發酵前準備工作
檢查電源是否正常，空壓機、微機系統和循環水系統是否正常工作。
檢查系統上的閥門、接頭及緊固螺釘是否擰緊。
開動空壓機，用0.15Mpa壓力，檢查種子罐、發酵罐、過濾器、管路、閥門等密封性是否良好，有無洩漏。罐體夾套與罐內是否密封（換季時應重點檢測），確保所有閥門處於關閉狀態（電磁閥前方的閥門除外）。
檢查水（冷卻水）壓、電壓、氣（汽）壓能否正常供應。進水壓維持在0.12Mpa，允許在0.15-0.2Mpa範圍變動，不能超過0.3Mpa，溫度應低於發酵溫度10℃；單相電源AC220V±10%，頻率50Hz，罐體可靠接地；輸入蒸汽壓力應維持在0.4Mpa，進入系統後減壓為0.24MPa；空壓機壓力值0.8Mpa，空氣進入壓力應控制在0.25-0.30MP（空氣初級過濾器的壓力值）。
溫度、溶氧電極、PH電極校正及標定，詳見觸控螢幕PH、DO的標定幫助。
檢查各電機能否正常運轉（共4個）。電磁閥能否正常吸合（整套系統共11個電磁閥）。
滅菌
發酵系統安裝好後的初次清洗
罐內的清洗：酸鹼罐、補料罐、種子罐可將罐體上方的法蘭卸開，由操作工採用潔淨布手動清洗，結束後排盡罐內的汙水，在多衝洗幾遍即可。發酵罐的清洗可採用自來水管通過手孔向罐體內壁衝洗，當水位上升到攪拌軸的第二片葉輪時停止衝洗，開動電機攪拌清洗。各管路的清洗，可以先採用清水衝洗，再根據相應功能採用相應的清洗介質（清洗管路時應以保護管路中的各種元件為前提），具體步驟可參考「空氣管路的滅菌」。如果發酵系統長時間不用或培養的菌體與上一批次的不相同時，可採用2%NaOH清洗，其他各罐也可以採用發酵罐的清洗方式清洗，清洗結束後應對發酵系統滅菌。
空氣管路的滅菌
空氣管路上的除菌過濾器，使用蒸汽通過減壓閥（空氣減壓閥不能進行蒸汽滅菌，所以空氣預過濾器不滅菌）、蒸汽過濾器然後進入除菌過濾器。
空氣除菌過濾器的濾芯不能承受高溫高壓，因此，將蒸汽減壓閥調整在0.13MPa，不得超過0.15MPa。
空消過程中，除菌過濾器下端的排氣閥應微微開啟，排除冷凝水。
空消時間應持續30分鐘左右，當設備初次使用或長期不用後啟動時，最好採用間歇空消，即第一次空消後，隔3～5小時再空消一次，以便消除芽孢。
經空消後的過濾器，應通氣吹乾，約20～30分鐘，然後將氣路閥門關閉。保持空氣管道正壓。
發酵罐空消（種子罐、補料罐、酸鹼罐空消作為參考依據）
發酵罐空消前，應將打開排汙閥Q22打開（使夾套內的壓力不超壓）。
關閉Q14，微開Q15,打開蒸汽閥門Q12，打開Q13向罐內通蒸汽；打開Q18、Q19通過取樣口向罐內通蒸汽。
將罐上的接種口，排氣閥Q9，及排汙管路上的閥門Q24、Q25微微打開，使蒸汽通過這些閥門排出，當溼度達到1220C後開始計時，調整閥門Q9、Q13、Q19的開度，保持罐內溫度1220C~1280C（壓為一般在0.11～0.15Mpa），可根據工藝調整空消的溫度與壓力。
當時間達到30～40分鐘後，關閉Q13、Q15、Q19，然後再關閉Q12、Q18，打開空氣管路上的閥門Q14、Q13向罐內通空氣冷卻，讓罐內保持正壓在0.03MPa-0.05MPa之間。
需要快速冷卻時則關閉夾套排汙閥門Q22，打開冷卻水閥門Q27/DC1向夾套通水冷卻，到達常溫後關閉冷卻水。特殊情況下，可採用間歇空消（隔3～5小時再空消一次，以便消除芽孢）。
空消時，溶氧、PH電極取出，妥善保存，以延長其使用壽命。
發酵罐實消（種子罐、補料罐、酸鹼罐實消作為參考依據）
實消是當罐內加入培養基後，用蒸汽對培養基進行滅菌的過程。
空消結束後，關閉進氣閥門Q13,打開Q9卸去罐內壓力，將校正好的PH、DO電極裝好，儘快將配好的培養基從加料口加入罐內。
培養基在進罐之前，應先糊化，一般培養基的配方量應根據工藝要求確定，發酵液的最終容積為罐體全容積的70％左右計算(泡沫多的培養基為60％左右，泡沫少的培養基可達75～80％)，考慮到冷凝水和接種量因素，以及是否流加，初定容由生產根據工藝的要求自行決定，需在實踐中摸索。
開啟機械攪拌裝置，低速轉動，使罐內物料均勻混合。
打開夾套排汙閥Q22、蒸汽閥Q21，對罐內培養基預熱（採用夾套通汽預加熱）。當罐內溫度升到90℃時（具體溫度應按蒸汽質量而變動），關閉夾套進汽閥Q21，關閉Q14，全打開進汽閥Q12,打開Q13通入蒸汽，全開Q18，微開Q19通過取樣口向罐內通蒸汽，關閉Q25、Q26，全開Q23,微開Q24向罐內通蒸汽，微開尾氣閥門Q9（三路通汽滅菌），關閉電機攪拌。
當溫度升到121—123℃，罐壓升至0.12MPa時，控制蒸汽閥門Q9、Q19、Q13、Q24的開度，維持溫度與罐壓，並開始計時，微開火焰接種口向外排蒸汽，當時間到達30分鐘之前，關緊焰接種口，關閉Q24（關閉前應人為地開大蒸汽量幾次，避免培養基殘留於閥門處）,關閉Q23，關閉Q19、18，關閉Q13、Q12停止供汽。
關閉夾套排汙閥門Q22，打開冷卻水閥Q27/DC1向夾套通水冷卻，打開電機攪拌，當壓力降到0.05MPa時打開空氣閥門Q14、Q13向罐內通空氣，加快冷卻速度，並保持罐壓為0.05MPa，直到罐內培養基溫度降至接種溫度。當罐內溫度降至比發酵工藝所要求的溫度高2－3℃時，關閉閥門Q27/DC1停止通冷卻水。
種子罐接種、移種
接種：
本系統採用火焰封口接種，接種前應事先準備：酒精棉花、鉗子、鑷子、接種環、石棉網手套、Z字扳手。
菌種裝入三角燒瓶內，接種量根據工藝要求確定。
將酒精棉花圍在接種環周圍點燃，將菌種瓶口在火焰上燒一會兒，用Z字扳手擰開接種口，迅速將菌種倒入罐內，此時應向罐內通氣，使接種口有空氣排出（壓力接近與零，但不能為零）。
將接種口蓋在火焰上滅菌後擰緊。接種後，罐壓保持在0.03MPa~0.07MPa，調節通風量。
移種：
移種前應先排空蒸汽管路內的冷凝水，排空後保持蒸汽閥微開（只流水不排蒸汽）使蒸汽管路內的冷凝水隨時可以排空。
移種操作時要特別注意調整種子罐和培養罐之間的壓差，種子罐的壓力應當高於培養罐0.1MPa才能進行移種！移種時在關閉蒸汽閥後應當立即進行移種，避免造成負壓汙染。
移種完畢後應立即關閉移種閥，然後打開與之聯通的蒸汽閥通入蒸汽進行衝刷消毒，並立即清洗種子罐，防止發酵料粘結在管道閥門及罐壁上，消毒後立即關閉蒸汽閥門和排冷凝水的閥門及管帽。
取樣
在接種完成後或在發酵中途要取樣檢查時，可通過取樣口取樣。取樣前，取樣管路閥門需用蒸汽滅菌，防止雜菌汙染而引起誤導，取樣結束後同樣要用蒸汽衝洗取樣管道及閥門。
操作方法：全開蒸汽閥門Q18，微開Q20，當時間到15分鐘後，將酒精棉花圍在取樣口周圍點燃，關閉Q20，關閉Q18，打開Q19，打開Q20，先將取樣管內的液體排光後，將準備好的取樣瓶在火焰邊打開，快速取樣並蓋好，關閉Q20，然後打開Q18清洗/滅菌取樣口5分鐘，關閉Q20、Q18。取樣完成後，要用PH儀檢測發酵液的PH值，然後校正PH；當系統接種完成，調節好壓力與流量後，系統一可以進入發酵模式，進行自動控制（溫度、PH、DO），具體的工藝參數由操作工自己設定，系統將按設定好的參數可以進行自動控制或操作工手動控制。
發酵培養
取樣完成後，要用PH儀檢測發酵液的PH值，然後校正PH；當系統接種完成後，把壓力與流量調節好，系統則可以進入發酵模式，進行自動控制（溫度、PH、DO），具體的工藝參數根據生產要求自己設定，系統將按設定好的參數可以進行自動控制或操作工手動控制。種子移入種子罐或發酵罐後控溫培養，罐壓一般0.03-0.05Mpa，轉速根據工藝要求而定，調節循環水的溫度控制發酵溫度，當環境溫度高於發酵溫度時，用冷凝水降溫；當培養基溫度低於發酵溫度時，用熱水進行加熱。PH、DO調節由控制系統通過執行機構自動加減實現。泡沫報警由泡沫探頭檢測泡沫信號在觸控螢幕以指示燈形式顯示。
註：
1）滅菌前應對PH電極校正，培養過程中PH的控制使用蠕動泵的加酸加鹼來實現的，酸瓶鹼瓶先在滅菌器中滅菌。
2）溶氧（DO）的測量與控制
溶氧電極的標定：接種前在恆定的發酵溫度下，將轉速及空氣量開到最大值時的溶氧DO值作為100％。
培養過程中溶氧測量和控制：DO值的控制採用調節空氣流量和調節轉速來達到，轉速與溶氧的關聯的控制。其次必須同時調節進氣量（手動）控制。
出料
本設備的出料是利用罐壓將發酵液從出料管道排出，根據發酵液的濃度，罐壓可控制在0.05～0.1MPa。
出料後取出溶氧、PH儀，進行清洗保養。
出料結束後，應立即放水清洗髮酵罐及料路管道閥門，並開動空壓機，向發酵罐供氣並攪拌，將管路中的發酵液衝洗乾淨。
如果發酵罐暫時不用，則對發酵罐進行空消，並排空罐內、夾套及管道內的水。（2017年第一季度，鄭州中廣環保科技有限公司推出新產品：生物殺蟲微生物菌種——白僵菌）