菩提祖師在《西遊記》中是一個神秘的存在，他既有著神仙之能，卻又不居住在天庭，神通廣大卻又不喜張揚。他所居住的靈臺方寸山更是世間難得的幽靜之地，連神仙都不知道他的存在。
孫悟空大鬧天宮的時候，玉帝和如來對他的來歷都不知曉。而如來佛祖生活在西牛賀洲，按道理說，應該知道菩提老祖的存在，但是他卻問孫悟空，你的師傅是誰？這就不免有些奇怪了。
如來佛祖在《西遊記》中似乎是無所不能的，當年真假美猴王連菩薩都無法區分，佛祖卻能夠輕易識別出六耳獼猴。西牛賀洲是他的地盤，按道理，他應該知道菩提的存在，但事實並非如此。
花果山老猴
既然這麼多神仙都不知道菩提，那為什麼當年花果山老猴卻知道呢？先從孫悟空到達靈臺方寸山找線索。當時孫悟空看見菩提祖師的洞府上寫著：「靈臺方寸山，斜月三星洞」，仔細揣摩便知，孫悟空是拜了心頭之師。心頭之師便是虛幻而不存在的，只是孫悟空內心想讓自己變強大的一股著念。有了這股著念自然就會有菩提祖師這個心頭之師出現來引導他。
花果山老猴可以看作是菩提祖師的一個化身。畢竟一個虛幻的人物，連玉帝佛祖都不知道，一隻普普通通的凡猴又怎麼會了解？所以說，不管是菩提祖師也好，還是花果山老猴也罷，他們都是孫悟空內心對法術神通的嚮往從而誕生的化身。孫悟空本就是順天意而降生，來歷非凡，天生就帶有神通，他想學法術並不是一件難事。而花果山老猴和菩提祖師是他在修煉過程中所臆想出來的虛幻的人物。