住在深山小鎮糸守町的高中女孩三葉和住在東京的高中男孩瀧，兩個素昧平生且沒有任何交集的高中生，卻不知不覺地從某一天開始會在夢中與彼此靈魂交換，開啟了兩人奇妙的相識過程。
從剛開始意識到彼此的存在，到後來漸漸能夠融入對方的生活。三葉的細心讓瀧暗戀的學姊對他產生好感，瀧的堅定也幫助了三葉擺平那些欺負她的同學，兩人合作無間地過好彼此的生活，也互相記錄分享著彼此的人生。
然而，從某天開始，兩人的靈魂卻再也沒有交換了。
那天正巧是三葉替瀧安排與學姊約會的日子，但沒了三葉的細心，學姊也感覺到不對勁，結束後，懊惱的瀧想播通電話告訴三葉自己搞砸的約會，卻怎麼樣也打不通。沒有對方的生活好像就是哪裡怪怪的，這才發現，不知不覺中，早已習慣有對方陪伴的生活了。
因此，瀧決定啟程尋找三葉，卻沒想到，此時此刻的三葉早已不在人世，三葉已經在三年前的彗星墜落事件中和村莊一起消失在世界上了。原來和自己交換身體的是三年前的三葉，原來現在一心一意想找的人是出現在死亡名冊上的名字…
看到這段劇情時真的很虐心，畢竟分隔兩人的不是遙遠的距離，是根本無法跨越的時間。
知道真相的瀧看著手上的紅色髮帶，想起三年前，曾經有一個不認識的女孩在電車上喊出了自己的名字，當時的瀧還不認識三葉，只覺得是哪來的奇怪女孩。現在想起三葉當時困窘又有點失落的表情，瀧一定很懊悔和心疼吧，想著三葉一個人大老遠地跑到東京，好不容易找到瀧卻被當陌生人，也難怪三葉回家後會失落的剪短頭髮，就像許多失戀的女孩一樣。
三葉的外婆曾說過：「連接繩線的是結，人與人之間的關係是結，時間的流逝也是結。當食物進入人體，與人的靈魂聯結，也會成為新的結。」
三葉與瀧的生命線就像編織的繩結一樣，時而纏繞、斷開，再連接上，既是時間的流逝，也是兩人之間的聯結。為了能夠重新見到三葉，瀧喝下三葉生前留下的口嚼酒，讓自己與三葉再次產生聯結。
他們在山頂追尋著彼此的聲音，直到黃昏之際才終於看到對方，這是他們第一次站在彼此面前呢。三葉一步步地走向前，眼睛不自主地流起淚來，瀧笑著對三葉說：「我來見你了！」
真的很喜歡這段互動，給人很溫暖的感覺。
然而，就在黃昏即將結束的時候，他們說好為了不再忘了彼此，要在對方手上寫下自己的名字，卻在剛畫下第一筆的時候，回到各自的時空。
回到彼此的時空後，兩人不斷呼喊著對方的名字，天真的以為這樣就能把對方深深刻在腦中，然而記憶卻仍然快速地消逝。
「你是誰？你是誰？你的名字是什麼？」瀧哭喊著
三葉也在意識到自己想不起瀧的時候著急地哭了起來，雙眼因為淚水而模糊，腳步也跟著不穩，三葉跌倒在地，卻無意間看見張開的手掌心上寫著「我喜歡你。」
她哭著說「你這樣我根本…不知道你的名字啊？」
瀧和三葉最害怕的就是忘記彼此的名字，因為那代表與對方有關的一切，
是那些與對方認識、相處、相伴的點點滴滴，但這一切都隨著時間快速地流逝當中，消逝得連最後一點交集都沒有，兩條生命線又再次斷開了。
五年過去，他們甚至已經完全不記得這些回憶，總在一覺醒的時候，有種失去了什麼的感覺。這種好像遺失了什麼，卻始終想不起來、始終找不到的感覺，真的很不好受。
直到有一天，兩人在交錯的電車上四目交接，他們找到了對方、認出了對方，跑出月臺不斷尋覓著彼此。最後，他們在巷子的階梯上相遇，瀧轉過頭，叫住了三葉：「你的名字是？」伴隨著三葉流淚的回眸，成了這部片的結尾。
停在這裡，很溫暖、很揪心、後勁也很強，人與人之間的關係不就是這樣嗎?時而纏繞、斷開，再連結上，雖然現實生活不會發生靈魂交換、穿越時空這樣的事情，然而人與人之間的錯過卻是真真實實存在的。
或許有些人曾經與我們的生命如此接近，然而當纏繞的繩結解開後，時間的推移卻讓我們漸漸地變回陌生人，就像回到各自時空的瀧和三葉一樣，只有在某些夜深人靜的時刻，會突然想起那個好像忘記了好久的人。這樣的錯過都不是誰再多努力一點就能改變的，或許我們能做的終究只有在緣起緣滅之間好好珍惜那些擁有的時間吧。