退役自行車選手阿金，變性人阿花和離家少女美由紀是東京街頭無家可歸的流浪漢。一次偶然的機會，他們發現了一個被遺棄的嬰兒，在給嬰兒尋找父母的過程中，他們經歷了一連串的奇妙事件……
在日本這個二次元文化高度發達的國家，誕生了一大批享譽世界的動畫大師。
無人不曉的宮崎駿、特立獨行的押井守、蒸汽朋克的大友克洋……可謂人才濟濟，大師輩出。
而大友克洋的徒弟今敏，憑著自己獨特的藝術風格，在群星璀璨中佔有了一席之地。
今敏是一位才華橫溢的動畫導演，從他從事漫畫事業開始，他的畫稿就已經具有了生動的電影性。
眼花繚亂的蒙太奇手法和多層敘事結構、天馬行空的視覺想像力和高級的畫面轉換技藝, 可謂出神入化、嘆為觀止。
他的作品迷幻、矛盾、游離於夢境與現實，但從來沒有脫離人性的主題。
雖然執導的動畫電影僅有《未麻的部屋》、《千年女優》、《東京教父》和《紅辣椒》4部，但每一部都是精品。
甚至大導演諾蘭都要向他借鑑靈感。
如果不是因為在46歲英年早逝，他很可能創造日本動畫的另一個巔峰。
在執導電影《東京教父》之前，今敏已經執導過兩部電影（《未麻的部屋》、《千年女優》），虛實交融、多重敘事、炫目多彩的風格讓人耳目一新。
在《東京教父》中，今敏收起了花哨的技術，嘗試用一種更平民化的敘事方式。
它沒有《未麻的部屋》的灰暗恐怖、沒有《千年女優》的虛實交融，也沒有《盜夢偵探》的色彩瑰麗與形式繁複，但它卻是今敏導演作品中，最最溫柔爆笑的一部。
聖誕前夕，東京街頭洋溢著節日的歡樂氣氛。
教堂裡人滿為患，孩子們唱著聖歌，臺下的觀眾卻打著瞌睡，心不在焉──無家可歸的流浪漢們，只求教會快點講完，好拿到免費提供的食物，度過這個難熬的夜晚。
退役自行車選手阿金，變性人阿花領了食物，還給離家少女美由紀也領了一份。
三人在街頭用紙板搭起了一個小房子，組成了遮風避雨的家。
為了給美由紀準備一份聖誕節禮物，他們在垃圾堆中翻找著，卻意外在那裡發現了一個嬰兒。
儘管一無所有，但三個人還是把嬰兒抱了回去，並給她起名叫清子，寓意純潔善良。
阿花想留下孩子，雖然自己不能生養，她卻有顆母愛泛濫的心。更何況，阿花也是一個被家人拋棄的孤兒。
阿金和美由紀卻執意要將孩子交給警察，自己都吃不飽飯，拿什麼來餵養孩子？
無奈之下，阿花妥協了。那就明天再交給警察吧，起碼讓她過完這個聖誕節。
晚上，阿花輾轉反側，她怎麼也想不明白，為什麼會有父母拋棄自己的孩子，他們本該是他們的一生摯愛啊。
於是她還是決定幫孩子找到父母，當面質問他們為什麼這樣做。
唯一的線索就是孩子襁褓中那把儲物櫃的鑰匙，他們找到了柜子，在裡面找到了孩子父母的合照和一張孩子母親在夜總會工作的名片。
他們決定坐電車過去，不料路上去遇到了美由紀的父親。他大聲叫喊著女兒，美由紀卻倉皇跳車逃跑。
接著，他們遇到一個身處險境的大叔，他的車輪陷入雪地裡，下車查看時忘了拉手剎，車子壓在了身上。
大叔不是普通人，他是東京著名的黑社會老大。今天是他女兒的婚禮，而清子母親工作的那家夜總會正是自己的女婿開的。
他們坐上黑幫老大的車到達婚禮現場，阿金看到新郎後驚呆了——多年前自己因欠下高利貸，害得自己家破人亡，而催債的人正是他。
阿金怒火中燒，正打算上前教訓新郎，一名殺手突然出現，持槍射擊黑幫老大，卻擊中了上前掩護的新郎。
慌亂之中槍手挾持了美由紀和清子逃之夭夭。
阿花拼命追趕，阿金卻放棄了。阿金覺得，我們是流浪漢，抓犯人的工作還是交給警察吧。
兩個人產生了分歧，大吵一架後，阿花生氣的去找清子去了。阿金心中憤懣，覺得自己像個沒用的垃圾，只得借酒消愁。
他拿著酒瓶搖搖晃晃的走在大街上，遇到的奄奄一息的老頭。
臨死前，老頭祈求阿金滿足自己的一個願望：把阿金喝剩下的酒給自己喝一口。
阿金把他搬到他的住處，在那裡他發現了一張海報，上面印的正是清子父母合影中的那棟樓。
阿金正要離開，幾個街頭混混突然出現，對他一頓暴打，阿金昏倒在街上。
與此同時，美由紀被槍手帶到家裡，交由他的家人照顧。
他們熱情的招待美由紀，雖然語言不通，美由紀還是拿出了珍藏的照片，把自己的故事講給他們聽。
美由紀的父親是一名警察，因為弄丟了美由紀養的名叫天使的小貓，被情緒失控的她刺傷。美由紀走投無路，只好離家出走。
阿花通過孩子餓哭聲找到了美由紀，她們一起打車去找阿金，結果卻找到了向阿金討酒喝的流浪漢的屍體。
天色已晚，阿花決定去自己以前工作的酒吧過夜。之前因為和客人發生衝突，阿花一氣之下選擇離開。
但是老闆並沒有生阿花的氣，反而熱情的接納了他們。沒想到阿金也在這裡，他被酒吧的工作人員發現後帶到這裡。
第二天，他們根據海報上的地址找到了清子父母的家，但是這裡已經變成廢墟。
好在他們找到了清子父母的新地址。在尋找線索的過程中，美由紀發現了父親刊登在報紙上的消息：天使已經回來了。
美由紀悄悄收起報紙。在那個飄著雪花的夜晚，她獨自來到電話亭，一手拿著話筒，一手緩緩地撥出家裡的電話號碼。像彩排一樣，嘴裡不斷念叨著︰「喂，我是美由。」
她的雙手因緊張而顫抖，她害怕父親不會原諒自己的任性與不辭而別。
電話終於接通了，聽筒傳來熟悉的聲音：「你好，我是石田。」聽到許久不見的爸爸的聲音，美由紀瞬間無法呼吸，剛剛排練好的話，怎麼也說不出來。
美由紀深感愧疚，隻字片語也無法傳達自己的痛苦，慌張地掛了電話，在電話亭裡放聲哭泣。
晚上阿花突然病倒，在醫院裡，阿金突然碰到了自己的女兒。
阿金也是個酗酒、賭博的不稱職父親，在欠下高利貸，丟下妻子和女兒逃走了。作為父親，他從未盡到父親的責任，一直以來，他對自己的所作所為感到羞愧。
然而女兒卻已經原諒了父親。她告訴父親，自己馬上結婚了，希望父親能夠參加自己的婚禮。
當阿花明白了阿金做了什麼，她狠狠的罵了他一頓，然後帶著清子和美由紀離開了。
雖然阿花心裡喜歡阿金，但是她知道，家庭才是阿金最好的歸宿。
她給美由紀講了一個故事：從前有個很想和人類相處的赤鬼，但是人類出於恐懼，沒人敢接近他。這件事讓青鬼知道了，於是他故意欺負人類，然後讓赤鬼出來解救，赤鬼最終和人類走到一起，而青鬼怕事情敗露，悄悄的離開了。
阿金的女兒已經原諒了他，他就失去了繼續流浪的理由。她不想讓阿金面臨左右為難的選擇，於是她選擇當那個青鬼，主動從阿金身邊離開。
已經折騰的夠多了，阿花和美由紀打算把孩子送到警察局。在經過一座大橋時，他們碰到了一個輕生的女子，正巧她就是清子的母親幸子。
幸子說自己的丈夫趁自己不在家，把孩子扔掉了。阿花看到幸子痛哭流涕的樣子，就把孩子交給了她。
阿金在病房裡看著電視，電視上播放的是尋找清子的啟事，奇怪的是尋找清子的並不是幸子。
他拿著手中的地址找到清子的父親，原來孩子是幸子偷來的，她丈夫害怕承擔責任，就把孩子扔掉了。
阿金急忙去找阿花，此時幸子已經將孩子抱走，三人在後面拼命追趕。
情急之下，幸子逃到一棟大廈的樓頂。她傷心地說自己的孩子死掉了，正在自己傷心欲絕之際，清子對她笑了。從那一刻起，她就決定不管付出什麼代價，自己一定要得到她。
說完，萬念俱灰的她抱著孩子跳了下去。
美由紀抓住了幸子，孩子卻掉了下去。阿花衝了上來，跳下樓抱住了孩子。一陣風吹來，阿花抓住了大樓的條幅。
像從天而降的天使，她抱著清子緩緩降落。
幾天後，孩子的親生父母想要感謝救命恩人，沒想到帶他們過來的，竟然是美由紀的警察父親。
《東京教父》是一部現實又不現實電影，它展示了我們每個人與假定的陌生人之間的細微但重要的聯繫，並很好地講述了奇蹟，家庭，愛情和寬恕的故事。
電影呈現了東京的繁華炫目，也刻畫了東京的骯髒汙穢：成群的流浪漢、魚龍混雜的街道、以霸凌為樂的少年、沉溺於酒和賭博的父親。
他們自私、懶惰、無情，但他們又如同這座城市，並非全部都是陰影，他們也有不為人知的善良一面──拋棄孩子的父親看到妻子因此身處險境時，也流下了悔恨的淚水、放高利貸的黑幫為了拯救嶽父不惜身中數槍、臨死還要喝一口的流浪漢，無私的將一生的積蓄贈與他人……
不現實的部分為是可稱為「奇蹟」的巧合。沒有這些巧合，清子根本回不去父母身邊。
只不過是想讓孩子過一個像樣的聖誕節，他們才會留下清子，才會去尋找她的父母；而在尋找的過程中，一個又一個巧合發生，引導他們找到孩子的真正父母。沒有這些巧合，故事就不能成立。
三個居無定所的流浪漢，身上都背負著某種沉重的過往，在自己犯錯後逃離熟悉的家庭。那段傷心的往事，三個人都不願意多提。
他們曾一起逃離現實，現在也將一起面對現實。當他們面對撿來的清子，仿佛就有了勇氣承擔一切。
清子成為了電影中環環相扣的一把很重要的鑰匙，她就像上天派來的天使，引領這三個迷途的人解開心結，引導他們走上救贖之路。
在送清子回家的路上，他們體會到了家庭的真正含義。清子回家了，他們也回歸了自己的家庭。
《東京教父》的靈感來源於約翰·福特1984年的一出通俗喜劇《三個教父》（Three Godfather），同樣也是三個亡命之徒帶著個嬰兒經歷無數峰迴路轉最後大團圓的故事。
今敏巧妙地將這個故事搬到繁華與腐壞並存的東京，套用到三個出於不同目的捨棄家庭或被家庭捨棄的流浪漢身上。
雖然電影講述了一個悲傷的命題，今敏卻在電影中添加了許多笑料。
讓人幫忙叫救護車的救護車、每次打車都是他的計程車司機、臨死還要喝一口的流浪漢……
詼諧幽默的同時，又讓人感到生活的荒誕不經。
2018年，是枝裕和的《小偷家族》（Shoplifters）上映。電影講述了一個和《東京教父》相似的故事：一群社會邊緣人組建了一個家庭，他們沒有血緣關係，但每個人都比原來的家庭過得更加快樂。
同樣都是家庭的故事，是枝裕和瓦解了傳統的家庭觀念，今敏卻鼓勵家庭的回歸。
我們都是第一次成為別人的父母、當孩子，誤會在所難免，但親情依然是我們最渴望的歸宿。