劇本可以說是整個動漫的核心，這部動漫的整體故事結構如果提煉出來，完全可以寫一篇優秀的中篇小說。在其劇情的打磨程度來說，同期國內作品可以與之比肩的寥寥無幾，接下來我們就來探討一下《超獸武裝》在每個平行宇宙所表達的主題。
一、第二平行宇宙——種族矛盾
在這個平行宇宙的地球上，存在著兩個極為相似的種族，青龍族與白龍族，他們擁有一樣的技能，文化，傳承，卻因為一場誤會，並沒有誰對誰錯，卻引發了激烈的矛盾衝突，最後內耗嚴重而徹底衰敗。
二、第三平行宇宙——自由與奴役
這個地方和第二平行宇宙存在相似的地方，就是依舊是以族群問題為起點，但是討論的東西卻完全不同。這個宇宙的故事線中，金象族和鯨鯊族在不同時期出現了相互奴役的情況，以泰雷和鯨鯊王的鬥爭為主線，對自由與壓迫，強與弱，愛與欲望進行了深入的探討
三、第四平行宇宙——個人英雄主義
雲蝠軍團本身是無善惡屬性的，夜凌雲在統領雲蝠軍團後，表現出了明顯的個人英雄主義，雲蝠陣便是其個人英雄主義的產物，也因為雲蝠陣，導致了雲蝠軍團的毀滅，回到十萬年前，他選擇了站在集體主義那一邊，並勸說過去的自己，站在了雲蝠軍團中，而不是站在他們的前面。
四、第五平行宇宙——弱肉強食、身份和個人立場的衝突
這裡是冥王的宇宙，十萬年前冥王的部隊還很弱小，所以冥王深知弱肉強食的道理，變強、遵守自然法則、不輕易相信別人，做好萬全之策，經歷孤獨等都表達了冥王對這個世界的思考。而天羽的人物形象和她母親的人物形象相關聯。一個接受了身份，一個是拋棄了身份，當身份認知與個人立場產生了強烈矛盾衝突時，應該怎麼選擇，也是這個宇宙的一大主題
五、第六平行宇宙——歧視與偏見，戰爭與和平
這個宇宙的設定，雪皇聖母宣揚愛與和平，但該政權的統治和冥王連年徵戰，和平就不用說了。至於愛，看風影在這個國度的遭遇就知道了，這只是個政治口號罷了，認真貫徹的恐怕只有元正一人。歧視與偏見，風影並沒有背叛雪皇，但是在長期的歧視與偏見下，背叛這件事就無中生有了；政治口號的表相，宣揚愛與和平的政權也一樣有著奴隸制，一樣以無辜嬰兒脅迫；謠言以假亂真，風影的背叛是長期存在的一個謠言，到最後風耀也相信了這件事，三人成虎的道理在這裡體現得淋漓盡致，
六、第七平行宇宙——匹夫無罪，懷璧其罪。
這個宇宙的主人biabu和別的宇宙不同，他們是一個真正的愛好和平、與世無爭的種族，但他們擁有著豐富的能源與重要戰略資源，在戰爭中無可避免地被捲入，並且遭到滅族慘禍。
綜上所述，這部動漫可以說對青少年價值觀和世界觀的形成有著極其積極的作用。而且劇情的打磨和邏輯十分到位的，反觀現在很多的國產動漫，光是合情合理都算是謝天謝地了，邏輯崩壞的情況比比皆是，更別說對青少年有什麼啟發性了。所以其劇本優秀便是該動漫最突出最核心的優點。