在岸本續作的火影忍者漫畫中，其中最令人好奇的是果心居士的身份之謎，從外貌和忍術方面，果新居士都在無限制的接近鳴人的師傅自來也，而且岸本還有意地遮住了果心居士的真實面容，這種很直白的行為，更斷定了果心居士和自來也之間有著很深刻的聯繫。
在此之前，有關於果心居士的身份曾出現過多種流行的「假說」，穿越學說，認為果心居士來自於未來，是忍者世界未來的科技產物，用來阻止慈玄復活神樹毀滅地球的計劃，和經典科幻電影《終結者》的劇情比較相似，但是穿越學說也有其不成立的地方，果心的查克拉已經被現在這個世界的木葉村記錄了下來，可以自由地通過木葉村的外部感知系統，如果果心真的來自於未來，那麼就不應該出現查克拉被記錄的事件，在時間上是說不過去的。
除了穿越說之外還有父子學說，自來也生性風流，在外面有幾個孩子也是說的過去的，為父報仇也可以作為一個比較適當的理由，不過，這種假說的可能性比較低，全篇火影忍者動漫作品中都未曾提及過自來也還有孩子的「蛛絲馬跡」，如此設計，這種突然性很難以讓讀者接受，生硬且沒有邏輯性。
在二次元的世界對果心居士身份的討論由來已久，真實的身份也在新劇情45話中給予了暗示。果心居士是被某人製造出來的，目的是為了阻止慈玄的計劃，既然和自來也有關係，又是被製造出來的產物，而且查克拉被木業記錄過，那麼指向的可能也只有一個方向了——果心居士是自來也的基因產品，也就是自來也的克隆體。
克隆體並不是一個較為新鮮的詞彙，大蛇丸的「孩子」已月就是克隆體人類，所以，依照當時的科技，克隆技術並不是一項複雜的技術，所以，自來也被克隆的可能是完全具備條件的。
在自來也與曉成員大戰的之時，自來也失去了一條手臂，這可以作為克隆體的基因材料來源之一，除此之外，通靈術是用血液作為契約，從這條路上也可以找到自來也的基因序列，以此完成克隆體的所有準備工作。
既然是自來也的克隆體，除了沒辦法擁有自來也的先前的意識之外，其他均和本體自來也一樣，包括天賦、忍術、查克拉的屬性等等，如此一來上面的一切疑點就很容易說得通了。
不過隨之而來的問題也來了，誰克隆了自來也？漫畫中指向的人物是阿瑪多，這條猜測也是有邏輯性的，果心居士趁機挑戰慈玄，並護送阿瑪多逃走避難，且阿瑪多顯然也擁有這樣的技術，應該是全篇劇情中擁有最高科學技術的人物。
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