精靈寶可夢系列遊戲從1996年發售至今已歷經七個世代，每個世代的遊戲其實都講述了一個完整的故事。今天我們就來看看，每一代的遊戲都講述了怎樣的一個故事。
第一世代（1996-1998）：精靈寶可夢紅/綠/藍/皮卡丘版
故事發生在關都地區。來自小鎮真新鎮的少年赤紅，10歲那天在大木博士的研究所領走了一隻寶可夢出門旅行，同時出門的還有大木博士的孫子青綠。赤紅需要拿到八個道館徽章，然後挑戰四天王來獲得石英高原聯盟的冠軍，成為頂尖的訓練家。在旅行途中，赤紅收服了閃電鳥、火焰鳥、急凍鳥，並發現了火箭隊的陰謀，這個邪惡組織胡作非為，而他們旗下的研究員通過克隆夢幻創造了一隻人工的寶可夢——超夢。赤紅在旅途中摧毀了火箭隊，到達冠軍聯盟打敗四天王之後，四天王的最後一位——龍天王渡告訴他：你還需要打敗另一個人才能獲得冠軍。這個人，就是赤紅的勁敵青綠。在打敗青綠之後，赤紅成為了石英高原聯盟的冠軍，接著他去往華藍洞窟收服了從火箭隊那裡逃出來的超夢。（皮卡丘版在主要劇情中加入一些和動畫聯動的細節，包括初始寶可夢只能選皮卡丘、武藏小次郎出場等）
這個故事並不複雜，一個年輕人出門打怪練級，對付黑幫的故事。其中最大的看點在於超夢的故事涉及了當時爭議頗多的克隆生物話題，而當時的黑幫老大坂木的目的也很簡單，就是要變得很強，要控制這個地方。當然作為整個系列的第一部作品，這部遊戲的角色後來每次客串到其他遊戲裡都是神一般的存在，尤其赤紅青綠二人。在這一世界觀下，夢幻是所有151隻寶可夢的起源，它擁有所有寶可夢的基因。
此外，第三世代復刻的火紅/葉綠版故事大體上也以此為藍本，不過新增了女主角小葉。
第二世代（1999-2001）：精靈寶可夢金/銀/水晶版
故事發生在城都地區，時間在第一世代三年後。來自若葉鎮的少年小響（水晶版當中可選擇女性主角克麗絲）從空木博士那裡領了一隻寶可夢開始旅行，出門後不久聽聞博士研究所被盜了，然後遇到一個紅色長髮的少年小銀，發現他偷了博士和其他人的寶可夢。在旅行途中，小響（克麗絲）也聽到了關於鳳王（金）/洛奇亞（銀）和三聖獸的傳說並收服它們（水晶版可在收服三聖獸後收服鳳王和洛奇亞），在燒焦塔偶遇了三聖獸，並再次打擊了在首領坂木失蹤後試圖在城都重建輝煌的火箭隊。之後又在打敗城都的八位館主後，獲得挑戰石英高原聯盟的資格，挑戰四天王和冠軍渡。戰勝渡成為新冠軍後，小響（克麗絲）集齊了關都的八個徽章，在白銀山挑戰傳奇人物——初代主角赤紅。
金銀版劇情最大的亮點在於勁敵小銀。他是坂木的兒子，而在水晶版由配信的時拉比，可以開啟一段隱藏的劇情，顯示三年前坂木相繼敗給赤紅和青綠後，離開了他所掌管的常磐道館，當時小銀找到他，坂木準備蟄伏之後東山再起，被小銀反駁，他立下了「靠自己的能力變強」的誓言後離去。小銀一開始，偷別人的寶可夢，嚴厲地訓練自己的寶可夢，但是最後他還是明白了和寶可夢搞好關係的道理。在第四世代復刻的心金魂銀版，小銀擁有了親密度進化的超音蝠，並為偷走寶可夢向空木博士道歉。小銀的身上，有著親情、正義和信念的種種矛盾，作為一個黑老大的兒子，他在整個劇情中通過和小響/克麗絲對戰獲得的成長是彌足珍貴的。很可惜的是小銀沒能在動畫正片中有出場機會，唯一的出場是在2001年的一部特別篇精靈寶可夢 雷公 雷的傳說裡開場畫面裡的一個鏡頭：
此外，金銀版的關都館主和四天王與紅綠藍版有所不同，原先的毒館主阿桔接任四天王將道館留給女兒，赤紅隱居白銀山修行因而龍天王渡成為冠軍，冰天王科拿和鬼天王菊子隱匿（科拿據稱是為保護自己的家人離職，菊子離開的原因官方未有解釋），一樹和梨花成為新的四天王。而常磐道館在坂木離開後由青綠暫代館主。另外，金銀版是第一次嘗試雙版本雙神獸模式的一套遊戲，而水晶版則是第一個有女主角的遊戲。
第四世代的心金/魂銀版故事大致與此相同，不過細節上有所變化，也加入了女主角琴音。
第三世代（2002-2005）：精靈寶可夢紅寶石/藍寶石/綠寶石版
故事發生在豐緣地區。男主角祐樹（女主角小遙）的父親從城都來到豐緣當館主，然後和小田卷博士做了鄰居，和博士的女兒小遙（兒子祐樹）一起領了寶可夢之後出門旅行。旅行途中，他們互相競爭，並遇到了豐緣的冠軍大吾，隨後和大吾一起摧毀試圖擴張陸地的熔巖隊（紅寶石）/試圖擴張海洋的海洋隊（藍寶石）的陰謀（綠寶石中二者都成為反派，而紅藍寶石中相應的另一組織成為正派），收服固拉多（紅寶石）/蓋歐卡（藍寶石）/裂空座（綠寶石）。隨後，祐樹（小遙）集齊八個徽章挑戰四天王后，挑戰冠軍大吾（綠寶石版冠軍為原琉璃道館館主米可利）。之後，可以在特定的地點捕捉多隻傳說中的寶可夢。
寶石系列的幾個角色受歡迎程度頗高，尤其第一位作為遊戲女主角出現在動畫作為女主角的小遙，不管在遊戲黨還是動畫黨或是特別篇漫畫粉絲中都有不俗的人氣。另外冠軍大吾的人氣也很高，德文公司少東家的高（？動畫裡貌似挺矮，XY裡面武藏花痴跟他結婚時看起來都沒武藏高）富帥人設及強大的實力以及喜歡石頭這個奇怪的萌點吸引了很多少女的心。
反派劇情也頗有意思，熔巖隊和海洋隊要擴張陸地或者海洋的原因是他們覺得「固拉多/蓋歐卡這麼牛掰要給它更大的地盤才對」，不過其中個人認為可能暗藏關於人類填海造陸活動影響海洋生物棲息的一些現實隱喻。而裂空座的存在則是作為二者之間的秩序維護者。
事實上，紅藍寶石系列的故事本身已經足夠豐滿，但在時隔十年後復刻的第六世代的終極紅寶石/始源藍寶石（ORAS）系列當中，通過該世代新增的超級（mega）進化和平行宇宙的概念更進一步加強了這個故事。ORAS裡，還增加了一個叫希嘉娜的女性，並為裂空座和代歐奇希斯加入了一個新的故事章節「Episode Delta」，在這個故事裡，希嘉娜搶走了主角鄰居家孩子的超級進化石，然後接著主角旅行到大吾爸爸的德文公司那裡時，他提到豐緣正遭受隕石的威脅，之後拿了德文公司的一個次元扭轉裝置，接著了解到希嘉娜其實是一位承擔著特殊使命的傳承者，能夠讓裂空座改變形態（mega進化）來阻止這場危機。在和熔巖隊/海洋隊對峙之後，希嘉娜幫助主角召喚出裂空座，然後主角騎著裂空座到宇宙中擊碎隕石，見到代歐奇希斯。隨後，反派覺悟，大吾打算讓出冠軍之位，主角也和希嘉娜分別。在結尾還有一個彩蛋是大吾提到自己曾經和「一位帶著超級噴火龍X的少年」一起對戰烈空坐，這裡是動畫特別篇《最強mega進化》的逆輸入，少年就是特別篇動畫的男主角、後來的卡洛斯聯盟密阿雷大會冠軍艾嵐。
此外，這一代也加入了華麗大賽的機制，也使得接下來兩季動畫當中的劇情展開多了一條女主的華麗大賽線。
第四世代（2006-2009）：精靈寶可夢鑽石/珍珠/白金版
神奧地區的雙葉鎮，男主小輝（女主小光，沒有被選擇的那個主角會變成博士的助手）被鄰居阿馴叫出去，在心齊湖尋找紅色暴鯉龍的蹤跡，被一隻姆克兒襲擊。從山梨博士那裡拿到寶可夢打敗姆克兒後，主角和阿馴一起出去旅行。在途中他們遇見了一個叫銀河隊的組織，並且從美女冠軍竹蘭那裡聽說了關於時空二神帕路奇犽（鑽石）/帝牙盧卡（珍珠）（白金版同時出現，另外還有騎拉帝納出現）的故事，後來發現銀河隊的首領赤日的目標是利用湖中三聖菇的力量解開時空二神的枷鎖，創造「沒有感情的新世界」。最後，在被扭曲的「毀滅的世界」裡，主角和竹蘭打敗了赤日，他向著更深的地方走去，而主角和竹蘭逃出來，在那之後再沒有人見到過赤日。（白金版劇情中還會出現國際刑警組織，以及接下來幾個世代戲份頗多的國際刑警代號836「帥哥」）之後，主角拿到八個徽章，挑戰完冠軍聯盟後，可以在多個特定地點收服包括達克萊伊、克雷色利亞和阿爾宙斯在內的諸多神獸。
鑽石珍珠系列堪稱精靈寶可夢歷來世界觀最為宏大的一部，而動畫系列劇情對其的還原度也很高。在這一世界觀下，阿爾宙斯創造了世界，是所謂「創世神」（這也是它的外號「老創」的來源），而在究極日月系列的究極奈克洛茲瑪之前，阿爾宙斯以六項總和720保持了將近十年的寶可夢種族值最高紀錄（因此它又有另一個外號「720」），這也一度引發了阿爾宙斯和夢幻誰是「世上最初的寶可夢」的爭議。而帕路奇犽掌管空間，帝牙盧卡掌控時間，它們三者一起維護世界的秩序。而白金版登場的騎拉帝納代表著反物質，在心金魂銀中提到它與時空二神一同誕生，俗稱「冥王龍」的它只居住在赤日打開的那個毀滅的世界當中。
銀河隊的劇情也很有意思，首領赤日，27歲。非常的憤世嫉俗覺得這個世界不完美，於是很極端地想到要毀掉原來的世界創造一個新的，然後就開始搞事情。在這麼一個宏大的世界觀下，他的這種想法倒是莫名地有點道理，雖然正常人自然是不能接受，但是他身邊的銀河隊成員都非常篤定地相信老大說得對，在動畫中直到最後他不許自己的得力幹將進入他理想的世界的時候他的手下才發覺「不對啊我們不該這樣」。這種極端的人在現實中可能並不存在，但是看著這貨都這把年紀了還抱有這種想法，不能不說可能有些憤青「憤」過頭了就會跟赤日一樣走入自己挖的坑吧。
第五世代（2010-2012）：精靈寶可夢黑/白版&精靈寶可夢黑版2/白版2
黑白1：男主鬥也（女主鬥子）居住在合眾地區的鹿子鎮。這天，他（她）和白露、黑連一起來到紅豆杉博士那裡領走一隻寶可夢。出門後不久，透也（透子）就見到在給民眾洗腦宣傳的神秘組織等離子隊，對他們的說教很不滿而與他們發生衝突。旅行途中，他（她）又遇到了一個叫納秋然·哈爾孟尼亞·格羅皮烏斯（Natural Harmonia Gropius，簡稱N）的有著綠色長髮的20歲青年，N聰慧過人，擅長數理，能夠和寶可夢交流但疏遠人類，稱呼寶可夢為自己的「朋友」，據傳（由主創增田順一在自己的部落格所述）是寶可夢生下來的人。事實上N名義上是等離子隊的「王」，他的目標是讓等離子隊幫助寶可夢「解放」；但真正掌控等離子隊的是他的養父、七賢人之一的魁奇思，他只不過是藉助被他洗腦的N和其他人宣傳「解放寶可夢」來達到他統治全人類的真正目的。在主角獲得八枚徽章後，來到寶可夢聯盟時所看到的是敗給N的冠軍阿戴克和拔地而起的N的城堡，在城堡裡，鬥也（鬥子）與七位合眾的道館館主一起和等離子隊展開一場關於理想和真實的激戰，收服了捷克羅姆（黑）/萊希拉姆（白），粉碎了魁奇思的陰謀，N也重新審視自己，決定去追求自己的未來。但是，魁奇思在被押往警局的途中被他的忠實屬下「黑暗三人組」救走。此後，主角可以收服若干神獸，並幫助帥哥追捕等離子隊餘黨。
黑白2：故事發生在黑白版故事的兩年後。N不知所蹤，鬥也（鬥子）也跟著他一起消失。本作男主共平（女主小鳴）從檜扇市出門旅行，遇到了等離子隊的博士及名義上的新首領阿克羅瑪，而事實上是魁奇思捲土重來組建了新的等離子隊，這一次他們的目標是酋雷姆，目的是讓它冰封合眾。但是，原來的七賢人之一的羅德領導原先的等離子隊的人出面阻撓阿克羅瑪和魁奇思，而在N趕來幫助主角後，酋雷姆也吞噬了和他一同前來的捷克羅姆（黑2）/萊希拉姆（白2）成為新的合體形態，最終主角打敗了合體形態後，N就離開了。主角擊敗艾莉絲獲得冠軍後，N會帶著主角來到他的城堡裡，兩年前他和鬥也（鬥子）戰鬥的地方，讓主角和他的黑龍或白龍對戰，對戰後它們會變成石頭，主角可以在龍螺旋塔復活它們。而之後，主角也會遇見鬥也（鬥子）的媽媽，她說自己的孩子仍然在尋找N。
黑白版和黑白版2遊戲的劇情一直飽受稱讚，反而動畫劇情因為東日本大地震和其他各方面因素的影響相形見絀。除了劇情的飽滿度外，對於N這個角色的刻畫也是可圈可點，N也多次在官方評選中獲得最受歡迎男性NPC的稱號。N所謂的「寶可夢解放」被視作是初代動畫廢案的再創作，是將首藤剛志所構思的類似斯巴達克斯起義的一個故事進行進一步的闡釋和完善。世界觀方面，捷克羅姆和萊希拉姆分別代表「理想」和「現實」，不同於敘事宏大如同神話一般的金銀、寶石和珍鑽，黑白的故事富於哲理，N的「理想」是「解放寶可夢」，他認為只有寶可夢完全的自治才能讓它們獲得最大的幸福，但是「現實」是雖然精靈球和收服機制看起來是限制它們的自由，然而某種程度上它才是真正能維持這個世界的平衡的存在，如若完全照N的理想去實施最終的結果恐怕是人類自己會被毀滅，或是被像魁奇思那樣別有用心的人利用而被控制。但N改變想法的過程放在遊戲體系下反而不如動畫的N篇章裡他和小智皮卡丘的接觸互動以及和艾莉絲一同經歷和不聽話的快龍的相處來得生動。而作為資料片的黑白2也沒有像以往那樣按原劇情發展，而是展開了一段全新的劇情，給第五世代畫上圓滿的句號。
在兩部遊戲之間隔了兩年，除了等離子隊的變化，有些道館的設置也發生了變化，冠軍也從阿戴克換成了原來的龍系館主、也是動畫女主的艾莉絲。另外，由於合眾以紐約為原型，兩代冠軍分別是以印第安人和黑人為原型設計，更增加了異域風情。阿戴克在黑白1中，由於自己的寶可夢過勞死而選擇四處旅行，最終因為久疏戰陣輸給了N；而黑白2中，「懂得龍之心的少女」艾莉絲將館主位置交給了她的「爺爺」夏卡（二人並無血緣關係），稱職地擔任著冠軍的位置，原本在黑白1中活潑可愛管阿戴克叫「大叔」的她，到了黑白2換了令人驚豔的一套類似日本傳說中龍女的造型，變得沉穩了一些。在動畫裡的艾莉絲與龍的緣分甚為深厚，甚至到了BW系列末尾時獲得了類似N那樣與龍系寶可夢心意相通的能力，並且擁有了第一、四、五世代的三隻準神龍系（或其進化前形態）：快龍，圓陸鯊和牙牙，並且在第一次出場和最後一次出場時分別見到了兩隻龍系神獸捷克羅姆和裂空座，加上她在遊戲中展現的實力，一直也被認為是戰鬥力最強的動畫女主。值得一提的是，動畫中她的聲優正是《魔法少女小圓》裡鹿目圓的聲優悠木碧。
第六世代（2013-2015）：精靈寶可夢X/Y
故事發生在卡洛斯地區。男主角卡勒姆（女主莎莉娜）和自己的四位同伴——莎莉娜（卡勒姆）、瑅耶魯諾、多羅巴和莎娜——一起從朝香鎮出門旅行，來到密阿雷市的布拉塔諾博士那裡，領取了寶可夢開始旅行。在博士那裡，他們見到了身為知名女演員的冠軍卡露乃，還有博士的朋友，一位神秘財團閃焰隊的代表弗拉達利，這個身材異常高大的男人和卡露乃及主角一行人說到一個關於「永恆的美麗」的話題。主角一路旅行，在路上見到了一個神秘的巨人，後來在逐漸認清閃焰隊試圖用哲爾尼亞斯（X）/伊裴爾塔爾（Y）啟動最終兵器清除世界上的生物以達成「永恆」的目的後，主角在閃焰隊的基地裡發現了被囚禁的那個巨漢，原來他正是3000年前使用最終兵器試圖復活心愛的花葉蒂的那個被詛咒的國王——AZ，而弗拉達利作為他弟弟的後人，試圖囚禁他以找到啟動最終兵器的方法。最終主角收服了哲爾尼亞斯（X）/伊裴爾塔爾（Y），打敗弗拉達利，而他也消失在最終兵器的光芒中。在主角獲得冠軍後，為了知道訓練家是什麼，AZ會要求主角和他對戰，對戰之後他放下了一切如釋重負，而他心心念念的花葉蒂也終於在3000年後原諒了他回到了他的身邊。在獲得冠軍後，帥哥也會出現，讓主角幫他調查，在此過程中，主角會了解到關於他失蹤的前助手瑪琪艾兒的一些秘密。
XY的故事，其實最主要是兩條線，明線是弗拉達利為了「永恆的美麗」試圖啟動先祖留下的「最終兵器」，而暗線就是關於最終兵器的AZ和花葉蒂的故事。
弗拉達利表面上看是和赤日一樣憤世嫉俗過了頭，但實際上，如果說赤日是一個只會窩在自己的世界裡yy的自閉症憤青，那弗拉達利是一個因為自己的善意被濫用而轉向惡意的人。他曾經是一個樂善好施的人，努力幫助那些需要幫助的人，但是他的施捨換來的卻是被施捨者貪得無厭的索求，於是他想到用祖先AZ的最終兵器來清除這些愚蠢的人類，以創造一個擁有永恆美麗的世界。除了和博士交好，弗拉達利另一個很牛掰的地方是，他的手下有卡洛斯的火天王帕琦拉，當年渡混進火箭隊是臥底，但這位大姐是實打實的反派，遊戲中她知道不少閃焰隊的機密，後來又出於反對閃焰隊科學家庫瑟洛斯奇（因為外形的緣故有時候被戲稱為「鳥叔」）以及與帥哥達成某種交易的原因和主角一起對抗閃焰隊；動畫裡，幾乎就差直接挑明她和弗拉達利的感情曖昧，而最後她反水的原因是「為了給這些孩子（小智和艾嵐）一個機會」，然後到這份上了弗拉達利也不顧兩人的感情準備連她都毀滅，當然最終他自己掛了，而帕琦拉選擇獨自清理閃焰隊餘黨後自首。但是明線在動畫中反而成為一個最大的敗筆，因為動畫世界觀下的寶可夢世界如同烏託邦，這樣一個世界，根本不可能出現弗拉達利所說的這種人類受到援助後貪得無厭的現象，加之在此之前的動畫劇情對這一點鋪墊甚少，以至於最後的反派劇情顯得十分突兀，反而希特隆和他的機器人以及柚麗嘉和小軟（基格爾德）在這場危機面前的情誼更為打動人心。
至於暗線AZ線，在動畫中完全被砍掉了。這個「守護一朵小花」的故事其實並不複雜：3000年前，AZ是卡洛斯的王，他心愛的花葉蒂作為戰士在戰爭中死去了，為了復活花葉蒂，AZ發明最終兵器，結果花葉蒂回來了，他卻執念於「復仇」戰爭雙方毀滅了一切，得知真相的花葉蒂對AZ十分失望，選擇離開了他。但兵器的力量過於強大，使得AZ和花葉蒂都獲得了永生，而最終兵器被他的弟弟埋在地下。於是3000年間不死不滅的AZ飽受相思的煎熬四處流浪，直到他弟弟的後人弗拉達利為了獲得最終兵器的力量而被主角打敗，AZ在對戰成為冠軍的主角後放下了一切，花葉蒂才最終原諒了他，他抱著花葉蒂自言自語：「已經過了三千年了……」卡洛斯原型是法國（實際上對應實際地圖的話嚴格來講應該是法國北部），而普遍認為AZ的故事可能是參考了英法百年戰爭、拿破崙戰爭和聖女貞德的故事（雖然我看不出來聯繫，當年查理七世有那麼愛貞德小姐為了她復仇毀了英格蘭麼？），但是三千年的巨大時間跨度莫名給這個故事加上了一抹神話色彩。好比仙俠小說當中最套路的那樣，一如花千骨對白子畫「今生今世，永生永世，不老不死，不傷不滅」的詛咒一般，AZ的永生換來的只是他在三千年裡因為失去花葉蒂而產生的無盡的痛苦和悲哀。當那份愛是以毀滅天地而得的時候，花葉蒂受之不起，又失望透頂；而AZ，他縱使追悔莫及，他也無法挽回什麼，只能勸說主角不要再用最終兵器了，不要跟他一樣陷入這無邊的痛苦之中了。雖然人類窮盡所能延長壽命，但真的到了永生的時候，怕是真的是一件很痛苦的事情吧，雖然死了好像也是很痛苦。
另外在二周目劇情中，帥哥助手瑪琪艾兒的故事也頗有意思。她是個孤兒，從小跟一隻叫「喵茸」的妙喵一起流浪街頭，被帥哥收留成為他偵探事務所的助手，帥哥教她讀書寫字，她幫帥哥讓街頭小混混改邪歸正，但是她總覺得自己是帥哥的累贅，所以出去找兼職打工，偏巧遇見了閃焰隊的科學家鳥叔，然後他騙她穿上一件實驗服，變成冷酷無情的街頭惡人艾絲普莉，最後帥哥解開了她身上的秘密，抓住了鳥叔，而在帥哥因為國際刑警的事務離開卡洛斯後，瑪琪艾兒繼續以艾絲普莉的身份在街頭行俠仗義。瑪琪艾兒雖然文化程度不高，但是從她能從過路遊客那裡學到一些外語來看，她應該是一個相當聰明的女孩，但她卻依然覺得自己是帥哥的累贅，難道是因為她因為自己沒文化而自卑麼？不過最後帥哥的離開可能反而對她是件好事，她也可以從艾絲普莉這個身份當中找到自己的價值了吧。
第七世代（2016-）：精靈寶可夢太陽/月亮版&精靈寶可夢 究極之日/究極之月
太陽/月亮：男主角Sun（又譯：阿陽）/女主角Moon（又譯：美月）和媽媽從關都移居到阿羅拉地區的美樂美樂島。安頓下來之後，庫庫伊博士來找主角，跟他/她去利利小鎮找島嶼之王哈拉領寶可夢，到了鎮上卻發現哈拉不在，於是博士讓主角去後面的山路找哈拉，在這個時候，主角看見了一個神秘的少女，帶著一隻名叫「小星雲」的神秘的小寶可夢被烈雀圍攻。主角過去救下小星雲後掉下山崖，被美樂美樂島的守護神卡璞·鳴鳴救下，並從鳴鳴那裡得到光輝石，之後主角得知這個少女名叫莉莉艾，是博士的助手，而哈拉把光輝石打造成了Z手環交給主角，然後主角就和莉莉艾以及哈拉的孫子哈烏一起上路了。在挑戰試練的過程中，主角一路順便解決街頭小混混骷髏隊，然後又漸漸接觸到一個叫「以太基金會」的幫助寶可夢的組織，但卻發現背後似乎隱藏著什麼秘密。主角和警察默丹破壞了骷髏隊的基地魄鎮，接著卻聽到莉莉艾被骷髏隊大姐頭布爾美麗抓走的消息，由此得知了真相：莉莉艾就是露莎米奈的女兒，而骷髏隊保鏢格拉吉歐是莉莉艾的哥哥，兄妹二人因為受不了母親對究極異獸的執念從以太樂園分別帶走了「異獸殺手」屬性：空和「小星雲」科斯莫古離家出走，之後莉莉艾失憶漂流到海邊被庫庫伊博士的妻子芭內特博士救起成為博士的助手。格拉吉歐為了救妹妹，帶著主角和哈烏潛入以太樂園，卻見到進化成科斯莫姆的小星雲，以及被虛吾伊德帶走到另一個世界的母親。為救母親，曾經一直由母親打理自己造型的莉莉艾紮起馬尾換上新裝，和主角一起來到波尼島的日輪祭壇（太陽）/月輪祭壇（月亮），吹響了哥哥給的笛子試圖召喚索爾迦雷歐（太陽）/露奈雅拉（月亮），卻不想召喚出來的正是小星雲，進化之後小星雲打開究極之洞，帶著主角和莉莉艾來到究極空間，見到了恐慌的古茲馬和與虛吾伊德合體的露莎米奈。在打敗露莎米奈後，究極之洞開始坍塌，她昏死過去，主角和莉莉艾、古茲馬將她帶出來，莉莉艾也了解到小星雲想和訓練家一起旅行的想法請求主角收服它。隨後，主角完成阿羅拉諸島巡禮之後，前去挑戰新生的寶可夢聯盟，戰勝四天王和等待在那裡的聯盟建立者庫庫伊博士後，成為阿羅拉聯盟的初代冠軍。在冠軍的慶典上，莉莉艾帶著主角到二人第一次相遇的地方，遇到卡璞·鳴鳴，而後主角收服卡璞·鳴鳴，第二天卻從哈烏那裡聽到莉莉艾要走了的消息，和他一起去碼頭送別莉莉艾。後來根據露莎米奈的副手碧珂的講述才得知莉莉艾為了讓昏迷的母親恢復正常，帶著母親前去關都尋找曾經與寶可夢合體的正輝的協助。在成為冠軍後，主角會受帥哥之託，在阿羅拉各地捕捉究極異獸，完成任務後，還能在十克拉山丘的最深處見到罕見的神獸——奈克洛茲瑪。
究極之日/究極之月：前半段劇情和太陽/月亮基本一致，但是途中玩家會遇到兩個奇裝異服的人。他們自稱叫達爾斯和阿瑪茉（究極之日）/西奧尼拉和米翎（究極之月），正在阿羅拉調查一些事情。在露莎米奈抓走莉莉艾和小星雲後，主角會得知原來以太基金會和這個叫「究極調查隊」的組織在試圖打開究極之洞，以到達調查隊居住的城市——被奈克洛茲瑪奪走了光的究極大都會。隨後露莎米奈與古茲馬又一次消失在究極之洞中，在究極大都會和奈克洛茲瑪的激戰中敗陣，被它丟回了原來的世界，而奈克洛茲瑪自己也跟他們一起跑到了阿羅拉。莉莉艾和主角在祭壇吹響笛子後小星雲進化為索爾迦雷歐（究極之日）/露奈雅拉（究極之月），隨即被突然出現的奈克洛茲瑪吞噬，但馬上就敗給了主角。隨後，奈克洛茲瑪逃回究極大都會，同時將阿羅拉的光芒盡數帶走。主角隨後在究極調查隊幫助下憑藉露奈雅拉（究極之日）/索爾迦雷歐（究極之月）的力量到達究極大都會，和露出真面目——究極形態的奈克洛茲瑪對戰，打敗它之後，光明再次回到了阿羅拉。之後，主角在聯盟打敗四天王后，面對勁敵哈烏的挑戰，成為阿羅拉聯盟的初代冠軍。二周目中，一個叫「彩虹火箭隊」的巨大邪惡組織出現在阿羅拉。他們由歷代遊戲中的反派頭目組成，由火箭隊老大坂木率領，來到阿羅拉之後先是入侵了圓慶廣場被管理員馬瑪內趕走，之後又佔據了露莎米奈的豪宅作為自己的總部。主角和莉莉艾以及改邪歸正的古茲馬一起前去挑戰他們。在最後打敗帶著超夢的坂木之後，他思考著該怎麼建立他想像中的邪惡的世界而離開。
如果說黑白造就了最受歡迎的男性NPC——N，那麼日月可以說造就了一個最受歡迎的女性NPC——莉莉艾。與N所不同的是，莉莉艾沒有什麼特異能力也不是什麼數學天才，本來她也不過是一個普普通通的女孩子，不過是比起一般人她家境很好知識淵博，但因為母親的那種近乎偏執的念想和強大的控制欲，她和哥哥選擇帶著自己所珍惜的寶可夢離家出走來表達不滿。露莎米奈自己和古茲馬都批評他們兄妹「叛逆」「不聽話」「不是好孩子」，但是毫無疑問，從心底裡，他們都是真心關心愛護著母親，因為這樣莉莉艾才會在她消失在究極之洞後鼓起勇氣前往祭壇，格拉吉歐才會回到基金會用少年孱弱的肩膀扛起凝聚母親心血的以太基金會。至於露莎米奈，雖然活體冷凍和狂熱地想見到異獸的做法顯得非常病態，但是格拉吉歐說：這大概是因為她太思念我父親了，如果是這樣的話，我便也能接受了。當年，格拉吉歐和莉莉艾的父親莫恩博士是一位研究究極之洞的專家，在一次研究活動中他消失在究極之洞中，下落不明。從此之後，原本對子女非常慈愛、溫柔善良的露莎米奈為了找到丈夫，逐漸在虛吾伊德的毒素作用下變成了如今這麼一個偏執的40多歲的美魔女。在她眼裡孩子變成了她的工具，不聽她話的孩子就是沒用的，心心念念的只有究極異獸，最終連迷戀她的古茲馬在究極之洞裡看到她那個樣子都嚇怕了。固然，那些想要莉莉艾做他們老婆的玩家可以毫不留情地罵露莎米奈一句「瘋婆子」，但為什麼她會變成這樣，僅僅是因為她心裡愛著那個已經在度假地不修邊幅得變成大叔模樣的丈夫罷了（在遊戲中一個設施「寶可度假地」裡，有一個叫莫恩的大叔可以幫主角照顧寶可夢並種植寶可豆和樹果，他和莉莉艾一家一樣也是金髮碧眼，然後偏偏就叫莫恩，雖然一直沒有挑明不過可以相信他應該就是失蹤了的那個莫恩博士，只是失憶了而已；而失憶這一可能性在二周目中通過寶石系列對戰開拓區的對戰大君莉拉穿越究極之洞失憶成為國際刑警的劇情也可以論證成立）。
而究極異獸，這個完全新鮮的概念也頗有意思。究極異獸被設定為從另一個世界來到阿羅拉的生物，具有危險性，而且他們身上沐浴著特殊的究極力量，在究極日月中根據調查隊的說法，這可能就和阿羅拉的Z力量是一致的。究極異獸降臨阿羅拉頗有外星生物入侵的色彩，而有趣的是，它們的入侵完全是因為一個思念丈夫過頭的女人強行扭曲了時空而導致的，也就是說，僅僅是為了找失蹤人口，露莎米奈就像潘多拉打開魔盒那樣，給阿羅拉帶來了災厄。但是，同樣是從另一個世界過來的，太陽之神索爾迦雷歐、月亮之神露奈雅拉，甚至奪走光明的奈克洛茲瑪，他們卻被阿羅拉人民奉若神祗，也沒有那個駭人的「異獸氣場」，原因很簡單——它們來得早，被同化了，就像阿羅拉那些特殊的地區形態一樣。這種完善的生態體系，加上圖鑑裡略有些黑暗的「食物鏈」，把原本近乎烏託邦的寶可夢世界一下子拉回到現實。
相比日月而言，究極日月雖然號稱「劇情量翻倍」，但個人覺得將露莎米奈打開究極之洞的目的改成「幫助調查隊對付騾子馬」這一點略為敗筆，使得究極日月的主線立意比日月低了不少。日月裡面露莎米奈的偏執是一種「蝴蝶效應」，僅僅因為她一己私慾卻讓整個地區陷入了巨大的危機，哪怕女兒帶著她遠走關都，後面還是有不少人要為她收拾殘局。大概究極日月是為了照顧玩家們想找莉莉艾的想法，所以改動了劇情讓莉莉艾得以留在阿羅拉，但是彌補這個缺憾卻讓劇情變得不如日月那麼震撼人心了，甚至連動畫版的日月將打開究極之洞的罪魁禍首改成扎奧博而露莎米奈是為救一雙兒女被帶走這樣的劇情都已經飽受詬病，不知道11區人民對究極日月的這個劇情是否會買帳。
另外，阿羅拉以夏威夷為原型，因此加入了不少原生態的元素，包括接地氣的土地神卡璞家族，神聖的諸島巡禮機制，發大招用跳舞的Z招式等等。不過，在這麼原生態的地方，反而圖鑑變成了一個AI，一下子就高大上了起來。
精靈寶可夢遊戲七個世代的故事，到這裡就都結束了。不知道大家喜歡哪一個故事呢？當然，接下來在新平臺NS上又會有新作出現，在新作中會有怎樣的劇情，也是令人期待。