很多人問，磕頭為什麼有功德呢? 這是有原理依據的，這些都是佛陀的智慧看見的。
有什麼樣的原理呢?人的身體和心態有非常密切的關係，身體的狀況直接影響心理狀態。身體虛弱的，就會煩躁、分別念多、易生氣; 身體強壯的，會很容易生起貪慾心; 身體肥胖的，會非常貪睡、愚痴心增上。佛陀用智慧觀察的時候，人的身體狀況和心態、氣脈都看的清清楚楚。所謂的氣就是心的動態，心和氣是一體的，如果身體哪個部位的氣不通暢，心態也會發生相應的變化。
我們身體的中間有一個中脈，中脈直通到梵穴，中脈埠的大小直接影響人的智慧。中脈埠開的越大，智慧越大、記憶力越好、理解能力越強; 開的小，各方面的能力都較差; 如果特別小，就像傻瓜一樣。一般旁生沒有這個口，都是關閉的，所以它們特別笨。人的頭是向上的，旁生的頭是向前的，地獄餓鬼的頭都是向下的。聰明還是愚笨，和頭上的脈開不開有非常大的關係，這些佛陀全部看得一清二楚。
我們都是業障深重的眾生，該開的智慧脈不開，不該開的脈都開了。如果對輪迴生起厭煩心，對眾生生起菩提心，這些脈就都不一樣了。科學說如果我們大腦某個部位的脈斷了，眼睛就看不見了，耳朵也聾了，和這個說法有點相似。續部裡講：人的心在心間，心在各種脈裡面流動的時候，會生起分別念。煩惱心態生起的時候，密續稱業氣;智慧、慈悲、出離心、信心生起的時候，稱智慧氣。這兩種不同的氣在哪裡流動呢?在脈裡流動，我們修寶瓶氣的目的就是為了打開這些脈結。脈風明點的修法就是因為知道了這些秘密，所以利用身體的某些動作、氣的關要，逼迫關閉煩惱氣走行的脈，讓智慧氣的脈全部打開，脈風明點的修法是這樣修的。
磕頭，也有開脈的功效。我們的菩提心脈堵的特別嚴重，出離心的脈更是如此，現在通過磕頭的方法將這些脈打開，脈開了，出離心、菩提心自然就有了。表面看來，磕頭之所以有功德是因為對佛有信心，因為磕頭特別累呀，忍受這樣的苦行所以有功德。其實，這是膚淺的說法，真正的密意在於：做這些動作的時候，佛陀以智慧的眼睛看見智慧氣的脈開了、業障氣的脈關閉了，所以磕頭具有功德的原理在這個地方。一般漢地人都是上過學的，對原理上面比較喜歡聽，所以我們講一下它的原理。
當然，排九節佛風，這兩個閉上(大拇指按住無名指根部)，還有大腿根部、腋下這兩個地方都閉上，做金剛跏趺坐，這樣做的時候，業障的氣全部關斷，然後非常用力的排九次氣，不讓業氣往其它地方走，逼迫它從鼻子裡出來，出來就沒有了嘛，辦法是這樣的。九節佛風有其殊勝的關要，我們根本不知道秘密在這個地方。
磕頭的動作需要標準，不能自己創造，這樣才具有功效。關於開脈，密乘有自己的說法，中間我們有四輪或者五輪三脈，五輪三脈當中有很多的脈結。從肚臍下面兩個脈結開始，到頭頂共有二十個結。臍下開兩個結，我們進入資糧道，再上面開兩個結進入加行道，再上面開一個結，見道，再上面開一個結，修道，這些都是一個一個增上。
這是什麼原理，為什麼脈會這麼障礙?如果你是一位通達密宗的人，就會覺得非常有道理。我們的心識是什麼?心識是如來藏，因為外面的障礙，中陰身的時候，心識和父精母血融合在一起，變成現在這個身體，迷亂的身體依靠它，同時，智慧的如來藏也是在那裡，但如來藏絕對不能依靠有漏的身體，它依靠殊勝的光脈，有漏身體的脈在外面，如來藏可以說是在裡面。
如來藏，其實就是一種智慧的部分，身體障礙的原因，它受了很大的影響，所以，它的功能發揮不出來。佛陀知道這個原理，讓我們做各種各樣的動作，還有氣的關要，使不通的地方都讓它通暢。所謂的通，就是智慧可以發出來。當然這些脈結用儀器肯定是看不到的。
那這些脈到底有沒有?實際上有也不是，沒有也不是，有無都不能說。這樣觀想的話，它就有，不觀想的時候沒有。有的話，氣脈的作用也是真有，現在的肉體變成了智慧的身體——虹身、大遷轉身，就是因為有這樣的辦法。現在我們雖然不太知道，也可以說不太需要知道，目前還不到時候，但是原理就是這樣的。所以磕頭有非常大的功效，不但身體健康上面有效果，如果是脈通了，出離心、菩提心、智慧這些都開了。以上是按照藏醫和佛陀續部講的。
治病要找到病根，藏醫和密續一致認為，眾生疾病產生的根源都是來自貪嗔痴三毒。所有的寒病都是貪慾心引起的，所有的熱病都是嗔恨心引起的，貪心嗔心的根本在愚痴心上面，如果把這三個消除了，所有的病就徹底好了。現在西醫也發現，患者康復狀況和心態有著極大的關係。所以貪心和嗔心減少了，我們的身體絕對是健康的，如果徹底沒有了，我們就會像佛陀一樣，沒有任何疾病。
因為磕頭可以通脈，脈通氣就通，氣通能夠控制明點，能控制明點的話，永遠不會衰老，這些我們都是能夠做到的，想不想做是個人的事了。我們不需要尋找其他健身的辦法，這是最好的辦法，其他的辦法說不好還有副作用呢!佛陀是遍知，他想出的辦法絕對不會有副作用。