臺「海軍」「敦睦艦隊」驚傳最大宗群聚感染，軍人一時間成了「全臺公敵」。蔡英文震怒甩鍋，叫軍方坦誠面對，22日又在各方壓力下公開道歉，但軍方為誰隱匿、此次出航又是由誰拍板的，島內質疑聲不斷。
「防長」把責任全攬下來
臺「中央流行疫情指揮中心」22日通報稱，當天新增一例確診病例，為「敦睦艦隊」實習生，目前島內累計確診病例達426例，其中「敦睦艦隊」已確診28例。指揮官陳時中稱，「敦睦艦隊」屬於突發狀況，整體形勢判斷臺灣還沒有到封城的時候，離那個非常遠。
22日，臺灣「國防部」到「立法院」報告「磐石軍艦染疫案及後續相關防疫處置」。結果會議一開始，因為突然加入醫官視頻會議，「立委」們吵成一團。在這份長達4000字的檢討報告中，「國防部長」嚴德發坦言，新冠肺炎通報新增「嗅覺味覺異常」等項目，但指揮部門4月9日才以包裹式軍網電郵傳送「敦睦支隊」，當天艦隊靠港。這導致隨艦醫官未能察覺喪失味覺、嗅覺是新冠肺炎的臨床症狀；9日獲得新增通報定義後，也未能追蹤曾喪失嗅覺、味覺症狀的人員。此前在21日，嚴德發稱初步調查認為海軍有四大缺失：一是疫情通報不夠落實；二是聯檢小組未落實檢疫；三是官士兵管理不到位；四是防疫管理未落實，海軍事前防疫措施規劃不妥。
針對「立委」詢問軍隊染疫後如何應對解放軍的「威脅」，臺「海軍副司令」梅家樹22日坦承，納編任務的3艘艦艇包括「磐石艦」「嶽飛艦」與「康定艦」，目前無法執行戰備任務，也沒有辦法補充其他操艦人員。
至於島內最為關注的誰拍板決定「敦睦艦隊」此次帛琉之行，嚴德發把責任都攬到自己身上。他稱，他們當時是在「總統府」例行會議上向蔡英文作了口頭報告，而蔡表示尊重相關規劃，「敦睦艦隊出訪計劃是我核定的」。國民黨「立委」陳以信質疑稱，「三軍統帥」難道只有尊重，這是什麼統帥？他認為，「國防部用尊重兩字，就是在幫蔡卸責」。「立委」鄭麗文22日反問，「敵人打過來，國防部提出應戰報告，蔡英文也只會說尊重嗎？」她嘲諷說，「三軍統帥只要尊重，不用拍板也不用決策，原來這麼好當」。
「顯然串供已完成」
在各方壓力下，蔡英文22日上午11時發表「敞廳談話」稱，「海軍」「敦睦艦隊」的感染事件引起社會高度關注，她是「三軍統帥」，「國軍的事就是我的事，這次國軍在防疫工作上有如此多違失」，她要致上歉意。蔡英文還稱，她已要求在最短時間內釐清真相，待調查釐清責任，她絕對不會護短。
21日，嚴德發已就官兵染疫造成社會不安致歉，並宣布首波懲處名單，其中「海軍司令」劉志斌自請處分，「海軍指揮部」指揮官高嘉濱中將調職，「海軍」「敦睦支隊長」陳道輝少將調職。國民黨副秘書長李彥秀在臉書稱，軍方倉促開記者會決定懲處，意圖降低的不是疫情，而是執政黨的政治傷害。「立委」呂玉玲直言，「顯然串供已完成，防火牆已蓋好，國防部已完成總統保護任務」。
《中國時報》22日分析稱，「海軍」官兵染疫讓臺灣防疫一夕潰堤，連日來民進黨群起圍攻，不僅爆料「敦睦艦隊」在疫情期間有機密任務故弄玄虛，而且要求「國防部長」請辭，「看得出來是替蔡政府危機處理畫出一道防火線」，只是「敦睦計劃涉及外交國安領域，豈是嚴德發一人可決定，三軍統帥責無旁貸」。聯合新聞網注意到，在嚴德發21日率高級將領鞠躬道歉視頻中，「國防部副部長」與身旁的「法律事務司司長」只鞠躬一下就率先抬頭，卻看到一旁的長官還在鞠躬，尷尬了整整12秒。不少網友嘲諷說，這些將軍平日都是叫別人道歉，「人生第一次道歉啦」。
輿論要求蔡英文負責
島內要求蔡英文扛起責任。「敦睦支隊長」陳道輝被調職在海軍基層引發公憤，認為「國防部」和民進黨當局拿臺軍幹部當擋箭牌。一名自稱退役少將在「靠北長官2020」臉書粉專稱，「敦睦艦隊」要出航訓練，絕對不是「國防部長」或「海軍司令」能說了算的，「這項每年例行訓練計劃和擔任的重要任務，最後肯定要上呈給你（指蔡英文）批准才能實施，難道你沒有責任嗎？」他表示聽到蔡英文說「我是三軍統帥，國軍的事就是我的事」這句話很諷刺，她作為「三軍統帥」無法切割，也無法逃避，21日就應該率「國防部」官員向全臺人民道歉，以平息民怨。國民黨中央22日召開「海軍染疫總統甩鍋」記者會，質疑蔡英文身為「三軍統帥」只是躲在「總統府」，強調此事不應該只有基層官兵扛責，「三軍最高統帥必須負責」。聯合新聞網質問道，「磐石艦交戰犯，蔡英文好意思躲在後面？」
《聯合報》22日稱，將官們對於為何非要在疫情大流行之際出訪，始終顧左右而言他。「海軍」僅憑臺「外交部」轉手帛琉官方零確診的信息便揚帆而去，真是海軍可以隻手遮天嗎？「下指導棋的國安團隊不應躲在『國防布』後面，逼迫軍人為他們說謊，替政客扛責」。