循經尋穴，時上有穴，穴上有時。」這個原則說明兩個問題，一是根據時辰開穴，二要循經開穴。
（一）按時推算
根據時幹支的順序推算取穴，它的規律是陽日陽時開陽經之穴，陰日陰時開陰經之穴，這個規律是指開井穴而言的。與此同時：天幹屬陽主進，故天幹由甲→乙→丙→丁→戊→己→庚→辛→壬→癸。地支屬陰主退，故由戌→酉→申→未→午→巳→辰→卯→寅→醜→子→亥。
開井穴的時辰和天幹與值日天幹一致，故甲戌→足竅陰，乙酉→大敦，丙申→少澤，丁未→少衝，戊午→厲兌，己巳→隱白，庚辰→商陽，辛卯→少商，壬寅→至陰，癸亥（癸丑）→湧泉，即陽始丁亥行於醜。
（二）循經開穴
循經開穴是根據時幹配以臟腑陰陽並按照「井、滎、輸、經、合」五行相生的順序來開穴，即每日在開井穴之後，按照陽時開陽經，陰時開陰經的規律和五輸五行相生的順序開穴。歸納起來的要點有「經生經，穴生穴」、「返本還原」、「日乾重見」、「氣納三焦」、「他生我」、「我生他」、「血歸包絡」。下以膽經為例解釋。
經生經，穴生穴——每一天開取井穴後，欲得知以後各個時辰應開的穴，即按「經生經，穴生穴」的原則，如膽經開穴如下。
甲→丙→戊→庚→壬（陽幹）
膽→小腸→胃→大腸→膀胱（經生經）
井→滎→輸→經→合（五輸穴）
金→水→木→火→土（五行，陽井金）
足竅陰→前谷→陷谷→陽溪→委中（穴生穴）
返本還原：子午流注規定，每當開輸穴（第三個穴位）的時候要同時開值日經的「原穴」。例如膽經值日，開陷谷（輸穴）的同時要開膽經原穴丘墟。同樣，肝經值日，開太白（輸穴）的同時開肝經原穴太衝，這就稱為返本還原。
重見及重見穴——天乾重逢就是重見。甲日膽經值日，從甲戌時足竅陰起，接著丙子、戊寅、庚辰、壬午，最後是甲申時，兩「甲」相逢，稱為「重見」，在重見時所開的穴位稱為重見穴。
氣納三焦——三焦主氣屬陽，為陽氣之父，凡是陽經值日，它的重見穴都是三焦經的五輸穴，這種配屬方法的專用名詞稱氣納三焦。
他生我——「他」是指重見穴的五行屬性，「我」指值日經的五行屬性。例如，液門是三焦經的榮穴屬木，膽經屬木，按五行相生為「水竹生「木」，所以叫「他生我」。
我生他——指值日經與重見穴的五行相生關係。「我」指的是值日經，「他」指心包經。例如，肝經值日，五行屬木，重見穴勞官為滎火穴，因木生火，故稱「我生他」。
血歸包絡——心包主血，為陰穴之母，屬陽，凡是陰經值曰，其重見穴都是心包經的五輸穴，這種配屬方法專用名詞為血歸包絡。
甲日膽經值日
時辰：甲戌→丙子→戊寅→庚辰→壬午→甲申（日乾重見）。
時間：19～21時，23～1時，3～5時，7～9時，11～12時，15～17時。
經脈：膽→小腸→胃→大腸→膀胱→三焦（氣納三焦）。
穴別：井→滎→輸→經→合→滎。
穴位：足竅陰→前谷→陷谷→陽溪→委中→液門（水生木即他生我）。
五行：金→水→木→火→土→水。
乙日肝經主氣
時辰：乙酉→丁亥→己丑→辛卯→癸巳→乙未（天乾重現）。
時間：17～19時，21～22時，1～3時，5～7時，9～11時，13 ～15時。
經脈：肝→心→脾→肺→腎→心包（血歸包絡）。
穴別：井→滎→輸→經→合→滎。
穴名：大敦→少府→太白→經渠→陰谷→勞官（木生火即我生
他）。
五行：木→火→土→金→水→火。
關於納甲法的開穴，徐氏逐日按時開穴歌有較為有趣的概括，具體如下。
甲日戌時膽竅陰，丙子時中前谷滎，
戊寅陷谷陽明輸，返本丘墟木在寅，
庚辰經注陽溪穴，壬午膀胱委中尋，
甲申時納三焦水，榮合天幹取液門。
乙日酉時肝大敦，丁亥時滎少府心，
己丑太白太衝穴，辛卯經渠是肺經，
癸巳腎宮陰谷合，乙未勞宮水穴滎。
丙日申時少澤當，戊戌內庭治脹康，
庚子時在三間輸，本原腕骨可祛黃，
壬寅經水崑崙上。甲辰陽陵泉合長，
丙午時受三焦木，中渚之中仔細洋。
丁日未時心少衝，己百大都脾土逢，
辛亥太淵神門穴，癸丑復溜腎水通，
乙卯肝經曲泉合，丁巳包絡大陵中。
戊日午時厲兌先，庚申榮穴二間遷，
壬戌膀胱尋柬骨，衝陽土穴必還元，
甲子膽經陽輔是，丙寅小海穴安然，
戊辰氣納三焦脈，經火支溝刺必痊。
己日巳時隱白始，亭未時中魚際取，
癸酉太溪太白原，乙亥中封內踝比，
丁丑時合少海心，己卯間使包絡止。
庚日展時商陽居，壬午膀胱通谷之，
甲申臨泣為輸木，合谷金原返本歸，
丙戌小腸陽穀火，戊子時居三裡直，
庚寅氣納三焦合，天井之中不用疑。
辛日卯時少商本，癸巳然谷何須忖，
乙未太衝原太淵，丁酉心經靈道引，
己亥脾合陰陵泉，辛丑曲澤包絡準。
壬日寅時起至陰，甲辰膽脈俠溪滎，
丙午小腸後溪榆，返求京骨本原尋，
三焦寄有陽池穴，返本還原似的親，
戊申時註解溪胃，大腸庚戌曲池真，
壬子氣納三焦寄，井穴關衝一片金，
關衝屬金壬屬水，子母相生恩義深。
癸日亥時井湧泉，乙丑行間穴必然，
丁卯輸穴神門是，本尋腎水太溪原，
包絡大陵原並過，己巳商丘內踝邊，
辛未肺經舍盡澤，癸酉中衝包絡連，
子午截時安定穴，留傳後學莫忘言。
子午流注納子法
子午流注納子法是根據地支開穴，具體有以下兩種運用方法。
（一）補母瀉子法
根據《內經》「虛則補其母，實則瀉其子」的治療原則，在某經經氣旺時行瀉法，經氣衰時行補法。例如肺實證，應在肺經所旺的寅時針刺肺經合水穴——尺澤，並行瀉法；肺虛證，則應在肺經始衰時，即卯時針刺肺經母穴、土穴太淵，並行補法。如果補瀉時辰已過或不虛不實的病證，則在該時辰裡取本穴或原穴，行平補平瀉手法。原文是指十二經之原穴，陰經以輸代原，陽經自有一原穴。陽經治原即以治輸，陰經治輸即以治原，原穴有調整臟腑之氣及三焦之氣的作用。本穴指該穴的五行屬性和該經的五行屬性相同，如肺經為金，經渠為金，故肺經的本穴為經渠。
（二）按時循經取穴
它是以一天分為十二時辰，一個時辰分配一經，並不局限於某一時辰內應取某穴，僅是規定了某時辰配合某經在這個時辰裡，該經自起點到終點的各穴都可以適用。如肺經的疾患，均可在寅時選肺經的穴位治療。這種方法的理論依據是明代李梃《醫學入門》，書中云：「手太陰肺經，每朝寅時從中府起，循臂下行，至少商止。手陽明大腸統卯時自商陽起至迎香止。足陽明胃經，辰時自迎香穴交於承泣穴，上行至頭維，對人迎循胸腹下，至足趾厲兌穴止。足太陰脾經，巳時自足陽明交與隱白，循腿腹上行，至腋下大包穴止。手少陰心經，午時自大包交與極泉循臂行至小指少衝穴止。手太陽小腸經，未時自少衝交與少澤，循肘上行，至聽官穴止。足太陽膀胱經，申時自聽宮交與睛明，循頭頸下背腰臀腿，至足至陰穴止。足少陰腎經，酉時自至陰交與湧泉，循腋上行，至胸俞府穴為正。手厥陰心包絡，戌時自俞府穴交與天池，從手臂下行，至中衝穴止。手少陽三焦經，亥時自中衝交與關衝，循臂上行，至耳門穴止。足少陽膽經，子時自耳門交與瞳子髂，循頭耳兩脅下行，至足竅陰穴止。足厥陰肝經，丑時自竅陰交於大敦，循膝股上行，至期門穴為止」。以上所述的流注時間，完全以一天中的12個時辰為主，每一個時辰配合一經，如辰時為胃經所旺時辰，從起點到終點45個穴位均可根據病情選用。
子午流注納絡開穴法
納絡開穴法應歸入子午流注納子法範疇。納子法是在某經旺的時辰裡，從起點到終點的各穴位均可選用。而納絡開穴法是開值時經的絡穴，在此同時開對稱經的絡穴。絡穴聯繫表裡陰陽二經，同時開2個絡穴，能調整4條經脈的經氣，使之恢復正常。臨床多用於氣滯血瘀所致的各種痛證。
例如：某患者於某日9時10分由於風寒之邪阻滯經絡而誘發的落枕就診，此時正好為足太陰脾經值時，故取脾經絡穴公孫（雙側），在取對稱經手少陽三焦經之絡穴外關（雙側），配以足太陽膀胱經之天柱穴（雙側），用瀉法，動留針15分鐘後，頸部活動自如。
靈龜八法
靈龜八法，亦稱為「奇經納卦法」。它主要是將日、時、幹支的4個基數加在一起，然後按陽日被9除，陰日被6除，用其剩餘之數，再找符合九官八卦基數的開穴治病的方法。
靈龜二字，按《爾雅·釋魚》記載，龜可分為十種：「一曰神龜，二曰靈龜，三曰攝龜，四曰寶龜，五曰文龜，六曰筮龜，七曰山龜，八曰澤龜，九曰水龜，十曰火龜」，其中就有一種為靈龜。李時珍說：「在山曰靈龜，皆國之守寶……年至百千，則具五色，而或大或小，變化無常。」劉向《說菀》說：「靈龜文五色，似玉似金，背陰雨陽，上隆象天，下平法地……蛇頭龍脛，左睛象日，右睛象月，千歲之化，下氣上痛，能知存亡吉兇之變。」因此，它既是古代人卜吉兇的神靈，而且最早的文字——古人認為最神聖的卜辭也刻在它的背甲上。《淮南子》說：「牛蹄彘顱，亦骨也，而弗灼，必問吉兇於龜者，以歷歲久矣。」可見龜的長壽引起人們的頂禮膜拜，它和龍鳳麒麟被譽為古代的四靈。 《周易通義》釋：「靈龜，代指財寶，財富。」晉代葛洪《抱樸子》一書記裁：「千歲靈龜……以羊血浴之，乃剝取其甲，火炙搗服與寸匕，日三，盡一具，壽千歲。」可見靈龜的含義有二：其一說明靈龜八法有神靈變化之功；其二是把此法視為財寶，以喻其珍貴。
八法是指奇經八脈交會的8個穴位和太極陰陽、河圖、洛書、九宮、八卦相配的八種關係。
書經云：「禹王治水時，於洛水見理龜，負文於背，有數九，禹遂因而第之，以成九疇。"洛書取龜形，其數為載九履一，左三右七，二四為肩，六八為足，而五居中，即九宮數。八卦是用自然界的天地、水火、風雷、山澤等名詞為基礎，而分出乾為天、坤為地、坎為水、離為火、巽為風、震為雷、艮為山、兌為澤的八種關係。易經曰：「由太極生兩儀，兩儀生四象，四象生八卦」，「仰則現象於天，俯則觀法於地，觀鳥獸之文與地之宜，近取諸身，遠取諸物，於是始作八卦，以通神明之德，以類萬物之情」。八法就是運用九宮、八卦配合手足部位的八穴，結合奇經八脈來按日按時開穴的一種方法，也稱為「奇經納卦法」。在《針灸集成》、《東醫寶鑑》又被稱為「予午八法」。
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