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7月4日，公安部與香港特區政府有關部門組成代表團在京就兩地進一步完善相互通報機制進行磋商。商談期間，內地有關省市辦案單位還將向香港代表團通報林榮基案有關情況，回應了此前外界對該案的相關質疑。同時，通報中也涉及在內地抓捕香港「3·14」重大搶劫殺人案嫌疑人揭冠國的有關情況。
據了解，林榮基於2015年被內地警方以非法經營罪立案偵查。後取保候審返回香港期間，突然於6月16日在香港立法會議員何俊仁陪同下在港召開記者會，聲稱內地警方跨境執法，並以此指責「一國兩制」遭到破壞。此事引發部分香港媒體關注。
寧波警方：犯罪行為發生在內地，不存在「跨境執法」問題
據寧波警方介紹，2015年上半年，寧波市公安局在工作中發現，有人向寧波地區非法銷售境外書籍。進一步的調查表明，香港銅鑼灣書店在內地轉寄這些書籍，並通過內地銀行帳號收取售書款。2015年9月，寧波市公安局對銅鑼灣書店店長林榮基等人以涉嫌非法經營罪立案偵查。
調查顯示，早在2012年林榮基就曾因非法攜帶24件出版物入境被羅湖海關行政處罰。此後，林榮基為逃避監管採取偽裝封面等手段，將內地購書人通過網上、電話購買的書籍從香港直郵給購書人或先郵寄給其在內地的女友胡某，再由其轉寄至購書人，並通過內地銀行帳號收取售書款，而林榮基按約定向胡某等人支付轉寄費用及報酬。至案發，僅胡某轉寄的出版物就達368單，相關內地銀行帳戶收取的書款達40餘萬元。林榮基等人對上述犯罪事實供認不諱。
「明明知道觸犯法律為什麼還要左一次右一次地包裝偽裝後讓我來給他轉寄？」林榮基的女友胡某在此前接受媒體採訪時說，「利用我來給他賺錢，感覺他簡直不是個男人。」
「犯罪嫌疑人林榮基轉寄書籍、收取售書款等行為發生在內地，並在深圳被抓獲，不存在在香港『跨境執法』的問題。」寧波市公安局辦案民警朱維宏告訴記者，2015年10月17日至24日，犯罪嫌疑人林榮基等人在深圳、東莞被公安機關抓獲並刑事拘留，之後被寧波市公安局監視居住，從始至終該案都由寧波警方偵辦。林榮基涉嫌違法犯罪活動的取證完善充分，寧波公安機關沒有向其提出返港取回涉案物品的要求。
林榮基因個人原因自己籤名放棄通知家屬的權利
「都是很煽動性的書。」 在寧波警方公布的一段視頻中，林榮基評價該書店所銷售的書籍時說，這些書籍大多是通過網際網路東拼西湊，「搞的太爛，香港人就不會看，因為看過就知道假的。」
專家表示，林榮基向內地出售的書籍大量內容胡編亂造，嚴重擾亂社會秩序，根據最高人民法院《關於審理非法出版物刑事案件具體應用法律若干問題的解釋》第11條、第12條，林榮基等人的行為已經觸犯了《中華人民共和國刑法》第225條第4項之規定，涉嫌非法經營罪。
但是警方透露，林榮基到案時，因長期與妻子、兒子關係不和，同時此次前往內地的原因為私會女友，導致其不願意把他涉嫌犯罪等情況告知家屬。
「我和林榮基被寧波公安局抓住以後，當時我們就申請不要請律師，也不要通知家人。」林榮基的女友胡某也證實了警方的說法，「因為他有家庭，而我上有70多歲的父母，自己還帶著一個孩子，他們都是無法承受這些打擊和壓力的。」
2015年10月24日，林榮基被公安機關依法採取監視居住措施。2015年11月6日，林榮基通過電話與其妻子進行了聯繫。
刑事訴訟法第73條第2款規定：「指定居所監視居住的，除無法通知的以外，應當在執行監視居住後二十四小時以內，通知被監視居住人的家屬。」專家表示，林榮基是自己籤名放棄通知家屬的權利，警方尊重犯罪嫌疑人的選擇，並由其自己通知家屬，這在道理上不能視為更不文明。
在林榮基被羈押期間，內地警方接到了香港警方的有關來函後，2016年2月4日，寧波市公安局通過廣東省公安廳港澳警務聯絡科，向香港警務處聯絡事務科通報了林榮基案的有關情況。
韶關圖書館館長怒斥林榮基在香港記者會上說謊
警方表示，基於林榮基「認罪態度相當好」，同時考慮其犯罪行為的性質並不十分嚴重，2016年3月21日，寧波市公安局根據法律規定對其解除監視居住並取保候審。
由於林榮基此前長期生活在香港銅鑼灣書店內，案發後已無法居住，於是林榮基提出因與妻兒關係不和，如果返回香港則存在居住困難的情況。內地公安機關根據其請求和意願，在取保候審期間安排其前往廣東韶關圖書館工作。
朱維宏介紹，今年6月初，林榮基向警方提出希望返回香港，主要是向香港警方銷案並處理個人事務，並明確表示他會遵守中華人民共和國關於取保候審的相關規定，對此警方予以同意。
根據取保候審的法律規定，林榮基返港後負有向內地公安機關報告個人相關情況的義務，並不得有妨礙刑事訴訟的行為，但林榮基通過媒體公開表示不會返回內地後，公安機關無法再與其取得聯繫。
林榮基還在香港召開的記者會上聲稱，自己在韶關圖書館工作期間遭「扣押」並被限制人身自由。
「如果他夠膽走到我面前來，我要跟他對質，看他說的是真話還是假話。」近日媒體播出了韶關圖書館館長陳偉清怒斥林榮基的畫面，他認為林榮基公然說謊，事實上圖書館的安保視頻能夠證明林榮基3月到6月在館工作期間自由出入和工作的情況，而且陳偉清還曾帶林榮基前往名勝景區丹霞山登山，並有兩人在景區的合照為證。
陳偉清表示，在他心目中香港是一個非常講法治的地方，但想不到立法會居然允許有人召開記者會向全世界說謊。
法學專家建議：兩地應儘快建立刑事司法互助機制
對本案中部分香港媒體關於管轄權的質疑，深圳大學基本法研究中心教授宋小莊認為，根據中國《刑事訴訟法》和《刑法》的規定，刑事犯罪案件由「犯罪行為地」法院管轄，而犯罪行為地既包括犯罪行為發生地，也包括犯罪結果發生地。林榮基偷運非法出版物入境或者在中國內地投遞非法出版物給他人，其破壞內地社會穩定的犯罪行為發生地和犯罪結果發生地都在中國內地，可見內地司法機構對林榮基案享有無可爭辯的刑事管轄權。
據了解，內地長期以來希望與香港達成刑事司法互助的安排，實現通報互涉兩地的刑事案件、移交逃犯、規定兩地刑事管轄權限以及相互承認和執行刑事判決等。但深圳大學法學院教授董立坤介紹，由於香港某些政治勢力的反對，兩地的刑事互助安排，至今沒有達成協議，致使有人在內地犯罪，或有人在香港對國家和內地機構以及個人犯罪，常藏匿在香港，逃避了內地的法律制裁。
中山大學粵港澳發展研究院研究員、副教授劉誠也表示，內地的地方政府與中央政府打交道不需要一套司法互助機制，內地所希望建立的這套機制恰恰是尊重「兩制」的產物。「但『一國兩制』的前提是『一國』。」 劉誠說，香港居民既是香港居民，也是中華人民共和國公民，若有違法犯罪，尤其是與國家安全有關的行為，「一國」是最根本底線。
寧波警方表示，鑑於林榮基的行為已經違反了《中華人民共和國刑事訴訟法》關於取保候審的規定，警方已敦促林榮基返回內地接受調查。如其拒不返回，寧波警方將依法對其變更刑事強制措施。法律專家稱，林榮基在取保候審期間違反規定，無論他將來是否歸案，公安機關必須依法對他變更強制措施。（本報記者 張 璁）