未來，一場史無前例的地質災難摧毀了人類文明，地球生物幾近滅亡。舊世界的一座浮空堡壘因為其特殊性，僥倖度過了這場大災難，天空中的倖存者為它取名為「燈塔」，寓意「照亮人類最後的未來」。
然後在大災難之後，支離破碎的大地上逐漸出現了一種新的生態系統，詭異的植物在夜光下閃爍著微光，兇殘的怪獸四處獵殺人類，俯瞰一切的燈塔人將這座空中城市當作了最後的庇護所。
為了更有效的應對末日的威脅，冷酷嚴苛的生存法則在燈塔內孕育而生，人們只能在扭曲壓抑中勉強度日。同時，燈塔保持浮空需要不斷的能源供給，在與日俱增的地面威脅下，他們組織了名為「獵荒者」的作戰小隊。
為了保證生存與延續，燈塔信奉理性和絕對的秩序，各個階層分工明確，但始終無法解決根本問題，燈塔人口眾多但是資源有限，為了保持燈塔穩定有序的運行下去，燈塔制定了嚴厲的三大生存法則，其中內容為：
1、鄙視拋棄舊時代的家庭，親情，愛情，婚姻等觀念。
2、明確等級機制，所有的一切分配製度都需要按照貢獻點以及上級命令執行（即城主）。
3、燈塔通過基因檢測將居民分為上民和塵民，上民身份地位遠遠大於塵民，擁有比塵民更多的生存權利，例如上民擁有繁殖生育被選擇權，在物質方面的待遇也遠遠好於塵民。
燈塔上設置了光影協會以及城防軍，其表面目的都是為了維持燈塔上的穩定秩序，在之前，我們都認為這三大生存法則的設置是為了能讓燈塔人可以活得更久，但在最新情報中顯示，城主設置殘酷的生存法則其背後隱藏著一個驚天大秘密：篩選基因，為重返地面做準備。
從上面的三條生存法則中，我們可以看到其表面是為了維持秩序，避免混亂，其實它的真實目的是想通過基因檢測，篩選出適合地面生存的基因。上民們的基因普遍比塵民優秀，這樣的基因更適合於作戰，馬克和紅蔻就是其中的佼佼者。
目前地面生態環境已經不適合人類居住，弱小的人類無法抵禦噬極獸的攻擊，也無法免疫腥紅素的入侵，甚至還有其他未知的危險隱藏在暗處，燈塔人這樣手無寸鐵的重返地面只會成為噬極獸的食餌。為此，城主摩根參與了人類基因改造計劃，讓人類身體機能變得更加強大。
作為燈塔的頭腦，摩根如果只是想著如何讓人類在半空中活下去實際上是不現實的，能源總會消耗完，燈塔也不可能永遠保持運轉，獵荒者每次在地面採集物資都會遭到嚴重損失，人員補充已經面臨困境。作為高瞻遠矚的城主，一定會想著找到一個可以一勞永逸解決問題的計劃，這個萬全之策是什麼呢，那就是重返地面，再次成為陸地的主人。只有消除了自己製造出來的麻煩，人類才能完成贖罪，才能有尊嚴地活下去。
當然這個計劃也不是一蹴而就的，而是需要歷經幾代人，甚至幾十代人的基因定向選擇才有可能成功，這也就是為什麼上民雖然擁有繁殖生育權，但也只能是被動式的原因。但這種犧牲絕大部分人，只會讓一小撮人擁有生存權利的做法註定是得不到大家理解的，在生存面前，每個人都是自私的。為此，燈塔要想實施這個計劃，就必須學會偽裝，學會隱忍。理解到這點，你就能明白《靈籠》所展現的故事內核是有多麼震撼人心，與噬極獸的戰鬥雖然驚心動魄，但無聲的計劃才是燈塔最後的希望。
在當被馬克告知地面上還有人類生存的時候，城主其實很清楚的明白，地面上確實還有人類生存，但我們燈塔人目前還做不到這點，燈塔還需要更多的時間來等待多年以前種下的希望種子發芽。當馬克生命垂危進手術室的時候，強大的基因所展現出來的能力，讓見慣了大場面的嘉莉博士也不禁感嘆：馬克才是燈塔上最大的財富。
在當馬克送進焚燒爐，眾人紛紛離開的時候，城主摩根的自言自語直接點明三大生存法則背後隱藏的企圖，維持燈塔秩序只是表象，真實目的是為了培育出更適合在末日環境下生存的人類，這樣才有希望重返地面，否則，人類一直棲息在「鳥籠」中是沒有未來的。作為目前基因表現最強大的馬克之死，城主心中的希望破滅了，實行了幾十年的人類重返地面計劃遭遇到了重大挫折。
而經歷了絕望，看到馬克破壁而出的瞬間，我相信佔據城主內心更多的並不是恐懼，而是期待已久的欣喜，燈塔人類在此刻又重新擁有了希望，雖然距離重返地面還有很長一段距離，但在實驗室中，馬克的特殊細胞能吞噬脊蠱細胞就已經說明了當年城主與他老師團隊的計劃是可行的，何況不懼高溫的「怪人」出現，讓燈塔已經擁有了對抗噬極獸的武器，多年以後，人類或許會感謝這位「殘忍」的城主吧。
在地面危機還沒來臨之前，生物科技水平已經非常發達，人類基因的無限潛力讓人們感覺到永生指日可待，人類日益膨脹的貪慾造就了這場危機。面對人類自己濫用技術造成的危機，再次使用基因改造來企圖消除危機，這招也實在是無奈之舉，讓人覺得非常諷刺。
《靈籠》作為一部末日題材的動漫，在宣傳環境保護方面的手法也是獨樹一幟，通過描繪地面的寂靜以及噬極獸的恐怖，而倖存的人類只能躲在燈塔中苟活，對比之下反映出人類破壞環境的代價有多麼嚴重。而《靈籠》中季也即將完結，在後續劇情，相信燈塔處理完內部問題之後，將會廢除三大法則，集體發起「重返地面」的總攻號角。
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