三部曲的收官之作《蝙蝠俠：黑暗騎士崛起》就是要將布魯斯韋恩和蝙蝠俠這個符號分開，就和劇中的臺詞一樣「任何人都可以是英雄。」
蝙蝠俠背負抹黑這八年裡，哥譚可謂和和平平，黑幫的各種勢力圍剿下消停了起來，而哈維丹特被塑造成了一個真正的光明騎士，以法案的形式將罪犯送進了監獄。但戈登他處於想要替蝙蝠俠翻案和目前的制度維持了城市的和諧的矛盾之中。當制度墮落到壞人逍遙法外而普通人處處受限時，人民需要蝙蝠俠這樣的英雄，它可以為了他人奉獻自己，來換取制度上的平穩。戈登深知：一個被謊言編織的偶像不是長久之計，他最大的願望時蝙蝠俠可以回來，並不是真正得到危機到來的時候回來，而是被人民真正意識到他是個英雄。他一度想要告訴別人這一切，但職業操守讓他選擇了放棄。將這張演講稿存放起來。
劇情由貓女和反派貝恩推動：貓女偷布魯斯的指紋，交易給一個貝恩控制的老闆，貝恩要利用這指紋將布魯斯公司搞破產。警察趕到，戈登警長追到下水道但被貝恩擒獲，雖然藉助下水道逃生，但那封演講稿被貝恩拿到，裡面寫了所有的真相：「蝙蝠俠不是殺害哈維丹特的罪犯，而是英雄。」青年警察布萊克知道了貝恩的計劃後就去布魯斯家裡勸蝙蝠俠復出。因為他小時候在布魯斯父母資助的一家慈善學校長大，他兒時見過蝙蝠俠，認定布魯斯就是蝙蝠俠。瑞秋和布魯斯說過，等到哥譚不需要蝙蝠俠的那一天，我們會在一起。但他們都明白，沒有那一天。放棄蝙蝠俠身份的8年時間裡他是布魯斯韋恩，在哥譚失去了至親，昏昏頓頓八年，他也知道等到妖霧又重起時，蝙蝠俠會重新歸來。這是一部要將布魯斯韋恩和蝙蝠俠分開的電影，就如同蝙蝠俠的誕生一樣，這次是布魯斯離開了。
貝恩領著劫匪洗劫證券交易所，挾持人質逃跑。蝙蝠俠重新出山，但是所有警力將槍口對準了蝙蝠俠，使貝恩輕鬆逃跑，並利用布魯斯的指紋把韋恩的企業一夜之間破產。韋恩企業研製出的用來做清潔能源的核聚變裝置，落入壞人手中就可以變成核彈。布魯斯由於個人破產也被迫離開董事會，同時把自己權限交給了馬裡昂。蝙蝠俠要貓女帶他到貝恩的地方跟貝恩單挑，荒廢多年的蝙蝠俠完全不是對手，蝙蝠俠被虐的遍體鱗傷，被貝恩扔到沒有人可以爬出去的地牢。唯一之前爬出去的是一個小孩。與此同時貝恩挾持了韋恩企業董事會成員，拿到了核聚變裝置，改造成核彈可以隨時引爆。隨後貝恩宣讀了從戈登的真相演講稿，將謊言戳穿，使得群眾剛剛建立起來的脆弱的信仰崩塌，並釋放了監獄裡所有的囚犯讓哥譚重新變成黑暗之都。
布魯斯在監獄中慢慢恢復，布魯斯通過監獄裡貝恩專門給他準備的電視中目睹了一切。最終戰勝對死亡的恐懼逃出地獄。好萊塢式的結局，戰勝敵人，但是沒能阻止核彈爆炸，只能開著蝙蝠機拉著核彈飛到海上爆炸來就整個城市的人。這是布魯斯韋恩以蝙蝠俠身份為哥譚人民留下的最後的正義，伴隨著布魯斯韋恩走了，
」人們永遠不會知道是誰拯救了這座城市。「
」他們知道。是蝙蝠俠。「
城市中留下了蝙蝠俠的雕像。布萊克扔掉了警徽，改名為羅賓，接手蝙蝠俠的職責。蝙蝠俠的圖騰仍然照亮在城市上空直到所有人成為英雄。