魔法少女小圓，初看名字的確容易讓誤解為一部青春少女劇情向的動漫。直到看到虛淵玄這個名字，這位擁有著愛的戰士美稱的作者，那麼這部動漫的內容註定就是不平凡的。故事的開頭是由本作的主人公鹿目圓的夢境而開始的，在夢境裡，小圓見到了似曾相識的擁有一頭黑色長髮正在戰鬥的美麗少女。在第二天，她就真的看到了自己夢裡見到的女孩，剛轉學而來的轉校生曉美焰。而更令她驚訝的是，這個轉校生似乎對整個校園的周邊環境都十分熟悉，仿佛她已經在這裡生活了很多年。
小圓驚奇之下，就和朋友美樹沙耶加和新認識的學姐巴麻美提及了這些疑惑，但此時的她們仍舊只是一群對未來充滿希望的無知少女，只有一直暗中關注她們的曉美焰知曉一切。隨著一隻被追殺的異種生物丘比的出現，成為魔法少女這個因祈禱願望而化身的名詞便出現了，一直孤獨戰鬥的學姐希望小圓和沙耶加能加入她，隨即開始對兩人開始引導。之後曉美焰多次出現，她誠懇的忠告了小圓絕不能成為魔法少女，警告小圓死去的學姐就是所有魔法少女最終的下場。
在這部動漫的最後三集，前面所有的因果才真正的顯露出真相。原來這個世界線只是曉美焰因祈禱成為魔法少女拯救鹿目圓的溯回時間線之一。在此之前，她已經無數次的溯回時間和小圓重新相遇。當然，她也無數次的拯救小圓失敗，前面所有的時間線都沒能戰勝魔女之夜的強大的魔女。所有故事的人起源要從最初時間線說起，那時的曉美焰還只是一個戴眼鏡綁著麻花辮的病弱膽怯少女，在轉校到來之初，她受到了小圓熱情真摯的照顧。
在最初的時間線裡，鹿目圓已經成為了魔法少女，在曉美焰受到魔女的蠱惑險些遇險，是小圓和學姐們一起出現，及時的救了她。曉美焰與鹿目圓在最初的時間線裡相遇了僅僅一個月，她對小圓的感情最質的變化，大概就是小圓手薔薇弓矢出現救她的那一刻。小圓的勇敢，善良，樂觀，真誠大約是曉美焰心目中唯一一道不滅的光，即使她多次穿越了時空不死心的拯救小圓，就能看得出來這個女孩內心是多麼渴望自己最愛的朋友能重新活下去。在這數次的回溯時光中，她只要有一絲的動搖和絕望，那麼，她的靈魂寶石就會被汙染從而變成魔女。那麼，小圓和她的悲慘命運就永遠無法改寫了。曉美焰的心中是很清楚的。
在多次回溯時空的過程中，曉美焰逐漸知道了魔法少女的種種真相，原來魔法少女的靈魂已經被丘比提取出來，化成了靈魂寶石，身體已經是一具空殼。甚至連魔女都是魔法少女絕望之後，靈魂寶石被完全汙染破裂化成悲嘆之種而來的。所謂的少女祈禱願望化身成的魔法少女，使用魔法打敗魔女得到的悲嘆之種也不是什麼增強魔力的獎勵，卻是魔法少女們維持靈魂寶石的純淨度的工具，一旦魔法少女們缺乏悲嘆之種就很容易化成魔女而已。那麼，魔法少女世界就是一場殘酷的死循環，無數的帶著希望成為魔法少女的少女，最終都會走上在戰鬥中被同類或被魔女殺死和內心絕望變成魔女被無情地消滅的悲慘命運。丘比正是引誘無辜少女的禍首。