清末，八國聯軍入京，慈禧太后攜光緒皇帝等人倉皇西逃。西行路上，由於御膳大廚失蹤，慈禧只得命太監小李子在當地挑選廚師。小福貴的爺爺有一手好廚藝，被小李子選為慈禧的御用廚師，但他卻無意中發現有人給慈禧的菜餚中下了毒……
維新變法之後，慈禧太后對光緒皇帝極度不滿，有心廢黜卻又有所顧忌。後黨大臣榮大人揣摩到太后的心思，買通太監小李子，利用在菜餚中下毒謀害慈禧的方式以嫁禍光緒，促使慈禧太后下決心早日廢黜光緒皇帝。稀裡糊塗之下，小福貴的爺爺成了政治的犧牲品，被認定是下毒兇手，判處死刑，秋後問斬。 為了救出爺爺，小福貴只有在刑期之前成為首席御廚，才能獲得皇帝賜予的免死金牌。身手不凡的神廚小福貴苦練十八般廚藝，就在他成為首席御膳大廚時卻又被捲入了一場政治鬥爭的漩渦當中……
小福貴：一個山村少年，洪老頭的孫子。他聰明、調皮，對爺爺極為孝順。他從小跟爺爺學做菜，左手食指能測出菜的味道，味道最佳時，手指能變成金黃色。他為了拿到御賜的金廚具，救出被捕的爺爺，大膽創新，將祖傳的廚藝發揮到了巔峰。 小飛蝶：一個神秘的江湖俠客。她美麗可愛、聰明活潑，但又有點刁蠻。她為了給死去的爹娘報仇，多次伺機刺殺慈禧，但總是以失敗告終。其實她的真正身份是一位流落民間的格格。 慈禧：清末太后，人稱「老佛爺」。她位高權重，在政治上頑固、守舊，很會玩手腕，心狠手辣。在生活中，她貪戀美食，喜歡一些新鮮、時尚的東西，有時候也會流露出一些真情。
光緒：清末皇帝，但被慈禧剝奪了實權。他思想開明，心地善良，試圖通過政治改革振興國家，卻因此受到慈禧的阻撓和壓制，也受到守舊派官員的暗中迫害，內心十分苦悶和憂鬱。他也給了小福貴很多幫助。 洪老頭：一個老實善良的老廚師。他廚藝非凡，做出的洪家菜風味獨特。他被小李子抓去為慈禧做菜，卻成了小李子下毒的替罪羊，被打入死牢。他十分疼愛孫兒小福貴，一直希望他當上御膳大廚，振興洪家菜。
小李子：清宮裡的太監，御膳房二總管。他貪戀權勢，擅長拍馬屁，後來被K大人收買，屢次想毒死皇上。他的各種陰險手段層出不窮，卻總是不能如願。他又自戀又好色，嫉恨小福貴，暗戀小飛蝶，經常吃小福貴的醋。他的口頭禪是：「太痛苦了！」
小李子給即將接受金廚具的小福貴洗澡，這讓他想到了小福貴剛進宮時給小福貴洗澡的情景，小李子痛苦萬分，因為他知道，這可能是他見小福貴的最後一面，小福貴臨走時，送給小李子他的工具箱留作紀念……
K大人派人在前往皇宮的路上陷害小福貴，老太醫拼死相救，最終與欲陷害小福貴的眾廚師同歸於盡。 小福貴安全地來到了皇宮，這讓K大人感到十分氣憤。得到金廚具的小福貴為老佛爺做了一道菜，名曰「母子情深」，並提出了釋放皇上的意願，老佛爺斷然拒絕，這時K大人趕來，遞上了他誘騙皇上寫的不用小福貴照顧他的聖旨，與此同時，老太醫的死訊傳來。小福貴指控這一切都是K大人的陰謀，但他無法找出任何證據。 眾臣退下時，K大人得意洋洋地從小福貴身邊走過，告訴了他的一切，關於他的金手指，關於小蜜蜂，關於皇上，關於小福貴所遭受的，一切的一切…… 小福貴想到了小飛蝶給他留下的信，想到了皇上的話，他醒悟了——只有在民間，才能尋得真情，小福貴轉身，毅然離去……
老佛爺這才意識到，真正與她有感情的人都走了，走了…… 小李子要求K大人讓他們全家團圓，但馬公公告訴他，他的父母早已不在人世，謊言被揭穿，小李子懊悔的淚緩緩地，滴在了小福貴臨走前送給他的工具箱上…… 皇上獨自在瀛臺承受著孤獨的煎熬，想到了小福貴、小飛蝶，也在默默地落淚…… 小福貴策馬來到廣闊的草原，他看到了飛舞的蝴蝶，他感覺，好像是小飛蝶在呼喚他，小福貴騎著駿馬，遠去了……