螞蟻集團的所有股份中，員工持股平臺佔有的份額最多，合計超過一半。阿里巴巴持股超過三分之一。馬云為集團實際控制人。
根據招股書，持股比例達到兩位數的股東共計三家。其中，君瀚、君澳作為螞蟻的員工持股平臺，分別持有螞蟻29.86%和20.66%的股份，為控股股東，兩者合計持有50.5177%的股份。發行完成後，君瀚、君澳合計持股將不低於40%。
阿里巴巴公司持有32.65%的股份。發行完成後，阿里巴巴持股將約為25.84%。
全國社保基金目前持有約2.93%的股份。發行完成後，全國社保基金持股將約不低於2.9%。
馬雲個人持股比例不超過8.8%，遠低於公司在2000年註冊成立時的80%。他還宣布捐出6.1億股螞蟻股份做公益，相當於螞蟻發行後總股本的2%。
以下為截至招股說明書籤署之日，螞蟻集團的前十大股東：
螞蟻集團的國有股東於發行前持股情況如下：
實控人：馬雲
截至本招股說明書籤署之日，持有發行人 5%以上股份或表決權的主要股東、實際控制人（及實際控制人在杭州雲鉑層面的一致行動人）持股情況如下：
其中，杭州雲鉑為杭州君瀚和杭州君澳的普通合伙人和執行事務合伙人，杭州君瀚和杭州君澳同受杭州雲鉑控制，杭州君瀚及杭州君澳共同為公司控股股東。馬雲持有杭州雲鉑34%的股權，井賢棟、胡曉明及蔣芳分別持有杭州雲鉑22%的股權。
基於這種安排，馬雲能夠實際支配杭州雲鉑股東會與行使螞蟻集團股東權利相關事項的表決結果，並通過杭州雲鉑控制的杭州君瀚及杭州君澳間接控制發行人50.5177%的股份，為螞蟻集團的實際控制人。
在杭州雲鉑股東會相關決議事項上，井賢棟、胡曉明及蔣芳為馬雲的一致行動人。
螞蟻「帝國」
截至2020年6月30日，螞蟻集團共有境內控股子公司70家，境外控股子公司98家，參股的合營及聯營公司58家，未設立分公司。
其中，重要子公司共有20家，其中14家重要境內子公司，6家重要境外子公司。
重要境內子公司包括支付寶、重慶市螞蟻商誠小額貸款有限公司、重慶市螞蟻小微小額貸款有限公司、螞蟻金服、上海雲鉅創業投資有限公司、上海雲鑫創業投資有限公司、螞蟻勝信、螞蟻智信、重慶萬塘信息技術有限公司、浙江融信網絡技術有限公司、天弘基金管理有限公司、螞蟻（杭州）基金銷售有限公司、國泰財產保險有限責任公司。