1603年,蒙古布延薛汗去世。次年,由他的長孫林丹汗(1592——1634)繼位。林丹汗是蒙古第三十五位大汗,也是最後一任大汗,明史稱之為「虎墩兔憨」。
(林丹汗)
林丹汗即位後,在巴林部境內的阿巴噶哈喇山修建了瓦察爾圖察漢浩特(城)作為整個蒙古的政治、軍事、經濟、文化中心。林丹汗加強了傳統的左右翼三萬戶的地方行政體制,命永謝布部卻熱斯塔布囊(駙馬)為特命大臣,率領一支軍隊駐防趙城(今呼和浩特一帶),管理右翼三萬戶的蒙古各部;任命烏齊葉特(內喀爾略)鄂託克錫爾呼納克洪臺吉為管理左翼三萬戶的特命大臣。察哈爾八鄂託克雖屬左翼三萬戶,但直屬林丹汗。
林丹汗為了有效地控制蒙古各部和鞏固汗權,以察哈爾部為基礎,直接控制了內喀爾喀巴林、札魯特、巴嶽特、烏齊葉特、弘吉刺特等五部。同時,也遙控了蒙古其他各部。
林丹汗執政前期,漠北喀爾喀三汗以及漠南喀喇沁的昆都倫汗(老把都)、阿魯科爾沁的車根汗、科爾沁奧巴洪臺吉、鄂爾多斯土巴濟農等,定期前往察漢浩特,朝見林丹汗,並與大汗共同商討政務大事,參加大汗舉行的宴會、圍獵等活動。
不僅如此,林丹汗還利用藏傳佛教,進一步擴大自己的影響。林丹汗登基那年,四世達賴雲丹嘉措派遣邁達裡活佛(大慈諾門汗)抵達呼和浩特,作為蒙古地區黃教的坐床喇嘛。
(四世達賴)
不久,林丹汗將邁達裡呼圖克圖迎請至察漢浩特,不但自己信奉黃教,而且讓他們在察哈爾地區活動,宣揚該教。1618年,當林丹汗二十六歲時,西域紅教方面派遣沙爾巴呼圖克圖到達蒙古地區,尋找自己的支持者。林丹汗為紅教喇嘛沙爾巴呼圖克圖的法術所折服,在察漢浩特隆重地迎接了他。林丹汗封沙爾巴為國師,並接受深奧密乘之灌頂。沙爾巴呼圖克圖為了取得林丹汗的信任,從五臺山取來元世祖時紅教八思巴喇嘛用千金所鑄嘛哈喝喇金佛。林丹汗修建金頂白廟,將金佛供於其中。
(紅教寺廟)
林丹汗改奉紅教後,極大地影響了他從前的形象和聲譽。信奉黃教的漠北喀爾喀和右翼三萬戶的各部貴族與林丹汗逐漸疏遠,黃教的邁達裡諾門汗,也與林丹汗發生了分歧,久居喀爾喀,已不再同情和支持林丹汗。林丹汗只剩下了半心半意的左翼三萬戶了。
此時,女真人已從東北地區崛起。其建州部首領努爾哈赤,統一了女真各部,於1616年在赫圖阿拉即汗位,國號曰金,史稱「後金」。
(努爾哈赤)
後金勢力和影響已波及到蒙古邊緣各部。科爾沁、內喀爾喀五部及喀喇沁等,不斷派人至林丹汗處,希望林丹汗採取必要的防範措施。1608年,努爾哈赤的長子褚英率領五千人進犯烏拉女真部。烏拉女真部派人向科爾沁部求援。林丹汗派遣科爾沁部翁阿岱巴圖爾諾延率領科爾沁部大軍與烏拉部聯軍共同打退了諸英的軍隊。林丹汗派軍幾次同後金交戰,保衛了自己的疆域。
努爾哈赤在遼東地區的地位尚未鞏固,還不敢與蒙古對立,只好娶蒙古科爾沁明安臺吉女為妃,爭取與科爾沁等蒙古貴族保持和睦友好關係。
1619年夏,後金取得了遼東地區以薩爾滸之戰為中心的總體戰役的勝利,士氣大振。
(薩爾滸之戰)
七月,努爾哈赤準備乘勝攻打鐵嶺,明朝派人向林丹汗求援。林丹汗命齊賽諾延等領兵萬餘,前往鐵嶺支援明軍。林丹汗的大軍乘夜色到達鐵嶺城下。此時,努爾哈赤已攻克了鐵嶺。他得知林丹汗援軍萬餘人兵臨城下,便指揮諸貝勒出城交戰。齊賽諾延紛紛敗下陣來,奔遼河奪路而逃,後金軍隊緊緊追殺,活捉了齊賽諾延等臺吉。
十月,林丹汗派遣使臣到努爾哈赤住地,傲慢地要求努爾哈赤無條件釋放諸蒙古臺吉,並警告努爾哈赤不得進犯林丹汗所攻取的廣寧城。努爾哈赤釋放了除齊賽諾延以外的所有臺吉,並寫了一封指責林丹汗的措詞強硬的信。
1621年三月,努爾哈赤和諸貝勒率領大軍,圍攻瀋陽,打敗明軍七萬守城部隊,佔領了瀋陽城。
林丹汗得知後金佔領瀋陽並留下少數部隊守護的情報後,令管理蒙古左翼三萬戶的大臣——烏齊葉特鄂託克的錫爾呼納克杜稜洪臺吉率領兩千騎兵前往瀋陽營救被禁的齊賽諾延。
錫爾呼納克杜稜洪臺吉所率輕騎到達瀋陽城下,與守城部隊展開激戰,但蒙古軍隊擔心努爾哈赤的援兵前來增援,便撤回蒙古本士,1621年八月,蒙古貴族送萬頭牲畜,贖回了齊賽諾延。
自此,林丹汗與後金的矛盾完全激化,兩者之間的大戰在所難免。但兩隻老虎之間的決鬥,誰能是勝者呢?