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幾個計劃的博弈，在第十七使徒渚薰—「自由」出現前，Seele和NERV是表面上下級實際為合作的關係，因為他們都要阻止使徒的計劃，不能讓使徒的靈魂碰到亞當的肉體。但是，碇源堂讓使徒和Seele都誤會了一件事：NERV裡面不是亞當的肉體，而是莉莉絲的。真正的亞當肉體應該已經被微縮成胚胎被碇源堂移植到了右手中(加持良治交給他的東西)(加持良治是Nerv派到Seele的間諜，又被Seele信任派到NERV當間諜，也是碇源堂能瞞天過海的關鍵)
名為EVA的人形兵器
EVA名義上被叫做兵器，實際上是人類補完計劃的一部分，亞當肉體的複製，但不完整，沒有使徒的關鍵S2機關，無法自己產生能量。而且，要防止使徒碰觸到亞當的肉體，因此用裝甲把他們包了起來。所以從前以為EVA的裝甲是來保護駕駛員的，其實不是來保護他們的，而是要防止肉體的暴露阻止使徒的直接接觸，並且限制EVA肉體的力量，這一點光從裝甲的名字就可以看出來：拘束器。而初號機是莉莉絲的複製，有別於其他機體。
很多人都應該記得有一集，初號機暴走，那真的驚到我了，初號機直接吃掉了十三使徒的S2機關，成為了完整的使徒肉體，所以後來他才是唯一能觸發第三次衝擊的關鍵，但當時只有碇源堂知道。Seele怕出事不敢用初號機試驗，所以第一選擇仍然是他們想像中被囚禁在最終教條區的亞當肉體。
第三次衝擊的發生
當十七使徒渚薰到達最終教條區時，發現亞當的肉體被替換成了莉莉絲的肉體，而亞當的肉體不知所蹤。這時候Seele才真正意識到碇源堂背叛了他們，因此在「air真心為你」這部劇場版，才看到了Seele活捉初號機、抓捕碇源堂的行為，因為他們不知道亞當的肉體哪兒去了，要審問碇源堂;既然找不到亞當的肉體就要控制好初號機。
這時候碇源堂選擇了把亞當的肉體交給凌波麗，正好可以讓莉莉絲的靈魂和亞當的肉體結合，但可惜的是，凌波麗選擇了碇真嗣，於是接著凌波麗回歸莉莉絲肉體並且和初號機結合，觸發了第三次衝擊，而碇真嗣最後成為「神」，活了下來。
關於「AT力場」
AT力場是「Absolute Terror Field」的縮寫(又名 絕對領域)。在tv版的頭幾集裡，擁有AT力場的使徒幾乎能抵擋所有常規武器的攻擊，讓聯合軍很是頭痛，最後只能讓NERV派出EVA上場，只有另一個AT力場(比如Eva的)才可能將其中和，這在一號機暴走時，可以看到一號機一招就打破了十三使徒的AT力場。
而在之後，AT力場的含義被深化為「將自身與其他自我和客觀世界分割開的一面牆」，「每個生物都有AT力場」的道理也被揭示出來。AT力場同時也是寂寞與痛苦的原因，即有些人因為寂寞而痛苦，而接近他人時也會痛苦，與他人靠的越近，痛苦越大(亦有心之壁的說法)。
還有一點，我們人類也有AT力場，但因為人類擁有的是智慧果實，所以人類在AT力場方面，就比較弱勢，只能剛好保持人類自身身體的完整。在EVA中，有一個關於「人」的方程式：LCL + AT力場 + 靈魂 = 完整身體與靈魂的人
我們人類，身體是由LCL所組成。原本，這些LCL沒什麼特別，只是一些基本的元素的集合，但遇上靈魂之後，靈魂就會產生AT力場(心之壁)，這個力場，維繫了LCL中各種元素，結果便得出一個完整的身體，讓人的靈魂在此中寄宿，這就是一個生命體了。
LCL溶液
LCL是「Link Connected Liquid」的縮寫。注入插入栓的淡黃色粘稠液體，帶有血腥味。
後分解為LCL來看，其物質構成可能就是生命形成的基礎，生命之水。駕駛員搭乘後，由電核重組分子組成，將駕駛員的神經與EVA連接，向駛駕員肺部直接提供氧氣，同時還可以在戰鬥減緩物理性衝擊、隔絕精神性攻擊，擔負生命維持的任務。其存在的形態，令人聯想到羊水。
LCL溶液來源自—中央教條內有LCL之海，且莉莉絲的身體在不斷流出LCL，匯入此海。LCL之海是一個沒有AT力場的世界。在這個世界，人類的意識無分彼此，所有人的靈魂都棲息於由莉莉斯的血構成的巨大海洋之內。這是SEELE認為人類存在的終極理想形態，亦是該組織執行的人類補完計劃的最終目標。
下一篇進入結局篇，絕對高能！