中華民族幾千年來一直是一個傳承有序的民族，我們能夠延續至今，保持文化和文明的不斷進步，在世界民族之林屹立不倒，最為重要的關鍵因素就是血脈認同和文化認同。
太廟源於祭祀，而祭祀從奴隸社會的夏朝就開始了。早期的祭祀源於對自然和鬼神的敬畏，後來逐漸形成了一種尊祖的習俗，到了國家形態後，統治階級為了凝聚部落、族群的社會關係，慢慢把獻祭先祖，尊崇祖先作為了一種宗教形態。
既然是祭祀祖先就一定要有場所，經過很多代人的傳承，有了很多的祖先，不可能每次都去祖先的墳前逐個祭祀，這太麻煩，於是聰明的中國人就發明了「牌位」，把每個先人的牌位供奉就可以了，而牌位放置的地點，就是太廟。太廟這個專用的祭祀先祖的地方最先出現於西漢早期，劉邦死後才建立的太廟。
太廟是歷朝歷代最為重要的地方，甚至比金鑾殿都要重要得多，皇帝的龍椅可以今天換人，明天易主，但是太廟如果被遷移或者毀掉，那就直接宣告這個王朝覆滅。太廟其實就是社稷的意思，皇帝輪流坐沒關係，社稷崩，那就王朝滅了。
太廟的存在就是傳統的正當性存在，也是文化存在的正當性，中華民族一直用血緣傳承和文化傳承來樹立基本的正統統治根基的，所以太廟裡面的牌位雖然是木頭做的，但它們的意義太過重要了。
回到題目，滿清入關後，定都北京，順治皇帝又是如何處理原來明朝太廟祭祀的那些祖先牌位的呢，這個問題其實很簡單——看前朝怎麼做就行了。
自此有了太廟這個最為神聖的祭祀宮殿起，各朝各代幾乎沒有過把前朝太廟裡祭祀的牌位惡意、粗暴的處理掉，這不符合統治者的利益。前面說了，中國人最講究的就是傳承，無論是血緣的，還是文化的，既然新的統治者推翻了前朝，但是從傳承上來講，那是後來者接受了前朝者的衣缽，作為更替天子來統治天下的。
如果粗暴處理前朝太廟的牌位，那麼就說明自己得位不正，沒有順應天意，這會失去天下民心。所以，後世統治者都會善意的處理前朝太廟的前朝皇帝牌位，甚至是元朝入主中原，蒙古人都非常虔誠的把宋朝太廟刻意保護和修繕。
既要保護原來太廟以及太廟裡面的眾多祖先（大多數是皇帝）的牌位，那麼滿清的皇帝牌位又放在哪裡呢？順治入京後，他爺爺努爾哈赤，老爹皇太極的牌位可是抱著入京的，把他們的放哪裡呢？難道就直接把朱元璋、朱棣的牌位換出來？這不可能，也不現實，前朝皇帝的牌位動不得，這關乎天下民心。
這個問題在明朝已經被解決了，那就是朱元璋在太廟旁邊建立一個歷代帝王廟，把歷代很多著名的帝王牌位放在裡面進行祭祀，既然有了這麼一個偏殿，但是名字很霸氣——歷代帝王廟，就放這裡吧。
順治就把原來太廟祭祀的明朝皇帝牌位全部移到了歷代帝王廟裡，不要以為歷代帝王廟裡就祭祀了中國自古以來所有的皇帝，沒有那麼多地方放牌位，不要以為這是普通的公墓，既然是帝王廟，多少還是要講點氣派，再說了，中國自古以來那麼多皇帝，有名氣大的，也有名氣小的，不能都放在裡面。
朱元璋就放了十多個皇帝，什麼漢高祖、漢武帝、唐太宗、元世祖等，到了滿清接手後，又增加了十多個，達到了三十多個，當然更多的是金國、遼國、元朝等國的皇帝，至於明朝的皇帝，實話告訴你，並沒有把明朝皇帝全部放進去，比如天啟、崇禎都沒有牌位在歷代帝王廟裡。
到了康熙、雍正、乾隆時期，滿清國力達到了鼎盛，為了彰顯國家富強，民族團結，更多的是為了現實滿清順天意，得中華民族正宗傳承，不斷的擴充歷代帝王廟，裡面的皇帝牌位多達160多位。
所以，清朝對待明朝太廟還是非常溫和的，這更多的是自古以來統治者的傳統做法，所做的一切都是為了承認中華民族的傳承正宗。