消化不良主要由：胃腸道蠕動減慢、胃腸道內各種消化酶（胃酸、胃蛋白酶、膽汁、胰液）的分泌不足、胃腸道的血供不足、交感神經興奮引起胃腸蠕動減慢、胃潰瘍、幽門門螺旋桿菌的感染、精神心理因素、腸道內缺乏腸道益生菌、腸道菌群失調、食用腐敗變質食物等因素所致。
腹痛是消化不良最常見的一個症狀，很多患者在出現消化不良時，會伴隨有腹痛的症狀；有些患者還會出現腹瀉，大多數腹瀉都是間歇性的，偶爾也有患者會出現持續性的腹瀉，少數患者還可能出現便秘，持續的消化不良還會導致患者出現食欲不振、沒有胃口，從而導致身體營養物質不足或者是營養物質的吸收不足，甚至會引起體重下降，身體消瘦等臨床表現。
此外某些患者由於消化不良會出現打嗝的症狀，消化不良會持續性打嗝，同時還伴有胃脹，胃脘部灼熱不適，噁心等，這些都是消化不良的常見症狀，當然這些症狀並不會同時發生，只會發生其中的某一些症狀。
對於消化不良，應根據病因的不同來治療，如果有原發性疾病，可以先治療原發性疾病，當原發疾病治癒後，消化不良症狀亦會緩解，例如患者本身患有膽道疾病，由膽汁分泌不足所引起的消化不良，那就優先治療膽道疾病，在膽道疾病治療後，消化不良的症狀亦會隨之緩解，如果患者是由於胃腸道蠕動功能減慢，可以口服嗎丁啉以促進胃腸道蠕動往往會有很好的效果。