建文帝如果不自焚，就在皇宮坐著，朱棣敢殺他嗎？答案是：敢！
朱允炆
朱棣是朱元璋的四子，本來太子之位是大兒子朱標的，將來朱標也得繼承大統，但後來隨著太子朱標、秦愍王朱樉、晉恭王朱棡先後早逝，朱棣就成了朱元璋的嫡長子，正常來說，太子之位自然也就成朱棣的了。
偏偏朱元璋劍走偏鋒，不讓朱棣做太子，而是立了他喜歡的朱標長子朱允炆。偏偏朱允炆也不是嫡長子，而是庶長子，是朱允熥的生母常氏早逝，他的生母才升格太子妃，嚴格意義上來說，朱允炆也不算嫡長子。
但朱元璋的性子朱棣也很清楚，雖然對朱允炆封皇太孫、登基稱帝心裡十分不滿，但有氣也只能往肚子裡咽，
錦衣衛
可偏偏朱允炆也不省心，在方孝孺、齊泰、黃子澄三位只會紙上談兵的大儒攛掇下，上臺之後就想急著建立自己的功績，鞏固中央集權，首先就把目標盯上了朱棣等藩王，尤其勢力最強的朱棣是當時削藩的最大目標。
朱棣本就對皇位念念不忘，本來還苦於找不到合適的藉口，如今朱允炆剛上臺就火急火燎要削藩，手下又沒有什麼很強力的武將，朱棣決定打著「清君側」的旗號發動政變，目標直指朱允炆。
靖難之役
也就是說，朱棣發動「靖難之役」實際上就是奔著皇位去的，就算朱允炆在南京城破的時候就在皇宮裡坐著，等著被朱棣俘虜，朱棣也會想辦法找人弄死朱允炆，然後來一句救駕來遲、追認朱允炆為太上皇帝什麼的，最後名正言順坐上皇位，他絕對不會讓叔侄二人見面。
但朱棣又不能讓人知道是他弄死的朱允炆，因為朱棣打的「清君側」的名號，他清除掉方孝孺等人之後已經達成了「清君側」的目的，應當還政於朱允炆，要是此時朱允炆死了，肯定有人會傳是朱棣殺掉朱允炆。
而朱棣肯定也會背上弒君殺侄、判上謀逆的惡名
所以殺了朱允炆，但表面上失蹤，生死不明是朱棣的最佳選擇。