B-2的主基地是位於密蘇裡州的懷特曼空軍基地，始建於1942年，最初是一個名叫希代利亞的滑翔機訓練基地。1955年12月3日，已進駐B-47轟炸機的該基地被重新命名為懷特曼空軍基地，以紀念二戰中第一位犧牲在空中的美軍飛行員喬治·懷特曼少尉 - 珍珠港事件中他試圖從貝洛斯機場強行起飛迎敵而被日機擊落。當晚10:13分，懷特曼犧牲的消息就傳到了密蘇裡的家中，他母親對當地媒體說：「難以置信，但這隨時都可能發生，如果我們要贏得這場戰爭，我們就必須犧牲自己的摯愛。」14年後，美國空軍參謀長唐寧上將親自通知這位堅強的母親她家鄉的空軍基地將更名以紀念她的兒子。
喬治·懷特曼少尉和他的P-40B戰鬥機，駕駛艙外寫著「幸運，我真幸運！」1963年，懷特曼基地從戰略空軍司令部的轟炸機基地改為「民兵」洲際彈道飛彈基地，80年代時該基地曾經擁有美國第一支全女兵組成的飛彈發射分隊。1986年雷克雅未克美蘇峰會後開始執行核裁軍，懷特曼基地被選中從飛彈基地重新改為轟炸機基地，並成B-2唯一的永久性駐地。
B-2隸屬於美國空軍全球打擊司令部，它和陸軍太空和飛彈防禦司令部、海軍戰略核潛艇部隊共同組成美國戰略司令部，負責向各戰區司令部提供核威懾和常規戰略打擊航空兵力。
全球打擊司令部的責任區覆蓋整個地球，下轄空軍第8軍（第204特遣部隊）和第20軍（第214特遣部隊），前者是擁有5個聯隊12個作戰中隊的戰略轟炸機部隊，後者是擁有3個聯隊9個中隊的陸基洲際彈道飛彈部隊，基地全部集中在美國腹地的中西部，既受到重重保護也便於支援兩洋方向。
在空8軍的5個戰略轟炸機基地中，懷特曼幾乎位於美國的地理正中心，氣候四季分明，既沒有北方兩個基地那麼漫長的寒冬，也沒有南方兩個基地那麼高溫溼熱。
全部20架B-2都配屬給第509轟炸機聯隊，下轄第13轟炸機中隊和第393轟炸機中隊。密蘇裡空中國民警衛隊第131轟炸機聯隊第110轟炸機中隊也配屬給509聯隊，和現役轟炸機中隊共用B-2。不過中隊下屬的飛機並不固定，從歷年的照片看同一架飛機在不同年份塗有不同的中隊標誌。
13中隊是美國空軍歷史最悠久的部隊之一，組建於一戰期間；393中隊雖然1944年才成立，卻是二戰中唯一一支核轟炸機中隊，也是世界上唯一在實戰中投擲過核彈的部隊，大名鼎鼎的「伊諾拉·蓋伊」號和「博克斯卡」號B-29都來自這個中隊。
「伊諾拉·蓋伊」號和它的機長保羅·蒂貝茨上校，他也是第509混合飛行大隊大隊長，伊諾拉·蓋伊是他母親的名，該機目前收藏在美國國家航空航天博物館史蒂文·烏德沃爾哈齊中心從509聯隊和兩個中隊的隊徽也能看出它們的作戰性質，聯隊徽中間有一朵蘑菇雲，13中隊是拿著鐮刀的骷髏，393中隊則是頭頂冒出蘑菇雲的猛虎，看飛行員的臂章就能看出他或她屬於哪個中隊。
要分辨B-2屬於哪個中隊主要看主起落架艙門上的標誌條：13中隊的圖案是小方格，中間寫有中隊暱稱「Grim Reapers - 猙獰的收割者」；393中隊繪製的是虎紋和「393d Tigers - 393老虎」；110中隊則是拉煙的B-2和「Stealth Militia - 隱身的民兵」。中間的文字時有更換，圖案保持不變。
基地內還駐紮著第432空中遠徵聯隊20中隊的MQ-9A「收割者」無人機、空軍後備司令部第442戰鬥機聯隊303中隊的A-10C和密蘇裡陸軍國民警衛隊第35步兵師第35航空作戰旅1營的「阿帕奇」攻擊直升機，並且擁有規模龐大的核武器/常規武器儲藏、檢測、保養設施。
不過懷特曼始終是屬於B-2的，懷特曼基地入口這條路就叫「幽靈大道」，基地西門叫「幽靈之門」，都和B-2相關。
懷特曼基地的座右銘是「anytime, anywhere - 無論何時何地」，代表著B-2轟炸機可以全球到達攻擊任何堅固設防的目標。它擔負著美國空軍的戰略值班任務，指揮中心全年無休，24小時處於戒備狀態。
2014年12月11日，肯尼西亞·威廉士軍士正在戰略自動命令控制系統（SACCS）上工作，該系統負責向空軍核武器平臺和支持單位分發命令和驗證密碼2019年3月27日，基地內剛剛完成翻新裝修的「亞特蘭蒂斯」樓飛行員宿舍，非常典型的美國鄉村旅館風格，完全談不上豪華因為B-2的隱身塗層十分「嬌貴」，需要在恆定的溫度、溼度條件下進行保養和存放，美國空軍在懷特曼為每架B-2都修建了專用機庫，共21座。每座機庫寬64米，深34米，前後都有大型移門，配備帶空氣過濾系統的空調設備，造價500萬美元。
機庫的左側外牆上繪有停放飛機的專屬標誌，由機名所在州地圖和星條旗圖案構成。下圖是2019年6月15日「紐約精神」號在完成當年航展表演著陸後駛過「加利福尼亞精神」號的機庫。
B-2以維護極端繁複著稱，每飛行1小時平均需要119個小時地面維護，不僅僅是隱身塗層的修補，機上幾乎每一樣設備零件都是非常特殊的。機體上的螺絲都採用隱身設計，如何從蒙皮上拆卸下來就有一整本書的操作說明。地勤機械師工位的書架上有超過一千本技術手冊，每項基本維護操作平均需要查閱10本資料，而且必須嚴格按照上面的步序執行。
2002年12月17日，509飛機維修中隊的地勤正在上緊3號發動機艙門上的隱形螺絲每7年B-2將返回加州帕姆代爾空軍第42工廠進行為期1年耗資6千萬美元的大修，這一過程中整個隱身塗層將用含結晶小麥澱粉的化學藥水徹底清除以檢查底下的蒙皮是否有破損，然後再用機械設備全自動重新噴塗新的塗層。
在B-2服役的早期，每次從懷特曼基地起飛進行全球打擊任務後都必須返回本場進行複雜的維修保養。1998年B-2途徑關島降落短暫停留期間，地勤人員發現安德森空軍基地缺乏帶有空調的機庫，無法滿足B-2隱身蒙皮的維護要求。於是空軍作戰司令部要求航空系統中心為B-2專門研製一種可移動部署的簡易機堡供B-2在外場進行維護。
美國空間框架製造公司設計製造了「B2SS - B-2庇護所系統」，後改名為「XLDAHS - 超大型可部署機庫系統」，寬76米，深38米，高18.3米，自重79.4噸，由32盎司重的PVC外殼和15盎司重的襯裡構成充氣軟殼，內部有輕鋼結構支撐，可以承受每平方英尺40磅重的積雪，抵禦時速177公裡的颶風和極端的高低溫。
整座機庫佔地面積接近一座美式足球場，內部容積3.1萬立方米，自帶3部空調和1部加溼設備，重10噸的蚌殼式大門像眼瞼一樣閉合後可以維持B-2前沿部署所需的恆溫恆溼條件，並具有三防能力，環控能力比普通的永久性機庫還強。每個移動機庫的造價在200萬到250萬美元之間，全套設備可以用29架次C-130運輸完畢，也可以海運。
XLDAHS已知製造了5座，分配給英國費爾福德1座，迪戈加西亞4座。曾經計劃給關島再配備5座，但似乎從來沒部署過。每座移動機庫的外場建設周期預計是30天，但2002年在迪戈加西亞同時建造2座時共耗費了70多天。在此之後B-2於2003年3、4月間第一次前沿部署到迪戈加西亞支持「伊拉克自由」行動，2005年3月第一次部署到關島安德森基地。
B-2的3個主要前進基地，圖中陰影為B-2依靠內油的作戰半徑覆蓋範圍，不過B-2的半徑有多個條件未知的版本，上圖標示的5555公裡是諾斯羅普的官方數據，90年代末美國空軍宣稱為4630公裡，美國國會預算辦公室2006年的報告則說滿載作戰半徑是3700公裡。不過XLDAHS畢竟屬於臨時性設施，經過多年運作，美國已經在費爾福德和關島修建了永久性B-2機庫，只有迪戈加西亞仍然全部採用XLDAHS。
英國費爾福德皇家空軍基地：現在擁有2座永久性機庫，在機場南端停機坪上還保留著那座XLDAHS，可以同時保障3架B-2的長期部署，滿足歐洲方向的作戰任務。
迪戈加西亞基地：4座XLDAHS就修建在機場塔臺旁邊，因為迪戈加西亞屬於英國領土，修建之前還必須獲得英國方面的批准。
2020年8月18日的衛星照片，3架B-2正在迪戈加西亞機場部署關島安德森空軍基地：在機場北部有兩座永久性機庫，外觀和南部拱形的常規機庫不同而和懷特曼的機庫非常相似。
左側機庫修築於2004年前，右側這座機庫從2015年5月開工，2017年8月才竣工。
平時部署在關島的B-1和B-52都是露天停放的，沒有室內機庫的待遇。
安德森基地裡同樣能享受空調機庫的只有稀少而寶貴的全球鷹了。
B-2通常以3機特遣隊的形式進行短期前沿部署，包括200多名地勤人員，熟悉各地作戰環境，配合各戰區司令部下屬單位展開聯合演習，其它機種的戰略轟炸機部隊也會派出地勤人員進行交流，增強聯合作戰能力。自2004年開始，每6個月會有一支特遣隊輪換部署到關島，部署期數月不等，不過近年來間隔逐漸拉長，2016年8月之後直到2018年1月才進行了下一次部署。
2018年8月和2019年1月則2次部署到夏威夷珍珠港-希卡姆聯合基地，著重演練和夏威夷空警隊第199戰鬥機中隊F-22的聯合作戰。2019年這次部署中B-2出動了27架次，飛行總時數171小時，其中8個架次和F-22合練。美國媒體明確指出部署到夏威夷就是為了躲避中國區域拒止力量的打擊，雖然比關島後撤了6千公裡，仍然比懷特曼近6300公裡，大大壓縮了抵達東亞戰區的時間。
2019年1月15日，1架B-2和2架F-22飛行在檀香山上空按照最新國防策略中闡述的動態兵力部署構想，美國空軍全球打擊司令部2020年的戰略規劃終止了持續16年的戰略轟炸機定期海外輪換部署，改為不規則的短期機動部署，讓對手難以預計美軍兵力會出現在何處從而做出規劃和應對。拓展B-2的可部署地點就是該計劃的一部分，除了夏威夷，B-2甚至首次出現在威克島和冰島。
但是非定期部署對B-2部隊本身也是很具挑戰性的，即使迪戈加西亞這樣非常成熟的基地，在沒有長時間準備的情況下臨時進駐也會帶來相當大的通信和任務規劃問題。為此美國空軍專門為B-2研製了海外移動作戰中心，這是一種臨時性的作戰支持實體設施，可以不依賴遠在數千公裡外的戰區指揮中心向臨時部署的B-2提供強大的規劃、指揮和通信保障。
【 科索沃 】
B-2於1997年1月1日達到IOC初始作戰狀態，首次實戰是1999年的科索沃戰爭。在美軍參與行動的前8周，北約戰機共出動了3.4萬架次，6架參戰的B-2隻佔了其中50個架次，投彈量卻達到總數的11%，摧毀了塞爾維亞地面目標中的33%，並且首次在實戰中發射了GPS制導的JDAM「靈巧炸彈」。
1999年5月7日，509聯隊出動B-2往返飛行30小時，悍然轟炸了貝爾格勒市中心的中國大使館，3名中國記者在襲擊中遇難，數十人受傷，全球譁然。在一場未經聯合國授權的武裝幹涉戰爭中肆意轟炸第三國的外交設施，這是極為罕見的外交事件和戰爭罪行。政治外交上的問題這裡就不討論了，來看一下當時的實戰情況。
當地時間5月7日深夜，B-2飛臨貝爾格勒上空（數量不明，也可能只是單機，不過西方媒體都用了複數），塞爾維亞防空系統完全沒有反應。23時45分，B-2共投下5枚924公斤重的GBU-31 JDAM炸彈。第一枚斜穿使館大樓在一層牆角下爆炸；第二枚從中央穿透樓頂，破壞了三樓的大使辦公室、二樓會計室及一樓大廳；第三枚落在大樓西北角直穿到一層；第四枚從一層窗口鑽入地下室在俱樂部大廳爆炸，五個煤氣罐及車庫內的儲備汽油被引爆；第五枚落在大使官邸中央鑽入地下，但沒有爆炸，直到五年後才由塞爾維亞方面取出銷毀。
坊間對於這次轟炸的目的一直眾說紛紜，有說是為了摧毀藏在地下室的F-117殘骸，有說當時米洛舍維奇躲在中國大使館內，西方也有說法南聯盟在大使館內設置了通信轉發設備和無線電監聽站，這些都被從現場僥倖逃生的中國大使潘佔林一一否認。而中文網絡上流傳頗廣的一些文章就寫得比較離譜了，完全罔顧事實瞎編故事，比如：
……然而美國人沒有想到的是中國大使館樓頂架設了衛星信號接收裝置「大鍋」。悲催的美國人投射炸彈時，雷射恰好照射到了大鍋上，這樣樓頂上就相當於又多出了一層，根據雷射指引和之前設置的參數，每枚鑽地彈每穿過一層炸一次，這樣樓頂和樓上5層全都被炸了，而多虧樓上有層大鍋，地下室裡的F117殘骸倖免於難，後來被運了回來，推動了中國隱身戰鬥機技術的發展……
槽點實在太多，一抓一把：B-2投擲的是JDAM，GPS制導，沒有雷射尋的頭也無需外部目標指示；B-2沒有安裝任何雷射照射設備；900公斤級的JDAM只能一次性引爆，每穿一層炸一次那是二踢腳。
至於美方的解釋，襲擊發生後美國第一時間聲明這是誤炸，之後又進一步辯稱是負責情報的CIA用錯了舊版地圖，把中國大使館誤認為350米外的南斯拉夫聯邦軍需供應採購局。
稍微了解一下美軍的作戰規劃和情報體系就知道這是徹頭徹尾的謊言，從出動的絕密機種、投擲彈藥的種類和瞄準點都可以看出這是精心規劃的定點清除，4顆炸彈從不同高度、4個角度立體攻擊使館大樓的各個樓層，同時還不忘特意分出一顆炸彈精確命中大使官邸。其目的就是對中國和俄羅斯支持南聯盟、反對科索沃獨立進行惱羞成怒式的敲打報復，俄羅斯不敢碰就拿當時尚軍力且弱小的中國開刀了。初出茅廬的B-2在科索沃戰場上大顯神威，不過也就此染上了它服役生涯中最大的汙點。
【 中東 】
2001年911事件之後，美國迅速發動聯軍在阿富汗展開「持久自由」行動，作戰的開端就是對塔利班和蓋達組織的大規模空襲。當時阿富汗各派武裝勢力都擁有一定的防空能力甚至戰鬥機，對聯軍飛機構成威脅。美國空軍中央司令部聯合空中作戰中心建議出動B-2打頭陣，依靠JDAM炸彈小於3米的命中精度摧毀塔利班的雷達站、地空飛彈陣地、機場、空管設施和訓練營，為盟軍的後續空襲打開大門。
從懷特曼到阿富汗最近的航線是穿越北極經俄羅斯南下，距離約11600公裡。雖然冷戰已經結束10餘年，俄羅斯也絕不會允許全副武裝的美國戰略轟炸機從自己的心臟地帶穿過，而且如果美國向俄羅斯通報飛行計劃，塔利班很可能會聽到風聲從而喪失打擊的突然性。第二近的線路是向東橫跨大西洋和歐洲，距離約12500公裡，但是飛躍的國家眾多，如果一一通報同樣會危及行動和轟炸機的安全。最終小布希總統選定了向西經太平洋、印度洋到阿富汗的最遠方案，完全出乎所有人的預料。
整個任務規划過程用了不到30天，從10月7日到9日連續三天，509聯隊每天出動2架B-2執行轟炸任務，三次的航線基本相同。B-2從懷特曼基地起飛後在加州外海進行第一次空中加油，第二次空中加油在夏威夷附近的中太平洋上空，下一站是關島附近的西太平洋，穿越南海後在馬六甲海峽進行第四次空中加油，第五次也是攻擊前的最後一次空中加油靠近迪戈加西亞，然後掉頭北上穿過全程唯一需要長距離飛躍的大陸國家巴基斯坦（很可能沒有通報），最終於深夜在阿富汗上空投下JDAM，此時已經飛行了近2.5萬公裡。完成攻擊任務後在印度洋上空接受第六次空中加油，最後在迪戈加西亞落地，單程飛行距離2.95萬公裡（我在Google地圖上量的大概裡程，實際航線至今保密）。
B-2機組長期接受遠航訓練，在飛行模擬器上的演練甚至超過50小時，因此他們對這樣的超長距離實戰任務既不感到意外也不需接受專門的臨戰訓練。
10月8日的第3架次由「美國精神」號執行，機組為馬爾文·戴勒少校和布萊恩·尼爾上尉。他們起飛的時候第一晚的攻擊還未展開，戰爭還沒打響。當30小時後他們進入阿富汗時，目標區的形勢發生了很大變化，近3/4的新目標瞄準點必須由機組重新輸入火控計算機和炸彈中 - 在頭3天空襲中這樣的情況非常普遍，B-2也展現出它靈活的任務彈性。機組使用波音研製的「Combat Track II - 戰鬥軌跡2」空中情報系統給JDAM重新編程，需要手動敲擊上千次鍵盤。以今天的標準看這非常費時費力，但是20年前能在空中為掛載的GPS制導炸彈重新指定目標已經屬於黑暗科技了，B-2機組才剛剛接觸該系統幾個月時間。
「美國精神」號在阿富汗上空盤旋了2個小時，投下了16枚JDAM中的12枚。有的目標區需要B-2多次飛躍，以便使用機載合成孔徑雷達繪製3維地圖進行更精確的轟炸。完成之後他們脫離戰場和加油機匯合，準備前往迪戈加西亞落地，此時CAOC聯合空中作戰中心詢問他們是否願意返回攻擊幾個新出現的目標。機組同意了，掉頭在阿富汗上空又飛行了90分鐘，投擲出剩餘的4枚炸彈。
進行了計劃外的第七次空中加油後他們終於抵達迪戈加西亞，不過降落前他們又在空中轉了幾圈讓排在他們之前的一架B-52先降落。「美國精神」號觸地時飛行時間達到44小時20分鐘，創造了一個至今未被打破的有人駕駛戰機最長實戰續航時間記錄。
2001年10月8日「美國精神」號在迪戈加西亞觸地的歷史性一刻依靠航醫開的特種藥丸撐過40多小時的兩名機組終於可以下飛機了，不過「美國精神」號的傳奇還在繼續。當時地域狹小的迪戈加西亞基地內已經駐紮了18架B-1和B-52，還有大量加油機，沒有多餘空間供B-2和它們的地勤運作。這次行動的6架B-2都是落地不關閉發動機，熱車加油，廁所被清理乾淨，食品飲水等補給裝上飛機，同時換上另外兩名提前飛來的機組。
45分鐘後飛機重新起飛，跨越印度洋、太平洋和美國西部返回懷特曼基地。6個架次的往返全程都超過了70個小時，期間發動機沒有任何故障（連續運轉3天），顯示出超高的可靠性。而「美國精神」號因為中間的波折成為著陸前飛行時間最長的一個架次。
美國空軍於2003年12月宣布B-2達到完全作戰能力，不過在此之前B-2已經開始同時支持伊拉克和阿富汗兩個戰場。2003年當年，B-2從迪戈加西亞等前進基地出擊22架次，從懷特曼出擊27架次，投擲了680噸彈藥，包括583枚JDAM。
2010年2月1日，全部B-2和具備核攻擊能力的B-52與洲際彈道飛彈部隊一起被轉隸給新成立的空軍全球打擊司令部。
2011年3月，B-2成為利比亞「奧德賽黎明」行動中第一個出擊的機種，3架B-2從美國本土飛來，向利比亞機場投擲了40枚炸彈，全程由盟軍空中加油機提供4次加油。
同年5月，在展開擊斃賓·拉登的「海王之矛」行動前，美軍高層曾經考慮過動用B-2進行空襲，但因為計劃使用的巨型鑽地炸彈會對周圍居民建築產生附帶損傷，而且空襲後很難驗證賓·拉登遺體的身份以確認戰果，所以最終放棄。
2017年1月18日，2架B-2攻擊了利比亞錫爾特西南30公裡處的ISIS訓練營，共投下108枚225公斤級JDAM炸彈，炸死85名恐怖分子，隨後而來的MQ-9無人機還發射了「地獄火」飛彈。2架B-2往返飛行了34小時，各進行了5次空中加油，被媒體稱為「極端昂貴的打擊ISIS方式」。
【 東亞 】
2013年3月28日，2架B-2自懷特曼起飛，往返2.1萬公裡在韓國靶場投下了訓練彈，這是美韓年度軍事演習的一部分，也是B-2首次飛抵朝鮮半島向朝鮮施壓。
當天在駐韓美軍F-16護衛下飛躍烏山空軍基地的B-2關島是B-2部署次數最多的前進基地，卻也是B-2的傷心地，兩次重大事故均發生在這裡。
關島為熱帶海洋性氣候，地面溼度很大，而採用電傳操縱系統的B-2對大氣數據採集的要求非常高。在2006年的前沿部署中，B-2的外場維護技師（Line maintenance technician）就發現必須經常性地對機上的ADS大氣數據系統進行校準，他們向諾斯羅普致電詢問如何處理這種在美國本土沒遇到過的環境新問題。諾斯羅普的技術支持工程師推薦在校準之前先用機上的皮托管加熱器將PTU大氣數據傳感器烘乾（參見細說B-2（3）- 細節）。這個加熱器的原始設計是用於空中除冰的，工作溫度高達500度，在地面長時間使用有可能過熱而損壞皮托管-靜壓系統。
這裡需要順便更正一下，第三篇中提到AN/APQ-181雷達系統包含5個LRU - Line replaceable unit, 這裡的line原指距離，中英文都有這樣的意思，比如操作地點（現場）叫1st line - 一線，引申到軍事上是外場的意思，所以LRU就是在外場可更換的單元，不需返廠維修。
有不少維護技師都成功地用皮托管加熱器烘乾了潮溼的PTU並準確校正了ADS，但是這一方法並沒有被經驗總結報告收錄，或形成正式的技術修正文件在全機隊推廣。只有部分參加2007-2008前沿部署的B-2機組和地勤注意到ADS對潮溼的敏感程度以及皮托管加熱器的功能。
2008年2月25日早晨，隸屬393中隊的「堪薩斯精神」號和另外一架B-2在完成4個月的前沿部署後準備返回懷特曼基地，當天剛下過暴雨，空氣極為潮溼。
9:29，在地面做準備的機組收到飛控系統發出的「AIRDATA CAL」信號，說明大氣數據系統需要校準，兩名飛行員和當時在機上的飛控專家並不了解皮托管加熱功能，所以他們只是執行了校準操作，而沒有先開啟加熱器烘乾PTU再校準。這導致24個PTU中的3個在校準過程中產生了很大的讀數偏差。
10:29，當機組做起飛準備時，對照檢查清單開啟了皮托管加熱器，從而烘乾了全部PTU。這一溼一幹之間的校準誤差造成高度表讀數比實際機場海拔高出了41.45米，但是機組對此一無所知，因為在跑道附近的視野內沒有機場海拔標誌牌。
10:30:12，「堪薩斯精神」號排在第二位滑跑起飛，在鬆開剎車約19秒後，主警告燈亮起，狀態指示器上也顯示出飛控系統警告。機組發現大氣數據錯誤標誌，不過6秒鐘後飛控系統關閉了警告燈。機組繼續執行起飛程序，因為所有警告燈都是熄滅狀態，飛行儀表也顯示空速早已超過100節的起飛決斷速度。
10:30:49，飛行員用正常杆力在指示空速142節時抬起機鼻（事後估計實際空速為132-134節），按標準的起飛攻角和爬升率起飛。在前輪離開跑道的瞬間，飛控系統根據錯誤校準的ADS數據計算得出一個負攻角（嚴重的機鼻下垂姿態），於是自動將機鼻抬高30度，疊加在現有攻角上。飛行員試圖重新獲得飛機控制權，但是高攻角、大起飛重量、高氣溫、低空速疊加造成飛機能量過低，已無力回天。
飛機在6秒鐘內失速並向左偏轉，左翼觸及地面的瞬間2名機組成功彈射逃生，飛行員只受了輕傷，任務軍官脊椎受損後來康復。「堪薩斯精神」號則一頭栽倒在兩條平行跑道之間的草坪上爆炸起火，機翼折斷，殘骸散布在18964平方米內，複合材料燃燒引起的火災直到8小時後才被撲滅，飛機徹底損毀。
當時前一架B-2已經順利升空，起飛滑跑距離為1775米，空速145-147節。而因為飛控系統的錯誤，「堪薩斯精神」號滑跑距離只有1333米，比前機縮短了442米，指示空速為142節，比實際空速快了12節。起飛過程中機組看到黃色的「主警告燈」亮起，顯示屏上出現一排大氣數據錯誤警告，但這些報警信息幾乎立即消失了。機組按照操縱規程繼續執行起飛程序，因為黃色警告無需自動觸發終止起飛，而且此時已經超過了決斷速度（他們並不知道實際速度慢了12節）。
為什麼告警燈會熄滅？調查發現顯示屏大氣數據陣列中的攻角一欄顯示了2個黃色的叉和2個白色的叉，這就是電傳操縱系統中的「2對2」狀態，四餘度系統中2組數據和另2組不同，此時飛控系統必須用一個先前被系統接受的數值去調和2組大氣數據通道之間的數據差。「堪薩斯精神」號調用的恰巧是校準時產生的偏移數值，2個數據通道被調和後正好位於允許值範圍內，飛控系統邏輯退出「2對2」狀態，警告消失。
調查組發現關鍵問題還在於B-2機組、地勤和管理層對於大氣數據校準的重要性缺乏認識，因為「AIRDATA CAL」警告信號頻繁出現的現象只在關島短期部署時才會發生。維修主管的注意力都放在了因各種問題停飛的飛機上，而大氣數據校準問題從來沒有導致停飛所以沒被記錄在案，因此地勤必須去諮詢已經超過10年沒接觸B-2項目的原廠工程師。
調查認定機組在事故中沒有違反規程，操作正確。509聯隊當即下令「安全性停飛」以檢查安全程序，4月1日才復飛，皮托管加熱被正式列入PTU的校準程序。一團小小的溼氣和一個錯誤的操作次序，造成了世界航空史上最為昂貴的一起空難，損失超過14億美元，在安全運作19年後B-2機隊只剩下20架。
關島的魔咒還沒完。正好2年後的2010年2月26日早上7點，「華盛頓精神」號在訓練任務前的地面準備階段由地勤啟動了4臺發動機，隨後因為發電機故障將左側一臺關閉，再啟動時旁邊正在運轉的發動機將洩漏出的燃油蒸汽吸入排氣管並被點燃，隨後大火向前蔓延到發動機艙，燃燒了26分鐘才被撲滅。
事故中沒有人員傷亡，這架B-2從外表看損傷輕微（這也是美國空軍最初通報時認為只是小火災的原因），但是大火的高溫融化扭曲了部分鈦合金機框結構，並燒毀了大量電纜和液壓管線。因為B-2被高度保密，關島基地的消防隊員事後說他們甚至不知道排氣管艙的存在，也不知道排氣管會著火。
2013年3月6日，吉姆·迦蓋諾技術軍士正在懷特曼基地焊接B-2排氣管襯裡的接頭，可以看到排氣管的S型曲線，這裡正是「華盛頓精神」號的起火點美國空軍已經無法再承受另一架B-2的損失了，諾斯羅普派出維修工程師團隊秘密前往關島，事故的嚴重程度也沒有對外公布。評估後確定維修分為兩個階段，第一階段修復結構和機械系統，成本為6790萬美元，使用了超過一千件零部件，從小夾具到龐大的機身支撐結構都有，一些已經停產的零件甚至得對照最初的設計圖重新製造，然後由一架特別指定的C-17運往關島，整整18個月後「華盛頓精神」號被恢復到適航狀態。
2011年8月它從關島直飛回加州帕姆代爾工廠。為了避免對飛機結構帶來更大壓力，這次飛行的起飛重量、高度和速度都受到嚴格限制，通過空中加油來降低起飛時的載油量。耗時13小時的不著陸飛行中一架支援飛機全程伴飛，提供大氣探測以避開亂流，同時和空管協調航路安全，因為空管雷達上看不到B-2。
回到出生地後「華盛頓精神」號開始耗時2年的第二階段維修，工程包括了一次計劃內的大修項目，全機的蒙皮、面板、螺栓、設備全部都拆卸下來，只剩下修補好的骨架，然後用新部件重新裝配，耗資3720萬美元。修復工作於2013年12月完工，「華盛頓精神」號重新加入現役。
2013年12月6日，「華盛頓精神」號在完成修復後的第一次飛行訓練後降落在懷特曼基地美國空軍在調查事故原因時發現，大量填充在排氣管艙和尾噴口區域縫隙內的雷達吸波材料發生了脫落現象，這些散落的特種材料像海綿一樣吸滿了燃油，當發動機起火時立即被點燃。
這是一起發生機率非常小的偶然事故，美國空軍改進了消費訓練技術手冊，首次註明了B-2排氣管艙的位置和滅火程序，並在為關島等海外基地配備了飛機專用舉高噴射消防車等特種設備。
距離B-2首飛已經過去了32年，憑藉超前的設計、冷戰時期不計代價的投入和多年來的改裝升級，即使在今天它仍然是一個擁有強大作戰能力的隱身戰略平臺。
B-2最大的不足就是它極其高昂的運作成本和過少的數量，從而導致相當低的出動率。迄今為止B-2的最大出動數量是2017年9月間的11架和2018年4月19日「海王星獵鷹」演習中的10架。大多數時間裡處於戰備狀態能夠隨時出動的B-2隻有3、4架，因為全部20架中在任何時間段內都有3-4架留在加州帕姆代爾工廠進行翻新升級，另有1架常駐愛德華茲基地進行系統測試，剩下的飛機除了執行繁重的訓練任務還要進行基地級維修保養，這大大削弱了它實際能夠承擔的戰略威懾能力。
只有到2025年B-21開始大批服役後，美國空軍隱身轟炸能力不足的狀態才能得到改善，屆時B-2亦將謝幕。