遊戲中主要分為單人模式、多人亂鬥模式、練習模式等三種，單人模式中，玩家可以選擇自己喜歡的數碼寶貝，來進行關卡制的戰鬥，並可依照玩家所選擇的分歧路徑的不同而與歷代卡通動畫中所出現，各種不同的頭目級強悍數碼寶貝對決。
多人亂鬥模式下，提供 1～4 人的大亂鬥對戰功能，玩家可與朋友一同在包括叢林、火山、雪地、瀑布、工廠、鑽油平臺、西部小鎮 等 10 種各具特色的舞臺上，使用自己喜愛的數碼寶貝，施展連續技與必殺技展開精彩的大亂鬥對戰。
練習模式與多人亂鬥模式類似，一樣可以接受 1～4 名玩家參與，但在遊戲進行中每個角色的 HP 會不斷的自動補充，所有玩家都不會出局，故可以大膽嘗試各種招式與玩法，並提供玩家熟悉遊戲的系統與各種數碼寶貝的操作方式。
操作說明
↑：向上
↓：蹲
←：向左移動
→：向右移動
□：化學攻擊
△：跳（多數數碼寶貝可連續跳兩次，天使系的一直按，可以飛翔，花仙獸可連跳三次）
○：舉起東西
×：連續物理攻擊
R1：進化鍵、必殺鍵
L1：防禦（除必殺技，↓×，超比多獸的蓄力，○外，其他的攻擊均可防禦）↑+□：向上物理攻擊
↓+□：平地物理攻擊，有的可以一直按著連續攻擊
↑+×：輕型向上物理攻擊
↓+×：翻倒對手（用於破解對手的L1防禦）
↓+L1：坐蹲防禦（用於抵禦對手↓+×招式，除△+×，超比多獸的蓄力，必殺技，△+↓+×，○外，其他攻擊均可防禦）
△+×：空中突擊
△+↓+×：高空急速下落攻擊，用於大面積地面對手攻擊，產生的大範圍震波可震暈無防禦對手，甚至破壞對手的必殺技，使其必殺技失效
L1+□：蓄力攻擊，按住這兩鍵不放手，再無對手攻擊自己的情況下，蓄力至極限，發出，可給予對手致命的傷害，其傷害值超過必殺技傷害值，可秒殺對手
L1+×：恢復血量，按住兩鍵不鬆手（在有能量值的前提下，使用此技能可以減去能量值，以一半的效果加成自己的血量），該技能存在BUG，使用此技能，可以使自己從眩暈中立刻醒來，或在被敵人打翻在地時立即站起，或是逃避敵人的×——連續物理攻擊，若是對手連續攻擊你，你無法脫身，使用此技能可以立即幫你醒來，注意：使用此技能時，若受到對手的攻擊，將會有大量的能量球從你身上掉落，並且，自己血量會很快減少
↓+↑+△：神聖天使獸、神聖天女獸獨有技能，使用此技能可以幫你高高跳起，是普通數碼寶貝一次跳躍高度的4倍
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