有人說，日本黑幫實際上脫胎於過去特立獨行的「傾奇者」，他們衣著怪異、舉止怪誕，常常身配長刀，恐嚇村民，甚至濫殺無辜，但其實，關於日本黑社會的起源，可以說是上述幾個故事的混合體！在武士階層被廢除之後，許多武士失去了生活重心，逐漸轉向暴力犯罪...
日本黑幫直接起源於18世紀一些準合法的商人，他們在大城市的街道上開設賭場或兜售商品，被人們稱為「博徒（bakuto）」和「的屋（tekiya）」，也就是指巡迴的賭檔和商販。後來這些人逐漸結成團夥，並發展成等級清晰、規矩森嚴的黑道家族或幫派。至今，日本的黑社會團夥中仍有被稱為「博徒」和「的屋」的兩派。
在日文中，「やくざ」一詞就反應了黑道成員卑下的地位。這個詞源自日本的牌戲「おいちょかぶ（Oicho-Kabu）」。「おいちょかぶ」類似於21點，遊戲的輸贏由每手牌點數之和的尾數大小決定，最小點數為0。如果摸到8、 9、3三張牌（三張牌之和為20），那麼這一手牌的點數就是0，持牌者輸。
到了19世紀晚期，日本黑幫與「民族主義」、「軍國主義」和政治聯繫到了一起。許多黑幫開始與政客勾結政客利用他們暗殺對手，武裝貿易集團，甚至參與了與周遭國家的戰爭。二戰後，日本黑幫藉助混亂的局勢進一步加強了在日本的政治經濟地位。
重點是，在黑道家族中，女性通常被邊緣化。甚至連黑幫成員的妻女也只能得到比下人稍高一點的待遇，有時她們還會成為黑幫成員淫樂性愛的工具！婦女很少在黑幫中掌權，不過也有特例。
而且女成員如果犯錯，還需要接受「斷指」的懲罰！
日本社會發展的不同時期對紋身的態度是不同的。日本曾接受紋身的行為，但也一度宣布其為非法。後來，他們被視為是與「活受罪」相同的處罰，專門用於被流放的罪犯，是恥辱的標誌。再後來，慢慢擴展到勞工間用以顯示兄弟感情的幫派標誌，情人間海誓山盟的秘密見證，或凡人受到佛教庇護的護身符，等等。
這一過程中發展起來的日本紋身藝術具有獨特的日本傳統藝術形式，被稱之為Horimono。這種Horimono紋身藝術是將英雄形象用斑斕的色彩紋滿人的身體，這種方式大致上就成為日本紋身的一種固定的風格。但在當時，紋身是屬於下層階級的。
日本黑社會組織就是犯罪團夥，他們像所有犯罪團夥一樣參與各種可以謀取暴利的活動。非法賭博和賣淫是日本黑道的主要行當，走私毒品、軍火和色情出版物等違禁商品也是有利可圖的產業。而徵收保護費的做法更是日本黑幫賺錢的常用招數。
不論是加入黑幫家族還是在黑幫家族中結為父子關係都需要舉行一種特殊的儀式。在儀式中，主持者先為新加入的成員和他的老大各倒一杯酒，讓二人各喝一點，隨後交換酒杯再喝一點。老大要將杯中的酒喝完，而新人只能小口啜飲。
許多黑幫的敲詐和勒索都經過了精心策劃，以維護日本式的傳統禮節。黑幫組織可能會邀請某公司參加高爾夫比賽，組織假的慈善募捐或者以極高價格購買某些商品。這些公司的領導人雖然沒有受到直接脅迫，但卻非常清楚「請求」背後的威脅，因此他們都會乖乖與黑幫合作。