在8世紀早期，瑪雅文明達到了它的頂峰，他們建造了規模極其宏大的城市，但僅僅150年後，繁榮的古典瑪雅文明經歷了人類歷史上最具破壞性的社會動蕩和人口巨變之一，並由此崩潰。瑪雅的大崩潰和覆亡是一個充滿變化、有勝利喜悅也有悲劇的故事。不幸的是，我們沒有瑪雅人自己關於崩潰的任何記錄。我們僅從遺留下的石柱上的記載的是關於神王的生活而非農業產量。
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在8世紀和9世紀，聯盟開始瓦解，貿易衰退，激烈的衝突逐漸開始失控。到公元830年，與瑪雅相關的大型建築幾乎全部停工，刻在石柱上的最後日期是910年1月16日，這標誌著人類最耀眼的光芒之一的瑪雅文明結束了，瑪雅古典城市結束了。跟羅馬帝國或西臺帝國的覆滅類似，我們知道導致其崩潰的原因不止一個，大多數瑪雅文化專家認為有三個主要因素導致了古典瑪雅文明的毀滅：戰爭、環境破壞和乾旱。
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我們首先從戰爭開始講起，因為它是發生最早的原因。隨著南部低地的戰爭日益頻繁，戰爭帶來的暴力和破壞程度也在增加。古典時期以來，瑪雅的國王們就一直在打仗，而且戰爭已經影響到普通民眾的日常生活。曾為瑪雅城市增添光彩的華麗寺廟和宮殿變成了瓦礫，有些甚至被拆除以建造防禦工事。居民區開始後移，金字塔尚未建成便被擱置，甚至連國王的屍骨都未被埋葬，成千上萬難民從農村湧入城市，使得人口急劇膨脹。
再來看環境問題加劇了瑪雅文明的毀滅。要知道尤卡坦的環境十分惡劣，為了給不斷增長的城市提供燃料以及製作覆蓋在房子上的灰泥，大片森林不得不被清除。這裡環境中的土壤原本就很薄，這種森林砍伐更是加劇了土壤侵蝕，瑪雅城邦的成功也播下了他們走下毀滅的種子。
最後致命的因素是乾旱。瑪雅人是最擅長乾旱治理的文明之一，他們的水渠和蓄水池仍然散布在被叢林湮沒的城市中，然而公元800至1100年間尤為漫長的乾旱，給他們造成災難性的打擊。820年至860年發生了長達40年的乾旱，另一次發生在930年左右，然後在1000年至1100年間，又發生了長達100年的乾旱，該地區已飽受長期戰事的摧殘，土壤的生產力比以往任何時候都低，國王們捲入了長達一個世紀的爭鬥。
既然瑪雅國王不能取悅眾神降下雨水，人們就站起來反對他們，血腥的革命的爆發讓這些城市終結，瑪雅社會中神聖王權的地位逐漸減弱或消失。戰爭、環境破壞和乾旱如果單獨發生，瑪雅人都可以輕易克服。無休止戰爭造成的破壞也許可以得到修復，乾旱可以得到控制，可以使用新的耕作方法，也可以實施新的政治制度，但這些因素合起來便帶來了災難。錯綜複雜的各種因素導致了災難的發生，但這次崩潰後的倖存者並沒有都死了，南部低地仍有數百萬人生存了下來，南部低地的人民開始向北遷移。
有人認為瑪雅在覆滅後就完全消失了，這是一種極其普遍的誤解。應該說他們的文明實際上是經歷了巨大的轉變，奇琴伊察適應了瑪雅文明崩潰所引起的政治變化，從而崛起成為一個新的地方勢力。它廢棄了神王，建立了執政委員會，並控制該地區的貿易路線。直到1511年左右西班牙人來了，瑪雅文明開始真正走向終結。