這是一個全新的故事，講述的就是多莉如何排除萬難回家尋親的旅程。患有短期失憶症的多莉在一次次不經意中回憶起了自己和父母間的聯繫，終於在朋友們的幫助和自己的努力下找到了父母！有的故事你明明知道每一個橋段，每一次重溫卻依舊會感到驚喜！
這部電影基本繼承了上一部電影的人物形象設定，風格上保持了與前一步的風格一致，這是系列電影的標誌。《海底總動員2》是一個全新的故事，講述的就是多莉如何排除萬難回家尋親的旅程.多莉的記憶時好時壞，有時候聽過就記憶猶新，有時候再怎麼努力也會記錯，這不是短期記憶喪失應有的症狀！但是她為人仗義，熱情助人，想到就做，無懼困難，極具創造性的多莉。就算人生只有七秒記憶又如何，只要勇敢前行，用心生活，一定能夠活出自己的精彩人生。
感動於馬林和尼莫明明沒有義務卻還要涉險幫助多莉去尋找家人，哪怕多莉找到家人後可能就不會陪伴自己了；感動於多莉的父母幾年如一日地鋪陳那些指引回家的貝殼路標，從來沒有失去過希望；感動於多莉用自己的執著和不走尋常路的勇氣智慧，感染著七爪魚、鯨魚、甚至是馬林和尼莫，使她身邊出現了越來越多的家人；感動於多莉從未有任何一刻不認為馬林和尼莫是自己的家人，哪怕她找到自己的親生父母，哪怕她失去了再多的記憶。
故事中暗示意味最強的，是章魚漢克的神通廣大。他可以自如陸上行走，隨心所欲隱藏蹤跡，給多莉提供了最大程度的幫助，克一直強調有過可怕的遭遇，不想回到海裡，卻又絕口不提，到最後也沒個交代。兩個魚家族團聚之後，他也不再現身。在彩蛋的各種不相干的場合神出鬼沒，更加印證了它的虛無身份。
親情的主題，最讓人動容，也是整個故事的起源和基礎。當多莉順著貝殼的方向找到了爸爸媽媽，其實完成的不僅是一次團聚，更是幾大主題的融合。因為父母擔心多莉找不到回家的路，從小便告訴她通過貝殼認清家在何方，最後多莉真的做到了，這是教育的成功。因為海底被汙染，其他動物都搬走了，只有多莉的父母查理與珍妮堅持在原處，苦苦等待女兒的歸來，這是對環境汙染的控訴。因為找到了父母，多莉終於知道了自己從何處而來，知道了自己心中所愛和所在乎的是什麼，這是一夜長大的欣慰。