《精靈寶可夢》已經播出了6代，直到現在《精靈寶可夢日月》還是人氣火爆。基本上每一代都會有不同的神獸出場，神獸的出場方式當然是最高規格的劇場版啦。基本上每一隻神獸都有屬於自己的劇場版，在裡面大顯神通。但是有一隻神獸是沒有劇場版的，那就是《精靈寶可夢XYZ》裡的「Z神」基格爾德。雖然它沒有獨立的劇場版，不過官方還是給足了排面，在TV版裡，連續5集講述這個大事件，堪比劇場版了。
這次事件發生在小智參加卡洛斯地區的聯盟比賽結束後，閃焰隊帶著被控制的基格爾德（百分之50形態）襲擊了競技場。整個密阿雷市被基格爾德召喚出來的植物破壞，建築四分五裂，情況十分危急。小智身邊的夥伴之一柚麗佳的寶可夢「小軟」，得知自己的同伴被控制，馬上變成了百分之十的形態去阻止被控制的同伴。（小軟是另外百分之五十的基格爾德）當然百分之十形態很快就被打倒了。「小軟」一番勸阻未能讓被控制的同伴清醒，只好變成百分之五十形態。
而受到被控制的基格爾德影響的密阿雷市，陷入了混亂。卡洛斯冠軍等一眾實力超群的人都紛紛出動，幫助普通老百姓避難。而小智與艾嵐則在天台上跟閃焰隊的頭目弗拉達利進行激烈的戰鬥。得知弗拉達利野心的艾嵐，決定要阻止弗拉達利保護這個世界。而另一方面，「小軟」百分之五十形態還是不敵與被控制的同伴，也被控制了。
小智與艾嵐在面對弗拉達利的超進化暴鯉龍，陷入了艱難的局面。就在這個時候，原本是弗拉達利的最好的同伴的帕琦拉倒戈相向，幫助陷入苦戰的小智與艾嵐。並且勸阻弗拉達利回頭是岸，結束這一切。當然處心積慮了這麼久的弗拉達利並沒有因為帕琦拉而停止這個瘋狂的計劃，最終在小智與艾嵐奮力抵抗下，成功擊敗了弗拉達利，而此時弗拉達利也逃跑了。此時被控制的「小軟」，在柚麗佳的深情歌唱中也終於清醒了。
而希特隆與他的智慧機器人一同破壞了敵人的機械裝置，也成功解救了被控制的基格爾德，在柚麗佳的勸說下，基格爾德選擇在一旁觀察人類的舉動，看看人類是否真的可以再次相信。然而危機並沒有就此結束，弗拉達利一直研究的巨石動了起來，向著日晷前進，如果它們相遇，這個世界就會毀滅。就在這個時候，卡洛斯所有的道館館主與冠軍出現了，並與小智一眾人合力對抗這個巨石。
在眾人的合力下，救出了埋藏在巨石裡的寶可夢哈力君，巨石也失去了能量停止了行動。本以為危機結束了，但是受到弗拉達利的機械裝置控制，巨石再次行動了起來。而之前一直在旁觀察的小軟與夥伴，終於被眾人的努力付出所感動，決定再次相信人類。於是小軟與同伴合力進化為基格爾德百分之百形態，給予巨石致命一擊，危機終於化解了。「Z神」也由此誕生。
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