哈爾濱工程大學簡稱哈工程，是中國著名的軍工類大學，起源於哈軍工的衣缽，在軍工界有很高的聲望。其」三海一核「專業（即船舶工業、海軍裝備、海洋開發、核能應用）更是撐起中國在海洋建設、海軍建設等方面的國際地位。成為現在的哈工程的專業建設導向。
南京理工大學簡稱南理工，源於哈軍工的炮兵工程系，分建而來。南京理工大學著名的火炮技術，讓中國真正成為火炮技術世界第一的國家。在2018年王澤山院士獲得了2017年度國家最高科學技術獎，獎勵他在火炮炸藥技術方面的貢獻。
細細想來，南京理工大學和哈爾濱工程大學本是一家（都源於哈軍工），後因建設需要成為兩地辦學，各自都成長為國內頂尖的軍工大學，同屬國防七子行列。
從分數上來說，兩個學校相差不大，哈工程在江蘇的分數線在376以上，這個分數在江蘇也是有機會上南京理工大學的，同樣的南京理工大學在黑龍江省的分數在571以上，同樣是有機會上哈爾濱工程大學的，因此在分數線上來說相差不大，兩省的比較可以看出！
在2017年的學科評估中，南京理工大學和哈爾濱工程大學一樣分別都是一個A+，一個A-，且都是各自最好的專業，哈工程的船舶與海洋工程，南京理工大學的兵器科學與技術專業。一個造船，一個造炮。B以上學科哈工程（包括A類）15個，南理工16個，相差不大，兩個學校的學科實力真的比較接近。
在2020年的最新排名中，南京理工大學綜合排名全國第45名。哈爾濱工程大學排名全國第53名。
在軟科排名中，南京理工大學排名36，哈爾濱工程大學排名56。
在2020年理工類大學排名中，南京理工大學排16，哈爾濱工程大學排名28
在三大榜單中，南京理工大學的排名均比哈爾濱工程大學要高。這也是目前哈爾濱工程大學比較尷尬的處境。
目前哈爾濱工程大學目前建設有世界一流學科1個：船舶與海洋工程
國家重點一級學科1個：船舶與海洋工程
黑龍江省重點一級學科11個：船舶與海洋工程、動力工程及工程熱物理、計算機科學與技術、信息與通信工程、材料科學與工程、核科學與技術、力學、控制科學與工程、機械工程、管理科學與工程、光學工程
南京理工大學目前擁有世界一流學科1個：兵器科學與技術
國家重點學科2個：兵器科學與技術、光學工程
江蘇省重點學科：光學工程、機械電子工程、工程熱物理、計算機應用技術、通信與信息系統、控制理論與控制工程、納米材料及相關技術
南京理工大學和哈爾濱工程大學幾乎處於同一階層。目前來看南京理工大學比哈爾濱工程大學略微佔據優勢，但是差距不大，幾乎是伯仲之間，因為同屬工信部，學科設置上兩個學校相差不大。部分學科有用重疊，B級以上學科幾乎是一模一樣。因此在選擇的時候完全更具自己的興趣選擇，在選擇頂尖專業的時候，學船舶、控制無疑哈工程，學兵器、化學則選擇南理工。
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