拳皇大蛇篇的故事從拳皇95開始，草薙京在本作中終於成為了主角，從此展開了自己升級打怪的路程，同時因為劇情需要，他宿命中的敵人，拳皇系列最具人氣的八神庵也打著「尋找草薙京決鬥」的旗號參加了比賽，雖然大蛇在本作中根本沒有提到，但結尾劇情中盧卡爾爆體而亡已經隱隱透露出相關的消息。
拳皇95和拳皇94的人物並沒有什麼改變，只是添加了一個小Boss草薙柴舟（總算有了名字，不必要再以草薙京的「父」來打醬油），最終Boss也從盧卡爾變成了「Ω·盧卡爾」。由於本作涉及到了「大蛇之血」，就以和它有關的八神庵來作為故事的視角。
在拳皇94比賽結束以後，格鬥家們以為盧卡爾已經死亡，沒想到在1995年再次收到了署名仍然為「R」的邀請函，難道這次大賽的舉辦者就是已經在航母爆炸中喪生的盧卡爾？那他又有什麼樣的陰謀？帶著這樣的疑問，格鬥家們再次來到了比賽場上。
八神庵沒有收到邀請函，但這並不是問題，靠著自己的實力，他搶走了美國隊的邀請函（悲催的美國隊）。正好因為敗在坂崎良手裡的如月影二和想要為吉斯大人掃清障礙的比利都想參加比賽，於是三人一商量組了個「天敵隊」打著比賽的旗號，計劃去找草薙京、坂崎良和特瑞的麻煩。沒想到一切都很順利，他們竟然打到了不少對手。
三人一路過關斬將，似乎已經將自己參加比賽的本來目的給忘掉了。在打敗所有隊伍之後，沒想到藏在暗處的瓦斯機關在賽場上噴發，在醒來後（難道格鬥家的體質已經可以無視瓦斯）見到了本次比賽的幕後黑手，盧卡爾果然沒有死，這次的最終Boss仍然是他。（不趁著勝者昏迷時下手，多麼紳士）
原來盧卡爾總算是明白了獨木難支的道理，人家都是三人組隊，自己單打獨鬥，這不公平，他計劃招攬八神庵等人作為自己的手下，一同實現徵服世界的夢想。不過八神庵和如月影二可不是甘於受人擺布的人物，而比利已經有了他的吉斯SAMA，所以這次面試註定是失敗的。
惱羞成怒的盧卡爾放出了被控制思想的草薙柴舟（大叔你在搞什麼？拳皇94差點被人家打死，拳皇95還敢來送？），八神庵一看原來是自己「宿敵」的父親，又是一頓唇槍舌劍。坐山觀虎鬥的盧卡爾對於這樣的遭遇非常感興趣，自負的他可不知道八神庵將來是要封神的男人。
草薙柴舟沒有疑問的再次被打敗。盧卡爾親自上場，和八神庵的隊伍大戰一場，結果不分勝負，這時候他終於使用了自己隱藏最深的秘密，「大蛇之血」的力量，不過這次他沒想到遇到了一個識貨的，八神庵用一臉嘲諷的表情告訴他「大蛇之血的力量如果不是繼承於大蛇，凡人是根本無法承受的。」
盧卡爾本來是個武術天才，當他得知有種叫做「大蛇之血」的東西可以讓他再次升級，利慾薰心的他找上了當時只有18歲的高尼茲，沒想到被人家一隻手一招就打敗，同時還失去了一隻眼睛（蒼天饒過誰？哈迪倫估計要笑翻了。）但高尼茲想要看看「大蛇之血」在凡人身上有什麼樣的效果，於是不但沒有殺掉盧卡爾，還賜給他一滴「大蛇之血」。對戰的結果和八神庵說的一樣，盧卡爾果然受不了「大蛇之血」的力量，自爆而亡，就算是死前還來了一句「如果世界需要我，我還會復活的。」不過這次他可是真的死了。
盧卡爾死後，如月影二和比利都為八神庵所擁有的力量而驚嘆，沒想到友誼的小船說翻就翻，八神庵可不覺得這兩位是自己的好隊友，馬上翻臉不認人，一頓亂削把兩人打成重傷，順便給自己弄了兩個仇人（感謝八神庵吧，之後的隊友可沒有這種待遇了）。至於之後該做什麼，當然是繼續去尋找自己的真愛……不是，是宿命中的敵人草薙京了。