近期，日本已經正式表示有興趣作為一個完整的合作夥伴加入F-35項目，但是五角大樓卻打算拒絕這項請求。 據國防新聞援引消息人士稱，日本加入到F-35項目合作夥伴關係的要求讓五角大樓感到很麻煩，美方擔心，這會引發F-35國際製造的新緊張局面，並為其他用戶國打開大門。
6月18日日本防衛省整備計劃局長鈴木敦夫6月18日向五角大樓採購負責人Ellen Lord發出的一封信，正式要求美方提供有關日本如何從用戶轉變為F-35工業製造的正式成員的信息。 鈴木敦夫寫道：「我認為，成為F-35項目夥伴國是個選項。首先，我想知道，您對日本有沒有可能成為夥伴國有什麼看法。此外，希望能提供防衛省有關夥伴國義務與權利的詳細資料，還有成本分攤，以及諸如核准流程和需要的時間等條件。」
五角大樓採購負責人本周計劃與日本官員會面，預計會就上述問題進行談判，但答案可能不是東京所喜歡的。 F-35聯合計劃辦公室提到，美方與日本的合作關係僅限於最初的F-35投資者。 F-35聯合項目辦公室（JPO）發言人表示：「F-35合作夥伴關係談判早在2002年7月15日就已經結束。」
五角大樓國防採購主管提到，在2002年4月的一份備忘錄中，已經明確表示只允許在2002年7月15日之前參與F-35項目三級系統開發和示範合作談判的國家加入到生產製造F-35系列戰機行列。 而在2007年的F-35合作夥伴在一份單獨的備忘錄中又重申了，只有參與F-35計劃發展階段的合作夥伴才有資格在生產，維持和對F-35戰機進行現代化的資格。
一位熟悉內部討論的消息人士稱，五角大樓擔心如果讓日本成為項目合作夥伴會導致其他F-35用戶國家也會提出類似的要求。 日本的這次詢問正好處於F-35計劃的變革時間點，一方面F-35聯合項目辦公室（JPO）負責人Mat Winter即將退休， 另一方面，土耳其因為對俄羅斯防空系統的追求導致他們將會被踢出F-35項目。
因此，這時日本要求成為一個完整的合作夥伴是有依據的。F-35計劃的一位前高級官員則表示：「F-35項目將會失去土耳其這個合作國家，一旦確定就會有出現一個空缺的名額。而未來除了美國軍隊之外，日本將成為F-35最多的國家之一。加入到合作計劃的規則是美國軍方與國務院制定的，因此美國國防部是可以改變規則的。」
F-35計劃有兩級參與標準。一級成員被視為該計劃的「合作夥伴」，可以直接入駐聯合計劃辦公室。這包括派代表常駐JPO，擁有權衡未來戰機能力的決定，以及決定未來的工業參與計劃的資格。 工業參與資格非常重要，建立進入全球供應鏈的F-35部分製造業務預計將使合作夥伴國家在該計劃的整個生命周期內獲得數十億美元的收入。合作夥伴由籤署該計劃的前九個國家組成：澳大利亞，加拿大，丹麥，義大利，荷蘭，挪威，土耳其，英國和美國。
第二級是由F-35戰機的「客戶」組成，包括後來參加該計劃的國家。這些國家的工業參與份額比較較少，對F-35戰機的未來發展也缺乏投票權，並且沒有長駐JPO的官員。該級別由以色列，韓國，比利時和日本組成，但未來可能會擴展到芬蘭，新加坡和其他國家。 2018年12月，日本宣布計劃將F-35的採購數量從42架擴大到147架，使其成為美國以外最大的F-35戰機運營商，也是僅有的三家運營F-35B的外國國家之一。
但東京似乎有興趣增加與該計劃的合作，這在很大程度上是因為日本希望參與指導F-35戰機的新能力開發，因為F-35系列戰機已準備好進行Block 4作戰軟體的升級工作。 在日本航空自衛隊的F-35A於4月份墜入太平洋之後，日本強調需要獲得飛行安全信息，因為信息的缺失導致日本失去了一架F-35A和一名飛行員。此後，日本官員將這次事故歸咎於飛行員的空間迷失。
從純粹的項目物流角度來看，日本成為合作夥伴不會成為問題，事實上，F-35項目官員可能會更容易將F-35的最大外國買家作為合作夥伴而不是整體客戶。然而，這樣做會在政治層面變得很麻煩。
這位前官員指出，如果允許日本加入，你打開了潘多拉的盒子。比如，韓國由於與日本的政治關係複雜，以色列是第一個在F-35合夥關係選項關閉後作為客戶加入的國家，另外還有比利時，也是作為F-35的客戶而不是合作夥伴，如果日本被允許加入到製造商行列，那麼其他的用戶國家也會提出相同的要求。
蒂爾集團的分析師說到，在工業參與方面，日本企業如果加入到F-35製造商行列，就將有機會獲得原來土耳其的製造份額。 土耳其的主要國防公司已經為F-35系列戰機噴建造了數百件零部件。如果土耳其被驅逐出該計劃，其中包括美國阻止土耳其計劃採購100架F-35系列戰機，這意味著土耳其的生產份額將至少暫時會轉移到美國本土，未來將會移交到其他的合作夥伴。
目前來看，如果日本能如願成為製造商，那麼土耳其原來承擔的飛機結構工作可以由三菱重工（Mitsubishi Heavy Industries）以及規模較小的川崎（Kawasaki）和斯巴魯（Subaru）獲得。但是日本希望參與更多F-35戰機項目的想法也很奇怪，因為，同時日本已經公開取消在國內組裝F-35戰機的計劃了。做出這種決定是日本發現自行組裝的F-35成本遠高於從美國進口整機。
而讓美國很頭疼的另一個潛在複雜因素：就是日本仍在繼續推動發展本土戰鬥機。 日本正在開發一款新型戰鬥機，以取代目前正在服役的本土三菱公司的F-2A/B戰鬥機，並希望新戰機會在2030年代投入使用。
現在日本已經在許多相關領域進行研究和開發，包括隱形技術，戰鬥機發動機和有源電子掃描雷達，並且之前已經建造了一個技術驗證機X-2心神，並利用這架驗證機進行了一系列測試飛行來驗證這些技術。 但是對於這個問題，日本方面的發言人席夫曾表示，F-35戰機仍然是美日同盟的重要項目。也就是說無論是否發展國產新一代戰機，F-35依然是日本最重要的戰機項目。