6月16日，北京市中醫管理局印發《北京市新型冠狀病毒肺炎中醫藥防治方案（試行第五版）》的通知。連花清瘟顆粒（膠囊）被推薦用於醫學觀察病例/醫學隔離病例和成人確診病例中疫邪外犯證、疫毒襲肺證、疫毒閉肺證的治療。
通知提到，當前，全球新型冠狀病毒肺炎（以下簡稱新冠肺炎）疫情形勢仍很嚴重，近期北京市又出現本地病例，為進一步加強新冠肺炎中醫藥救治工作的精準性和規範性，推進中西醫協同提高治癒率、降低病死率，在總結先期中醫藥對新冠肺炎救治經驗的基礎上，對《北京市新型冠狀病毒肺炎中醫藥防治方案（試行第四版）》進行修訂，形成了《北京市新型冠狀病毒肺炎中醫藥防治方案（試行第五版）》。
新冠肺炎屬於中醫「疫病」範疇，溼毒疫癘之氣，自口鼻而入，鬱肺困脾，臨床可見發熱、咳嗽、乏力、大便溏瀉或不爽，甚者氣促。部分患者溼從熱化，壅閉於肺而出現高熱、喘憋等重症狀態，終至正虛邪陷、內閉外脫之危候。
連花清瘟是運用中醫絡病理論探討外感溫病及瘟疫傳變的規律及治療，提出「積極幹預」治療對策，制定「清瘟解毒，宣肺洩熱」治法。組方吸取歷代醫家治療疫證的用藥精華，以漢代張仲景《傷寒論》中專治疫病的麻杏石甘湯與清代吳鞠通《溫病條辨》中專治疫病的銀翹散化裁，汲取明代吳又可《溫疫論》治疫證用大黃經驗。麻杏石甘湯，宣肺洩熱、止咳平喘；銀翹散，清瘟解毒、辛涼宣肺，兩個藥方針對疫病發熱咳嗽、喘促氣短用藥。現代藥理研究發現，兩個藥方都具有良好的退熱、止咳、抗炎、抗病毒作用。
連花清瘟處方中除應用麻杏石甘湯與銀翹散之外，還具有三大用藥特點。首先採用大黃通腑洩肺，肺與大腸相表裡，讓「疫毒」從大便排出，使邪有出路；使用大黃另一價值是先證用藥，截斷病勢。明代吳又可曾指出：瘟疫治療宜在人體正氣未衰之時，及早攻逐邪氣，提前應用通便的大黃，可以截斷病情向危重傳變。現代藥效研究證實大黃具有抑制肺部炎症，改善肺功能作用。第二，運用藿香芳香化溼、避穢化濁，改善食欲不振、溼困脾胃的狀況。第三，連花清瘟中還有關鍵的一味藥是紅景天，它生長在高寒、高海拔地區，以提高人體抗疲勞、耐缺氧能力。同時紅景天增強免疫的作用可以改善患者淋巴細胞及亞群偏低造成的機體抗病能力下降，提高機體的抗病康復能力。
據了解，連花清瘟從2003年進入市場至今，已經獲得國家層面20餘次方案推薦，從甲型流感、乙型流感、禽流感到新型冠狀病毒性肺炎，在這十幾年我國發生的所有病毒傳染性重大公共衛生事件中，連花清瘟都獲得了治療方案推薦，曾被列入《流行性感冒診斷與治療指南》《人感染甲型H1N1流感診療方案》《乙型流感中醫藥防治方案》《人感染H7N9禽流感診療方案》《流行性感冒診療方案(2019年版)》《新型冠狀病毒感染的肺炎診療方案（試行第四至第七版）》等方案。連花清瘟膠囊的科研成果獲得了2011年度國家科技進步二等獎。