隨著新冠肺炎（COVID-19）感染病例在近日突破 70,000 大關、中國疾控中心發迄今最大新冠病例分析、首次描述肺炎發病流行曲線，越來越多的新冠疫情爆發細節浮出水面。
與此同時，先前頗有群眾基礎的新冠病毒人為幹預流言也正在被科學事實逐一反駁。例如，新冠病毒乃「合成」。
近日，幾位業內知名科學家就聯合發表了一篇預印本論文，詳細分析了新冠病毒（SARS-CoV-2）中兩個疑似人為幹預的特徵。最終，研究者認為，新冠病毒不是製造而洩漏的病毒，而是病毒自然進化的產物。
文章題為「The Proximal Origin of SARS-CoV-2」，據悉目前已經進入投稿階段。但 DeepTech 電郵團隊尚未得到更多回復。
（來源：http://virological.org/）
這篇文章的合作者也可謂「群星閃耀」，既有被 Discover 雜誌譽為「全球最知名病毒獵手」、哥倫比亞大學教授 W. Ian Lipkin，也有來自著名研究機構博德研究所的傳染病遺傳學家 Kristian G. Andersen，愛丁堡大學生物進化研究所進化生物學家 Andrew Rambaut 教授。
預印本論文一經公布，在推特上，眾多著名病毒學家如哥大教授 Vincent Racaniello 都紛紛轉載並支持，並大讚這個研究提供了對新冠病毒人為幹預的強有力反擊。
（來源：http://virological.org/）
疑點分析：病毒並非算法所預測的最優化，而更像自然選擇
目前已知有七種冠狀病毒可感染人類，而這次的新冠病毒則是第 7 個成員。
其中，CoV-229E，-OC43，-NL63 和 - HKU1 在人群中普遍流行，通常引起普通感冒症狀，另外三種 SARS-CoV、 MERS-CoV，以及此次的新冠病毒都具有嚴重的危害性，可導致重症肺炎甚至致死。
而引發新冠病毒合成論的一大疑點正在於，新冠病毒對人的 ACE2 受體具有高度親和力。ACE2 受體是人與冠狀病毒結合的關鍵部分，也就是說，病毒與人 ACE2 受體結合的親和力越高，則病毒的傳播性越強。
近日，來自美國德克薩斯大學奧斯汀分校發表的研究就詳細分析了新冠病毒的 S 蛋白結構，還利用表面等離子共振技術（SPR）分析 S 蛋白與 ACE2 的親和力。
圖丨 SARS-CoV-2S 蛋白殘基的突變（來源：http://virological.org/）
結果發現，新冠病毒的 S 蛋白與 SARS 病毒在結構上存在差異，但整體相似度高。並且新冠病毒的 ACE2 蛋白與新型冠狀病毒的親和力是 SARS 病毒的 10 到 20 倍，這也是為什麼新冠病毒的傳染性更強。
而決定這種特性的某些關鍵胺基酸突變，與此前一些研究中預測可用於增強親和力的胺基酸突變一致，因此，有傳言稱，這是由實驗室定向突變而生成的病毒。
但這篇闢謠的最新研究論文提出，新冠病毒 S 蛋白與 ACE2 受體結合的關鍵部分為受體結合域（RBD），RBD 中的 6 個胺基酸殘基決定了冠狀病毒感染宿主的物種範圍。
與具有 96% 基因序列相似度的菊頭蝠冠狀病毒相比，新冠病毒的 6 個殘基（對應為 L455、F486、Q493、S494、N501 和 Y505）有 5 個發生了突變，這解釋了新冠病毒與人類、非人靈長類、雪貂、豬、貓等 ACE 受體具有高親和性，但菊頭蝠冠狀病毒卻不感染人類的現象。胺基酸 F486 的出現，更像是新冠病毒針對人類和其他動物宿主發生的一個自然的進化突變。
並且，新冠病毒與 ACE2 的親和力雖高，但其 RBD 還不是最完美的選擇。有科學家曾對 ACE2 受體蛋白進行結構生物學分析，並預測了與其匹配程度最高的胺基酸序列，這與在新冠病毒 RBD 中發現的不同。新冠病毒 RBD 中的幾個關鍵胺基酸殘基與計算生物學預測的最適合結合人 ACE2 受體的胺基酸殘基完全不同。
簡而言之，正如文章作者之一 Andrew Rambaut 所言：「關鍵在於這個病毒非常適合感染人類，但是它感染人類的方法並不是計算模型當前所給出的最優化答案」。如果是邪惡的生物學家想要製造這樣一種致命病毒，這個選擇顯然不是最好的辦法。
圖丨近日，西湖大學周強實驗室利用冷凍電鏡技術成功解析此次新冠病毒的受體——ACE2 的全長結構，這是世界上首次解析出 ACE2 的全長結構。ACE2 是新冠病毒侵入人體的關鍵（來源：西湖大學）
研究團隊的另一個發現在於，新冠病毒存在著不尋常的多鹼基切割位點，而這些位點僅和低致病性禽流感病毒在細胞或動物中長時間多代傳播後才存在，且其中存在的 O-linked 聚糖結構無法通過實驗室細胞培養方式獲得，通常需要免疫系統的參與。
基於上述對新冠病毒的基因組分析，團隊明確寫道：「重要的是，該分析提供了證據，表明新冠病毒既不是實驗室內的產物，也不是manipulated virus」（Importantly, this analysis provides evidence that SARS-CoV-2 is not a laboratory construct nor a purposefully manipulated virus）。
那麼，病毒究竟起源於哪，又將如何演化？
團隊給出了兩個他們認為可以關注的方向。
溯源刻不容緩
一種可能在於，在傳染給人類之前，新冠病毒已在非人類動物宿主中進行自然選擇並發生變異。
因為新冠肺炎在武漢華南海鮮市場爆發，因此此地可能存在動物傳染源。而且，新冠病毒與蝙蝠 SARS 病毒序列相似度極高（尤其是 RaTG13），那麼蝙蝠作為病毒的一個來源也是有據可依的。
但需注意的是，先前在人類中爆發的冠狀病毒，其傳播鏈中都有蝙蝠以外的動物，例如 SARS-CoV-1、MERS-CoV。以此類推，與新冠病毒密切相關的病毒可能正在一種或多種動物中傳播。
圖丨新冠病毒正在全球傳播。上述模型顯示了新型冠狀病毒從北京國際機場傳播到世界各地機場的最有可能的路線。氣泡的大小代表了每個機場的相對風險（來源：DIRK BROCKMANN)
初步分析表明，最近在非法進口到廣東的馬來穿山甲中發現冠狀病毒，其中 S 蛋白 RBD 的 6 個重要殘基與 SARS-CoV-2 一致。但尚未鑑定出整個馬來穿山甲冠狀病毒基因組都與新冠病毒足夠相似，以支持直接人類感染。另外，穿山甲冠狀病毒也不存在多鹼基切割位點插入。因此，對可疑動物源的冠狀病毒篩查，將是溯源的重點。
另一種可能在於，新冠病毒的 「祖先」 從非人類動物直接躍遷至人類。
這一種推測將更為可怕，因為，這意味著新冠病毒在進化出高度的 「適人性」 上天賦異稟：無症狀的新冠病毒祖先在人類群體中悄悄傳播，直到突變後引發肺炎疫情爆發。目前為止，所有測序的新冠病毒基因組都具有顯著的 RBD 和多鹼基切割位點，不同樣本中的新冠病毒基因序列具有高度同源性，說明其具有共同祖先。具有上述基因組特徵是通過在人與人之間的傳播過程中進行適應而獲得的。
我們如何測試新冠病毒的秘密傳播增強了其對人類的適應性？回顧性血清研究可能會提供參考，並且我們已經看到一些此類研究正在進行。
Andrew Rambaut 在其推特中強調，新冠病毒具有任何已知蝙蝠病毒都沒有的功能，它可能起源於更早種類的蝙蝠，但之後在另一種宿主中得到進化。目前尚不明確的是，它是否是在與人類高度相似（細胞 / 分子水平）的非人類動物上進化獲得這種高度的「適人性」。
文章也提到，控制疫情、尋找其他更直接的中間宿主以防止再次爆發將是當務之急。
科研人員開啟反擊行動，《柳葉刀》刊登信件：支持中國公衛專業人員
Andrew Rambaut 所在的這支團隊公開這篇研究不久，便獲得了許多專業人員的認可，其中不少人都在推特回覆中表示「陰謀論可休矣」。
圖丨此前的一篇印度論文曾稱新冠病毒非自然形成，現已撤回（來源：bioRxiv）
在中國出現 COVID-19 的事件之後，有關該病毒起源的謠言、誤傳的傳播令國內、國際上的科學家感到沮喪。這些謠言專門針對科學家和衛生專業人員，儘管他們中的一些人為抗擊這一疾病付出了極大的努力，並以快速、開放性和透明性共享數據。
但是，錯誤信息有可能破壞廣泛的全球合作，而這種合作對於抗擊這已在各大洲蔓延的新冠疫情至關重要。
現在，全球一批科學家開始號召用科學反擊此次疫情中出現的種種險惡言論：來自 8 個國家的近 27 位公共衛生科學家小組在《柳葉刀》上寫信以支持與新冠肺炎作鬥爭的中國科學家、公共衛生和醫學專業人員，並全面抗擊其中的險惡言論。
這些科學家包括 Jeremy Farrar OBE 爵士，Jim Hughes（前助理外科醫師，CDC NCID 前負責人，美國海軍上將後公共衛生服務部），Rita Colwell（美國國家科學基金會前負責人）、Sai Kit Lam（美國國家醫學科學院教授、馬來西亞醫學科學院院士，共同發現了 Nipah 病毒）、John Mackenzie（澳大利亞教務長，WHO GOARN 指導委員會成員），Jerry Keusch 博士（前 NIH Fogarty 國際中心負責人）以及傳染病研究和公共衛生領域的其他領導者。
他們發布這封信的目的，是在新冠疫情爆發的關鍵時刻儘可能擴大受眾範圍，以消除毫無根據的謠言，並且鼓勵和聲援中國同行。
以下為信中文版內容：
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DeepTech關於新冠肺炎的系列報導（上下滑動可見全部報導）：
參考：
http://virological.org/t/the-proximal-origin-of-sars-cov-2/398
https://www.thelancet.com/lancet/article/s0140-6736(20)30418-9