腸道菌、乳酸菌、益生菌，都是些什麼玩意兒，俺沒搞清楚他們到底有何區別！一篇文章與您詳細講解，以後俺也是文化人，就再也不怕買錯啦。。。
1.腸道菌、益生菌、乳酸菌傻傻分不清
● 由字義上說，住在腸道中的細菌叫「腸道菌」，會產生大量乳酸菌的細菌叫「乳酸菌」，對人體健康有益的菌叫「益生菌」。
● 腸道菌有數千種、百兆只，有相當比例是乳酸菌，數目會隨環境變化消長。
● 乳酸菌廣泛存在於自然界，與動植物共生，人類常利用來製造發酵食品，如泡菜、發酵乳等。
益生菌是科技名詞，科學家必須做許多努力，在證明某一株菌是真的有益生效果之後，才能將它叫做益生菌。
很多人不知道乳酸菌與益生菌有何差別，甚至有些企業看到科學論文探討某株乳酸菌，例如【A菌】的嗜酸乳桿菌，具有某種保健功效，就直接向菌種保存中心購買一株嗜酸乳桿菌的標準菌株，配成產品，當做是益生菌產品，也宣稱有該保健功效，大賣特賣，理直氣壯：「我們買的是A菌的標準菌株！」
這就是搞不清楚定義，急功好利，欺負消費者。因為菌株標準與否，與菌株是否有功效，是兩碼子事。這種產品實在不敢恭維，劣幣驅良幣，打壞益生菌的名聲。
2.乳酸菌與益生菌哪個更好？
益生菌大部分是乳酸菌，乳酸菌只有少數菌株可以被稱為益生菌。
益生菌是指經過研究、清楚證明對健康有益的、活的微生物，乳酸菌是指會產生乳酸的細菌，二者大不相同。但是為什麼兩個名詞常常被混用呢？因為被證明是益生菌的菌株，絕大部分是乳酸菌，所以講到益生菌時，很自然會聯繫到乳酸菌。
相反的，乳酸菌菌種成千上萬，但真正經過研究證明，可以稱作益生菌的不過是其中一小部分。
舉 個 慄 子
我們研究室由自然環境、母乳、幼兒糞便、泡菜、中藥等，分離出幾千株乳酸菌，但是能夠通過耐酸、耐膽汁，以及各種保健功效的探討的，只不過是其中少數十幾株，這些菌株還要經過漫長的功效認證、安全實驗、才夠格稱為益生菌。
舉個日本某乳酸菌飲料的乾酪乳桿菌代田株，以及我研究室發的植物乳桿菌K97為例，屬名都是乳桿菌；種名，一個叫乾酪，一個叫植物；株名，一個用發現者代田捻博士的姓來命名，一個直接用研究室內部編號命名。
我們研究了數百株植物乳桿菌，淘汰掉九成九，精挑細選出幾株菌株，K97的抗過敏活性很強，另一株K95可改善代謝症候群，還有一株是消炎效果特強。用一般的研究方法無法解釋為何同樣是植物乳桿菌，功效表現如此不同，我們正忙於著用營養基因體技術，深入探討這個問題。
結 論
結論是「乳酸菌」成千上萬，隨處都有，其中只有極少數經過精挑細選，對健康真的有益的特殊菌株，才能稱為「益生菌」。
也因此，聯合國世界糧農組織（FAO）和世界衛生組織（WHO）才會說看益生菌要看菌株層次。當菌株寫出來時，這株菌後面的研究團隊就必須負責了。
3.獨樹一幟的雙歧桿菌
雙歧桿菌在發酵葡萄糖時，會產生60%的醋酸及40%的乳酸，嚴格起來說，並不符合雙歧桿菌「產生乳酸需佔代謝物50%以上」之定義。但是，它們的健康形象太好了，又是健康腸道中的重要菌種，所以，我們習慣將它們列入廣義的乳酸菌家族。
雙歧桿菌除了乳酸產量較低，其他乳酸菌特性都具有，而它們的形態卻可能是杆狀、球狀、彎曲狀，以及一端分叉的「雙歧」狀，變化多端。
在分類學上，雙歧桿菌也是最不容易掌握的。它的名字被改了20多次。最早它們被分類為「乳酸桿菌屬」，70年代才被獨立成「雙歧桿菌屬」。到了1997年，根據DNA序列重新分類的結果，雙歧桿菌竟然遠遠地放到「放射菌門」去了，而其他乳酸菌卻是屬於「後壁菌門」，雙歧桿菌和其他乳酸菌竟然就這樣從「界。門。綱。目。科。屬。菌。株」裡第二階層的「門」就分道揚鑣了。
這樣還能說雙歧桿菌是乳酸菌嗎？從分類上看，確實不宜。但是從健康角度、從腸道菌的角度看，我還是不願意把它們分開。因此，當我說乳酸菌時，請記得，一定要包括雙歧桿菌的。
4.常見的益生菌菌種● 益生菌的菌種菌類及數目越來越少，下面的表整理出部分常見的菌種，這些菌株在我國都被列為食品可用菌，也都是美國食品暨藥物管理局列為GRAS，即「一般認為安全」的菌株。
● 一般消費者習慣說的A菌指嗜酸乳桿菌，B菌指雙歧桿菌，C菌指乾酪乳桿菌，F菌有人指酵乳桿菌，有人指糞腸球菌。這種慣用簡稱，意義不大，特別是B菌，究竟指哪一種雙歧桿菌也不清楚。
引你入門，大略地描述一些常見的益生菌菌株
主要住在大腸中後段，是腸道健康重要指標。
雙歧桿菌在許多動物腸道中都有，但只在人類與天竺鼠的腸道中是優勢菌種，它們被當做腸道健康的指標，嬰幼兒體內的數目最多，可以多到佔腸道菌的90%以上。生病了、老了、衰了，其數目就會減少到百分之一甚至千分之一。
雙歧桿菌分成怕氧氣，在研究室中，由糞便或母乳中分離雙歧桿菌時，必須將離開糞便或母乳後立刻裝進厭氧瓶中，之後的炒作也必須全程保持嚴密的無氧狀況。所以，雙歧桿菌在腸道中，主要都住在氧氣完全被用完的大腸中、後段。
（2）乳桿菌屬
主要在小腸後段及大腸前段，與人類生活關係最密切
這是與我們人類生活最密切的乳酸菌，也是乳酸菌最大的一個屬，在自然界分布最廣。它們不像雙歧桿菌那麼厭氧，分離培養比較容易，在含氧量較高的大腸前段及小腸中數目都很高，事實上，身體表面各處都找得到乳桿菌。
（3）乳球菌屬
乳酸乳球菌的乳酸生產力強，是最重要的乳品加工乳酸菌，也是最常以基因工程將研究的菌株，例如荷蘭的團隊將「介白素—10」基因導入，用於治療克隆氏症，已經進入臨床研究。我們研究室由福菜中分離一株乳酸乳球菌，具有很強的免疫調節及抗過敏功效，已經提出國際專利申請。
（4）腸球菌屬
糞腸球菌及屎腸球菌在許多國家是未被許可用在食品的，但是在日本及臺灣卻是常用的益生菌菌種。腸球菌體積很小，所以一般宣稱含幾千億、幾兆菌的產品，多半就是使用腸球菌，而且多半是死菌產品。例如很多產品使用的EC12,就是死菌體。
（5）其他
常見的益生菌中，有四株菌不屬於乳酸菌。
芽孢桿菌，常被稱為「有孢子乳酸菌」，其實很早就由乳酸菌被劃分為桿菌屬去了，所謂的「中山菌」就是一株芽孢桿菌。
酪酸莢膜梭菌，聽到莢膜梭菌就會想到產氣莢膜梭菌、困難莢膜梭菌、破傷風梭菌等相當可怕的病菌，但是這株習慣稱為酪酸菌的酪酸莢膜梭菌，卻是知名的益生菌，日本的胃腸藥「妙利散」用的宮入菌，就是這種酪酸菌。
布拉低酵母菌，也是歐美知名的益生菌，對各型腹瀉挺有效果。
最後要提到一般公認的壞菌大腸菌，居然也有少數菌株是益生菌，例如NISSLE1917就是一株非病原性的變種大腸菌，這株菌是1917年痢疾大傳染時，由一位未知感染的士兵糞便分離出來，在歐洲已取得治療腸疾認識達九十年了。