蘋果6s和蘋果6的主要區別在於硬體，蘋果6s是蘋果6升級版，所以在外觀上的改變是非常小的，蘋果6s比蘋果6的機身厚了0.2mm，重了14g，並且背部多了一個「s」的標識，新增加了玫瑰金的配色。
處理器的差異：iPhone 6採用64位構架的蘋果A8處理器，想必之前的機型，性能提升非常明顯（當然了，蘋果的處理器，每次性能都是有很大提升的）；同時還搭配M8協處理器，專為一些應用設計、比如運動健康等等。
屏幕差異：iPhone 6僅有一種屏幕規格，那就是4.7英寸LCD屏幕，其解析度為1334*750像素。而iphone 6s則有兩種屏幕規格可選，分別是4.7英寸和5.5英寸。和iphone6類似，同樣是採用了LCD多點觸控顯示屏，解析度1334 x 750像素，並使用了IPS 技術。
相機差異：iphone6 採用後置800萬像素鏡頭，前置120萬像素的高清攝像頭；而iPhone 6s則對相機做出了很大的升級，iPhone 6s的後置攝像頭為1200萬像素，前置攝像頭500萬像素，並且攝像頭對焦更加準確，CMOS 為了降噪採用「深槽隔離」技術，同時支持4K視頻攝錄。