欲說首善醫院，不得不說基督教。基督教傳入大同，是在1886年(清光緒十二年)。最初來大同創辦教會的是英國宣道會，傳教士叫安威爾。先在大同城東北隅田家巷租民房住下來傳教。第二年又有英國人叫孫務本、紀長生以及鄧某某米某某二教士(女性，獨身者),相繼來大同，後在大同城內東北隅東柴市角和西南隅胡家圪坨，購置民房正式成立教堂。
英國人初來傳教，由於語言不同，膚色有異、國人不予接近。當時，舊社會吸鴉片的人在民間較多，吸毒成癮戒之甚難，不少人陷落為沿街乞討或賣兒賣女。英國人藉此機會，成立戒菸所和施診醫病，和國人接近，建立關係，為傳教打開了缺口。
當時的傳教方式：採用集會形式，明詩奏樂召集群眾講聖經，傳播聖經道理。對慕道者，組織學文化(掃盲、讀聖經、學詩歌),學工(學織毛衣),放天足(禁止纏腳)。
經過一段時間的了解，教會人們評議為可以入教的進行領洗，成為正式信徒。大同基督教，就是這樣逐步興起傳播開的。至公元1900年(清光緒二十六年),國內義和團興起，上述英國傳士及家屬11人，以及城鄉信徒31人均遇難，東西教堂也被燒毀，教會整個停頓。
公元1901年英國道會，將雁北教區讓給瑞典人，初有高樂生來大同，先在右玉(朔平府),購置教產建立教賞和學校，當時稱為耶穌堂，屬協同內地會系。1902年，又有鈕士通來大同，前後在雁北各縣建房設立傳場所。除平魯縣地處山區交通不便外，其餘雁北境內十二縣城耶穌堂都有瑞典人。總計雁北地區最多曾有40人左右。至1925年，雁北十三縣形成了一個比較完整的教區體系。
公元1903年，先在大同北柴市6號購地買房恢復教堂(後稱東堂),由女傳教士負責。1905年，又在城內棋盤街15號購地建堂(後稱四堂),西堂為總會，東堂為分會。至1933年兩堂分開，成為各自獨立的教會。
兩堂在四郊各設分堂，屬於西堂的有六處，計有，口泉(1902年設)、上泉（1909年),大西街(1911年)、馬家村(1911年)、落陣營(1931年)、南關(1032年),共有信徒120餘人，絕大部分是農民。
屬於東堂的有八處，計團堡(1913年)、大王村(1915年)、聚樂堡(1932年)、鎮川堡（1932)、大北街(1932年)、安樂莊(1932年)、東關(1933年)、柴市角(1934年)共有信徒200餘人。
大同西堂為雁北教區中心，設有會計，掌管教會經濟。瑞典信徒捐獻資金，由西堂分發各縣。每年夏令在西堂召集一次年會，各縣傳教士匯集一起商討教務。就這樣一直延續至解放前夕。
聖公會又名安立甘會，16世紀歐洲宗教改革運動時期產生於英國。1932年定為英國國教，鴉片戰爭後，傳入中國，成立中華聖公會。因1917年大同發生鼠疫，北平協和醫院大夫英國博士聖公會教徒史禮梅帶領醫院學生十多名和民國全國防疫委員會長江某來大同防疫，次年三月疫情撲滅，史禮梅回北平，不久歸英國探親。
時值歐戰末期，倫敦柯文華園聖保羅堂聖公會長穆以督雅，系英國聖公會醫務部創辦人，於1918年1月29日，因保護教堂內的婦女兒童被飛機投彈炸死，聖公會為紀念，藉以發展教務，便計劃捐款來中國創辦醫院。
史梅禮曾來過大同防疫，發現大同醫療條件很差，故建議將醫院設大同。1919年史梅禮返中國即在大同建醫院建設事宜。當時和閻錫山商榷，將大同北門外操場地二十畝，租借六十年，每年租金二百元。後閻錫山把六十年全部租金盡數捐助醫院。
1922年開始施工，至1924年基本建成。其中有：門診部、住院部，設病床50張，禮拜堂、辦公室、宿舍共一百餘間，約支銀元15萬元。其中，建築10萬元、設備5萬元。定名為首善醫院。內部也叫穆氏紀念醫院，屬中華聖公華北教區醫務部領導。經費由北平撥給，後從北平調來英國大夫兩名，英國女護十兩名和數名中國看護。
當時院長英國人安紀英、護士長前後有英人甘恩樂(女)、博淑貞(女),以後有紐西蘭人大夫任子潔(女)、中國大夫浙江人裘祖元、李溉塵、李啟元等。後李溉塵擔任院長。
1942年，日美宣戰，倭寇以三千英鎊代價強行接收，改名為晉北醫院，分設內、外、眼、牙、小兒、放射線科。增加了一些設備，新建立了傳染病房等。院長系日本人平石天嶺。國軍時期，又改為十二戰區軍醫院，委任日俘平石天嶺繼續為院長。後又改為山西省立大同醫院，委任李溉塵為院長。1946年大同被圍攻期間，醫院遷入城內北街路東，原址成了兵營，聖公會曾一度借焦家巷育貞女校禮拜堂過宗教生活。
1947年冬，中華聖公會派人將醫院收回，恢復「首善醫院」。當時，李啟元任院長。1952年，首善醫院交給大同市人民政府接辦，後改為職工療養院，劉大恩任院長。後又改為山西工人大同療養院，以後改為大同市第二人民醫院，現今為大同考古研究所辦公地。