19世紀末，在中國北方大地上出現了以農民為主體的反帝愛國的義和團運動。義和團「扶清滅洋」的口號使正在瓜分中國的西方列強充滿了仇恨與恐懼，他們一面威脅清政府加緊「剿除義和團」，一面策劃乘機對中國出兵，進行大肆掠奪。1900年6月，英、法、德、奧、意、日、俄、美8個國家，公然組成了八國聯軍侵入中國，直接參與鎮壓義和團，揭開了八國聯軍侵華戰爭的序幕。
八國聯軍於1900年6月17日攻佔了大沽炮臺，到30日為止，在該處上陸的日本官兵達3828人，在由大沽登陸的8個帝國主義侵華軍中居第二位。這支部隊從29日起陸續開往天津，很快投入了對義和團及清軍的戰鬥，並參加了炮轟天津城，這次戰役日軍出兵2700人，佔聯軍兵力的一半以上。攻下天津後日軍佔領了天津城內最殷富的東北區，對此地進行了長達兩年的殖民統治。
8月，聯軍15000餘人向北京進逼，其中日軍投入兵力7200人，約佔聯軍總數的一半，居八國侵略軍的第一位。8月14日，聯軍攻下了北京城，日軍攻佔朝陽門、東直門，接著佔領安定門、德勝門、西直門。慈禧太后帶著光緒皇帝和親信僕臣，倉惶逃往西安。在以後的幾個月間，八國聯軍侵佔了東至山海關、西至娘子關、南至保定、北至張家口的廣大地區，日軍又在北京、天津、山海關附近多次參加了對義和團等反帝武裝的「討伐」。
北京的陷落標誌著義和團反帝運動被八個帝國主義的聯合力量絞殺了，而日軍是這個聯合力量的基幹。從7月中旬的天津之戰到8月中旬的北京之戰，在這關鍵性的一個月之內所進行的幾次決定全局的戰鬥中，日軍不但投入兵力最多，而且打的也最賣力，日本強盜在整個「八國聯軍」武裝侵華過程中，充當了先鋒和主力。他們每到一處，都瘋狂地搶劫、燒殺和姦淫，給中國人民帶來了深重的災難。八國侵略軍侵佔天津、北京後，進行了滅絕人性的燒殺搶劫。日本侵略軍在天津郊區血洗紀家莊，屠殺了2000多居民。在天津掠奪白銀200萬兩後，又從北京戶部搶走庫存白銀300萬兩，然後將衙署焚毀。日寇強佔清皇宮後，將宮內珍寶及歷代文物，搶掠一空。
1901年(農曆辛丑年)9月7日，西方諸國強迫清政府籤訂了喪權辱國的《辛丑條約》。內容包括：懲辦「得罪」列強的官員;派親王、大臣到德國、日本賠罪;清政府明令禁止國人建立和參加抵抗侵略軍的各種組織;賠款4億5千萬兩白銀，分39年付清，本息9億8000萬兩白銀;在北京東交民巷一帶設使館區，各國可在使館區駐兵，中國人不準在區內居住;平毀大沽炮臺以及北京至天津海口的炮臺;各國可以在北京至山海關鐵路沿線駐兵。《辛丑條約》使中國的主權進一步淪喪。北京的使館區內列強駐兵、行政獨立，成了「國中之國」。外國取得北京至山海關的駐兵權，使中國京師關防洞開、無險可守。《辛丑條約》籤訂後，中國完全淪為半殖民地。
根據《辛丑條約》，日本在使館區以及北京至山海關沿線駐軍為400人，然而早在《辛丑條約》籤訂前的4個月，日本政府就以「護僑」、「護路」為名，宣布成立「清國駐屯軍」，任命大島久直中將為第一任司令官，司令部設於天津海光寺，兵營分別設於海光寺和北京東交民巷，兵力部署於北京、天津、塘沽、秦皇島、山海關等地。以後隨著日本軍國主義對華侵略的擴大，日本駐屯軍又不斷地增加。1912年，日本將「清國駐屯軍」改名為「中國駐屯軍」。因該軍駐紮華北，通常被人們稱為「華北駐屯軍」。