《仙劍奇俠傳三》故事的起因是從鎖妖塔頂端突然坍塌，封印被解除開始的。但是，更深層的因果卻要追溯到千年前的神界。神將軍飛蓬與魔將軍重樓因兩界的衝突而屢屢交手，一直難分勝負，兩人逐漸有惺惺相惜之意。重樓提出要和飛蓬在自己發現的一處新仙界中決鬥，一較高下。兩人勢均力敵，比試曠日持久，最終驚動了天庭，天帝派兵捉拿飛蓬問罪，飛蓬因感知到追兵將至而分心，佩劍被重樓打落人間而落敗。
光陰荏苒，飛蓬被神界問罪貶為人，經過多次轉世成為渝州唐門新安當鋪夥計景天。同時，重樓自魔界窺探人間，偶然發現飛蓬的轉世如此卑微平凡，心中動念想要幫助景天，於是來到人間，滋擾蜀山，想要幫飛蓬找回佩劍，無意中毀壞了鎖妖塔，偶然得到了飛蓬在人間第一世——姜國太子龍陽鑄煉的魔劍。景天得到魔劍的同時，結識了唐門小姐雪見，從此改變了自己的生活。於是這一對歡喜冤家就開始了打打鬧鬧的生活，雪見其實就是一個什麼都知道的，蠢萌蠢萌的女孩，也是很多人都羨慕的女孩。她和景天的愛情也很美妙，兩個人整天打打鬧鬧，嘻嘻笑笑，就這樣過著無憂無慮的生活，卻不知道他們有著很大的責任。
龍葵其實是景天的妹妹，當然也是一個很厲害的人物，她其實是千年前姜國的最後一位公主，龍陽的妹妹。因姜國滅亡，哥哥龍陽戰死沙場而生無可戀投身劍爐煉成魔劍，其魂魄化為魔劍之靈等待著與哥哥重逢。千年後鎖妖塔頂端突然坍塌，魔劍重見天日，龍葵終於等到了哥哥龍陽的轉世——景天解開了封印。於是龍葵跟隨景天一行人行走江湖。之後為了要打敗邪劍仙，必須將魔劍和鎮妖劍合二為一。煉成新劍，就必須要有人跳入煉爐，而選擇只得由雪見或龍葵中的一人跳入煉爐。雪見二話不說，願意跳下去煉劍。但是龍葵卻擋了在雪見身前。景天心痛，龍葵深情地請求景天給自己一個跟景天並肩作戰的機會，這是她一千年前早已許下的願望。這一女子，生性溫柔，為了哥哥自願墮入地獄。捨棄自己的生命，不禁讓人心疼，也更讓人覺得她愛的無私。
少女時期的紫萱天真爛漫、清純可人，性格堅韌、敢於追求真愛，是一個開朗率真的苗疆小姑娘。第二世時紫萱在百年來極端痛苦的等待中，借酒澆愁，偽裝成風情嫵媚的樣子，卻依然深愛著戀人，雖然與林業平結為連理，卻最終痛苦分離，最後留下了遺憾紫萱為了愛情，是自私自利的，不僅束縛了自己，也影響了他人。紫萱身為兩百歲的女媧後裔，並沒有履行她的職責；身為人母，她是不稱職的，為了與愛人再續前緣，利用水靈珠封印女兒青兒的成長發育；為了永保青春容貌，永遠的愛長卿，偷取魔尊重樓的不死心。
紫萱是個痴情的苗族女子，為情所困，不信宿命，她身系女媧族人，卻最終無法實現與愛人白頭偕老的願望，她為了愛情不顧一切、付出所有、犧牲所有，但兩百年後飽受情愛煎熬的紫萱最終走向成熟，面臨災難來臨時，紫萱捨棄心中的三世小愛，讓聖姑帶青兒走，自己留下，去彌補過錯。經過了兩百年的三生三世，紫萱最終還是為大愛捨棄了兒女情長，她感受過情愛帶來的幸福，也受盡情愛帶來的苦楚，最後他們也只能天各一方，從此陌路。這一痴情的女子，誰又能說她是錯了呢？只不過是為了追求自己的愛情。這三個貌如天仙的女子，各有各的不同，如果是你選，你會選哪一個呢？