很多讀者都在思考東皇太一和東華帝君之間的關係，有些讀者認為他們就是同一個神仙，但是也有一些讀者說東皇太一比東華帝君還要厲害。不管怎麼說，他們曾經都是三界主宰。在《封神演義》中我們都知道三界主宰是昊天大帝，然而他並不是天地間的第一位天帝。在昊天大帝之前，還有很多神仙都當過三界主宰，比東皇太一和東華帝君。那麼東皇太一和東華帝君是不是用一個神仙？
相傳東皇太一是上古天界的第一位天帝，比盤古出現還要早，當盤古開天闢地的時候，他曾經拿著東皇鍾幫助盤古開天闢地，並且東皇鍾可是混沌四大至寶之一，比開天神斧還要厲害。東皇太一當上三界主宰以後，混沌宇宙誕生了十二祖巫，他們為了跟東皇太一爭奪三界主宰，所以進行了一次大戰，也就是很多讀者常說的巫妖大戰。在此次大戰中，東皇太一為了拯救天地萬物，便用自己的生命和十二祖巫同歸於盡。
也有一些讀者說東皇太一乃是太上老君的化身。在誅仙陣那一回，太上老君曾經使用一氣化三清打敗了通天教主。在《道德經》中曾經說「道生一，一生二，二生三，三生萬物」，而太上老君又是道的化身，因此東皇太一可能就是太上老君的元神。在《封神演義》中提到太上老君的元神是在混沌宇宙中修煉，並且他比盤古出現還要早。書中說「先有盤古後有天，太上更在盤古前」，而前面說了盤古開天闢地的時候，東皇太一就已經存在於混沌宇宙中，因此東皇太一可能就是太上老君的元神，因此他的實力跟太上老君一模一樣。
而東華帝君，相傳他是元始天尊的孩子。元始天尊成為萬神之祖以後，他來到人間遇到了太元聖母，他們便結為夫妻，然後生下東王公和西王母，其中東王公掌管天地間所有的男神仙，而西王母掌管天地間所有的女神仙，並且東王公還是三界主宰，後人也把他叫做東華帝君。
在書中太上老君可是元始天尊的師兄，他的實力遠遠在於元始天尊之上，而東華帝君乃是元始天尊的孩子，因此他並不是太上老君的對手。前面說了東皇太一乃是太上老君的元神，因此東華帝君和東皇太一併不是同一個神仙，但是他們曾經都是三界主宰，並且東皇太一的實力應該在東華帝君之上。在《封神演義》中盤古可是元始天尊的化身，而太上老君可是元始天尊的師兄，所以才有東皇太一比盤古出現還要早的說法。