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貓的牙齒和消化系統都是與消化肉類食物。如果日糧中的蛋白質含量減少，貓不能通過氮來產生自身所需蛋白質。狗糧中的蛋白質含量普遍比貓糧低，假設用狗糧餵貓，則可能發生蛋白質缺乏症。
攝入蛋白質的25%-30%適用於滿足皮膚及毛髮生長更新所需。攝入蛋白質不足或某些胺基酸缺乏都會導致脫毛、毛髮生長緩慢及普遍色澤暗淡易斷，尤其是長毛貓。
黑色素的合成是毛髮色素沉著的主要因素。這取決於前體胺基酸的充足攝入量，如絡氨酸、苯丙氨酸及半胱氨酸。如果這些胺基酸缺乏，毛色會改變顏色。黑色的毛髮轉變為紅色，但是橙色毛髮則會變得更亮。
牛磺酸，一種動物性胺基酸，貓咪對其有特殊需求。除牛磺酸之外，貓咪不能用其他胺基酸來產生膽汁鹽，而膽汁鹽又是小腸消化脂肪所必須的，因此需要依靠食物，直接吸收牛磺酸。目前的推薦量是乾糧中每千克乾物質至少含1克的牛磺酸。在溼糧中，這個量加倍（2克牛磺酸/每千克乾物質）。長期缺乏牛磺酸會引起視網膜的退化，甚至在幾個月後導致失明。牛黃酸缺乏也會導致心臟問題，主要是心腔擴張，最後牛磺酸缺乏會影響繁殖生育：生育能力低下、胚胎吸收、流產、新生兒畸形及小貓生長發育問題等。
視網膜及心臟的損傷與牛磺酸缺乏或多或少都有聯繫，這取決於個體差異；一些動物沒有任何症狀出現。胺基酸缺乏的診斷需要測量牛磺酸在血液中的含量，牛磺酸含量太低則證明其缺乏。
越來越多的貓咪被飼養在室內，因此它們排洩物的氣味，會讓人很不舒服，尤其是在大腸部位，由於蛋白質降解而產生的副產物味道很大。限制貓咪蛋白質的攝入量是不可能的，因此最好的辦法是儘可能地減少到達結腸的不可消化蛋白質，儘可能多的易消化性蛋白質（也就是提高肉的含量比）應該被用於控制糞便異味。
食物中必須提供必需胺基酸，因為貓咪無法自身合成這些胺基酸。狗需要的10種胺基酸，而貓需要11種，這包括貓對牛磺酸的需要。牛磺酸是1826年在牛的膽汁中發現的，這也是其命名的來源，它是一種含硫胺基酸，存在於大多數動物組織，主要是肌肉組織，動物心臟含量尤為豐富。
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