如果說金庸和古龍等武俠小說家締造了中國武林的武功，那岸本齊史等將日本忍者的忍術推向了一個體系內自洽的高度；如果說中國武林的武功之高低要追根溯源到武者的「內力」或「真氣」，那在《火影忍者》中「術」之強弱則立足於「查克拉」這一基本能量。
查克拉並非岸本齊史首創，其原型為印度瑜珈觀念中的「脈輪」，指分布於人體各部位的能量中樞。事實上，查克拉最晚在《聖鬥士星矢·海皇篇》中便已進入日本ACG文化的視野——當時「五小強」之一紫龍所對陣的海皇之子、海界三巨頭之一、印度海將軍克修拉，便可以通過激發體內七脈輪爆發出驚人的力量。不過在車田正美使用的是「昆達利尼」一詞而非查克拉，同時因為《聖鬥士星矢》的能量體系並不立足於脈輪，克修拉的出現頗有些「番外篇」的客串意味——在「小宇宙」時常爆發的世界觀下與查克拉類似的概念幾乎沒有存在感。
《聖鬥士星矢·海皇篇》中的克修拉
在《火影忍者》中，查克拉則是構建忍術體制的基石——需要注意的是，忍術只是三種基本術的一種，另外兩種分別是體術與幻術，更高端的更是需要引入「自然力量」的仙術。體術更接近於中國武俠世界中內功與外功的混合體，主要靠「身體能量」發動對敵人造成物理性傷害，這種單純對「身體能量」的使用基本上不消耗查克拉；而更多情況下，忍者會通過結合體內的「身體能量」（陽遁）和「精神能量」（陰遁）來製造查克拉，而後通過結印使用忍術與幻術。查克拉、三種基本術與仙術之間的關係可以大致抽象成以下公式：
體術=身體能量在印度瑜珈觀念中，身體能量來自於細胞，精神能量通過修行積累，然而通常情況下使用查克拉卻還需要一個必經步驟，那便是結印——也正是因為結印，《火影忍者》中術的變得更為底蘊深厚、趣味盎然。
《火影忍者》中的查克拉靈魂示意圖
忍術：五遁之術背後的魔幻與真實需要強調的是，只有將身體能量與精神能量相結合才能形成查克拉，號稱「蒼藍猛獸」的邁特・凱雖然能開「八門遁甲」，但因為使用的是單純的身體能量——即體術——所以不需要查克拉。純體術流忍者在《火影忍者》中屈指可數，而幻術又多為源於血統的血繼限界，故而絕大多數情況下交戰雙方的攻守都是基於忍術。
《火影忍者》中的忍術以查克拉為基本能量。查克拉分為五種性質，分別是「火、風、雷、土、水」，以這五種性質的查克拉為基礎，《火影忍者》的忍術分為「五遁」。「遁」，本為《周易》六十四卦中的第卅三卦，外卦為「乾」代指天、內卦為「艮」代指山，因此通稱為「天山遁」，有隱匿之意。忍者以遁為忍術分類之名頗有深意。忍者的職能與武士不同，通常以刺探、暗殺為主，故行動與隱藏的能力比武功要重要的多——等到忍者必須亮出武器與敵人一決生死時，任務通常已經失敗，《火影忍者》中的「術」體系攻多於防、炫目多於低調，其實只是一種藝術手法。
「火、風、雷、土、水」的分類也很具有宗教色彩。中國早在黃老學說中便已出現「五行」的說法，佛教認知中組成世界的是「四大」即「地、水、火、風」，古希臘的恩培多克勒也曾提出相類似的「水、氣、火、土」四元素說。歷史上忍者的五遁以五行為基礎分為金遁、木遁、水遁、火遁、和土遁，與「火、風、雷、土、水」不完全相同；而且術如其字均指逃跑之意，遠沒有《火影忍者》中的忍術那般富麗堂皇。
「五遁」與中國「五行」並不一一對應
最常見的水遁、木遁與火遁是指通過潛水、爬樹或扔帶有火焰效果的煙霧彈以脫身，金遁則是通過金屬製品反射光線而後乘敵不備脫身，最複雜的數土遁，需要事先挖好地道，在實戰中幾乎不具有可行性。五行遁術，一言以蔽之，便是使用身邊可以利用的一切條件脫身，在古代日本人眼中世界主要由五種元素組成，所以自然也就成了五遁。《火影忍者》中的五遁之術與歷史上的五遁之術完全不同，倒是有一個與「金遁」極為相似的幻術名為「雷幻雷光柱」，施術之後全身會變成一道光，使對方暫時失明——這一設定，倒是與另一部漫畫《龍珠》中的「太陽拳」殊途同歸。
歷史上披著一層神秘面紗的忍術，其實都源於忍者們扎紮實實的苦練，所錘鍊的也都是極為平常的身體素質：力量、速度、耐力、視力、記憶甚至是肺活量，最樸實無華的能力往往也最實用。年復一年周而復始的高強度訓練使得忍者的身體素質遠高於常人，再加上格鬥技巧、人生閱歷及行蹤神秘等因素的加持，才最終使得忍者成為日本中古時代最深不可測的群體之一。
五影
不過這並不是說《火影忍者》中勾勒出的忍術在歷史上完全不存在。日本歷史上的確有著各種看似「超自然」的忍術，只是這些忍術大多夾雜著障眼法，並非真刀真槍的功夫。比如分身術：《火影忍者》中的忍術以「分身術」為起點，從「分身術」到「多重影分身術」的升級更展示了漩渦鳴人的成長，但歷史上的分身術卻遠沒有這麼神奇。古代忍者的裝束幾乎相同且常蒙面，藉助於相應的環境，採用相應的戰術，便能營造出分身的錯覺。隱身術就更為原始：利用繪成各種圖案、顏色的布衣，在逃亡中將一身行頭隱入背景當中，追擊者一分神，很容易便追丟了目標。歷史上有一種「鶉縮術」，無非是將身體蜷縮成一團，屏住呼吸躲在隱蔽處——這樣的小伎倆也能被稱之為忍術，真的有些讓人難以接受。
《火影忍者》中的忍術佔據絕對主流，歷史上沒有查克拉，所謂忍術通常很難用於正面交鋒，反而是撤退、逃跑時經常使用。那忍者與忍者間的決鬥又當如何？難不成是比誰跑得快不成？當然不是。不過忍者真正的格鬥功夫不是忍術，而與《火影忍者》中的體術相似。
「多重影分身術」甚至還被改成了「後宮術」
體術：忍者八門與九字真言如果說《火影忍者》中的忍術源於歷史上的忍術，那體術則脫胎於真實存在的忍者「八門」。這裡的「八門」與《火影忍者》中邁特凱身體所開的「八門」含義完全不同，指的是忍者所需要修行的八門必修課，分別是骨法、氣合、劍術、槍術、棒術、火術、遊藝與教門。
骨法指的是徒手搏擊術，氣合可以看成心理戰技巧，劍術、槍術、棒術、火術自是使用劍、槍、棒、火器的技藝。值得一提的是遊藝與教門。
遊藝即是一技之長，如雜耍、書法、音樂等。忍者常年混跡於江湖之中，沒有一技之長，既不能養活自己，又無法偽裝身份，遊藝可以看成忍者職業之外的另一個飯碗。而光有遊藝、不食人間煙火一樣無法在江湖上立足，忍者還需要了解不同地域的風土人情、不同行業的行規習俗，這些都是忍者扮演某一社會角色所必備的「劇本」，這「劇本」便是教門。從武術角度來看，八門中的前六門顯得更加「硬氣」，但事實上遊藝與教門才是忍者的立足之本，畢竟這一職業所追求的並不是與敵人一決高下。
邁特凱的八門遁甲
在《火影忍者》中，體術與忍術有一個明顯的區別便是是否需要結印。為什麼要以結印為兩種術的分水嶺呢？這裡依然有著深厚的宗教文化背景。
《火影忍者》中的忍者通常通過進行十二種不同手勢的基本結印，這十二種手勢對應的是十二地支，即「子、醜、寅、卯、辰、巳、午、未、申、酉、戌、亥」。歷史上的忍者的有一套獨特的結印，但卻與十二地支無關，手印也不是十二種，而是九種——其對應的口訣其實是「九字真言」，而這九字真言分別是「臨、兵、鬥、者、皆、陣、列、在、前」。
九字真言又名六甲秘祝，本源於中國，其歷史遠比忍者的歷史要悠久得多。《抱樸子·內篇卷十七·登涉》中記載：「入名山，以甲子開除日，以五色繒各五寸，懸大石上，所求必得。又曰，入山宜知六甲秘祝。祝曰，「臨兵鬥者，皆數組前行」。凡九字，常當密祝之，無所不闢。要道不煩，此之謂也。」
九字真言
九字真言最初的版本便是其中的「臨兵鬥者皆數組前行」，並沒有相應的手印。後道教在發展中漸與佛教密宗「三密加持」相融合，逐漸發展出與九字真言相契合的手印。「三密加持」指身密、口密與心密，身密為手結印契，口密為口頌真言，心密為心觀尊佛。作為修行的方式，密宗的結印與真言數以萬記足以編成一本詞典，而與九字真言相對應的結印便是日後流傳到日本忍界的「忍者九印」，分別是「獨佔印、大金鋼輪印、外獅子印、內獅子印、外縛印、內縛印、知券印、日輪印和隱形印」——只是在流傳的過程，九字真言卻發生了變化，最終日本修驗道及後來的忍者所採用的「版本」變成了「臨、兵、鬥、者、皆、陣、列、在、前」。
九字真言的流變有極強的「國際」色彩。唐玄宗時代，善無畏、金剛智、不空三藏三位印度密宗大師至唐傳下密宗，這也正是日本頻繁向唐朝派遣遣唐使與派遣僧的同一時期。唐末，一法號為空海的派遣僧習得唐密傳入日本成為真言宗的開山祖師。真言宗又稱東密，在日本影響極廣，僅在四國便有八十八所與空海相關的寺廟，通稱為「四國八十八個所」，而巡拜四國八十八個所則稱為四國遍路、四國巡禮。值得一提的是，空海還是平安時代最優秀的書法家，與嵯峨天皇、橘逸勢合稱「三筆」，一道開創了日本每一時代選出三位頂尖書法家合稱「三筆」的慣例。
「三忍」結印
真言宗祖師最初在近畿地區（京都附近）的高野山傳教，相應的密宗法義與日本本土信仰漸漸融合，終於在鎌倉時代後期到南北朝時代形成了獨特的修驗道信仰。所謂修驗道，指的是日本古來的山嶽信仰受宗宗影響成立的宗教。修驗道的實踐者稱為修驗者或山伏，其教義認為可以通過在山中修煉以獲得無上的法力，而甲賀郡的飯道山因是修驗道祖師役行者得道飛升之地，也便成為了修驗道聖地。以此為地理基礎，考慮到忍者誕生的歷史，九字真言通過種種渠道傳入了以近江田甲賀郡及伊賀國為中心的忍者群體，也便不足為奇了。
在中國道教文化中，九字真言主要用來防身除魔，其神通頗為廣大：一把寫有九字真言的摺紙符放於傷口處可以止血止疼痛，放於枕下可以退惡夢病痛，放於海上則無覆船之虞——當然，結印咒語均要配合強大的念力才見效。而在日本的忍者文化中，九字真言也對應著不同的神勇，比如「臨」字對應身心穩定、「皆」字對應危機感應、「列」字對應時空控制。不過，達到「奧義」級別的九字真言並不囿於最基礎的九種手印，當修行足夠強大時，可以從中幻化出「恆河沙數」般的變體，所以九字真言也在忍者眼中也的確是「袖裡乾坤大、壺中日月長」了。
歷史上這九字真言乃是忍者的「標配」，在《火影忍者》中卻成為忍術與體術分野的標誌，這背後，則隱藏著駁雜的文化碎片。
《火影忍者》十二結印