為了讓大家從更專業的角度搜集並使用數據,這裡搜集並整理了一些非常有用的數據資源(庫)。
註:下文紫色資源🔒表示需要付費,橘色資源🔓表示免費獲取。
BIOSIS Previews🔒
這裡不僅有Biological Abstracts 的雜誌內容,還包括一些未被期刊收錄的報告、綜述和會議等信息。
來源:湯森·路透(Thomas Reuters)
Cambridge Structural Database (CSD)🔓
這是一個專門匯總小分子有機物和金屬有機晶體結構的資源庫,包括了五十萬個X光線和中子衍射分析結果。
來源:英國劍橋晶體學數據中心(The Cambridge Crystallographic Data Centre)
ChEMBL🔓
這裡有大量的生物活性數據、功能數據以及ADMET(藥物的吸收, 分配, 代謝, 排洩和毒性)生物活性數據資源。
來源:英國歐洲生物信息學研究所(European Bioinformatic Institute)
Chemical Entities of Biological Interest (ChEBI)🔓
專注於小分子化合物。
來源:英國歐洲生物信息學研究所(European Bioinformatic Institute)隸屬Open Biomedical Ontologies
Chemicalize.org🔒
提供基於網頁端的化學結構鑑定功能及其他文本,部分功能免費。
來源:匈牙利ChemAxon
ChemInform RxnFinder🔒
屬於ChemInform Reaction Library (CIRX)的一種搜尋引擎服務,包括了從1990年到現在100多種期刊中的兩百多萬種反應數據。是合成有機化學家的工具。
來源:Wiley
TOXNET🔓
包含的數據類型有化合物與藥物、疾病與環境、環境健康、職業安全衛生、毒害、風險評估與法規以及毒理學。
來源:美國毒理學與環境健康信息計劃(Toxicology and Environmental Health Information Program)
ChemPlanner🔒
通過預測合成策略和一系列廣泛的相關合成方法以及可用構建幫助化學家為目標分子設計不同的合成路線。
來源:Wiley
ChemSpider🔓
專業的化學結構資料庫,有超過四千三百萬種的結構、屬性以及相關信息數據。
來源:英國皇家化學協會(Royal Society of Chemistry—RSC)
ChemSub Online🔓
是由個人組織建立的資料庫,主要包括化學物質信息。
來源:Robert Charles Knight和Aniruddha Warakoutikha
ChemSynthesis🔓
合成參照物和物理性質的化學品數據。
來源:ChemSynthesis 小組
Computer Aided Material Preselection by Uniform Standards (CAMPUS)🔓
來自參與材料生產商的樹脂資料庫,這裡的資料庫僅包括了嚴格執行統一標準的可比較的材料信息。
來源:德國Chemie Wirtschaftsförderungs股份有限公司
Crystal Works🔓
Chemical Database Service提供了大量的晶體結構數據。
來源:英國科技設施委員會(Science and Technology Facilities Council)
Derwent World Patent Index (DWPISM)🔒
主要為專利信息數據。
來源:湯森·路透(Thomson Reuters)
DETHERM🔒
純物質和混合物的熱物理數據。
來源:德國DECHEMA e.V
Dmoz – NMR spectra Database🔓
核磁共振譜數據。
來源:全球志願編輯社區(global community of volunteer editors)
Drug Bank🔓
將詳細藥物數據與綜合全面藥物標靶信息結合的生物信息學與化學信息學資料庫。
來源:加拿大國立衛生研究所(Canadian Institutes of Health Research)丨阿爾伯塔創新-健康解決方案(Alberta Innovates – Health Solutions)丨代謝組學創新中心(TMIC)
eMolecules🔓
化學物質信息提供者。
來源:eMolecules, Inc.
Electronic Encyclopedia of Reagents for Organic Synthesis (eROS)🔒
為所有從事有機合成工作的化學家提供的試劑和催化劑信息。
來源:Wiley
Eurochem🔓
化學與相關行業的綜合指導目錄及搜尋引擎。
來源:瑞士歐羅化工集團股份公司(EuroChem Group AG)
Google Scholar🔓
學術文獻資料的基礎搜尋引擎。
來源:谷歌
hmdb – The Human Metabolome Database🔓
人類內發現的小分子代謝物數據的詳細信息。
來源:加拿大代謝組學創新中心(The Metabolic Innovation Centre)
Inorganic Crystal Structure Database (ICSD)🔒
完整地無機晶體結構鑑定,包含了177,000同行評審過的數據條目。
來源:德國FIZ卡爾斯魯厄股份有限公司-萊布尼茲的信息基礎設施研究院(FIZ Karlsruhe – Leibniz-Institut für Information sinfrastruktur)
International Patent Documentation Center Database (INPADOC)🔒
國際專利匯總,包含同族專利和法律狀態信息,每周更新。
來源:歐洲專利局(European Patent Office—EPO)
IUPAC Standards Online🔒
國際理論和應用化學聯合會(IUPAC)標準資料庫,提取自Pure and Applied Chemistry雜誌。
來源:德國Walter de Gruyter股份有限公司
KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes🔓
分子水平層面的生物系統高級功能與效用資料庫資源,尤其涵蓋了基因組測序和其他高通量實驗技術產生的大規模分子數據集。
來源:Kanehisa實驗室
Merck Index🔒
化學品、藥物和生物製品的大百科全書,10,000個單一物質或者相關化合物基團專著,包括有機命名反應專論附錄。
來源:英國皇家化學協會(Royal Society of Chemistry—RSC)
MMsINC Search🔓
商用虛擬篩選和化學信息學使用列表。
來源:義大利帕多瓦大學
NIST Chemistry WebBook🔓
40,000多種化合物的化學和物理屬性數據。
來源:美國國家標準與技術研究所(NIST)
NMRShiftDB🔓
有機結構的核磁共振(NMR)光譜數據,可以進行頻譜預測((13C、 1H及其他原子核),光譜、結構及其他屬性的搜索。
資料來源:NMRShiftDB 項目
eChemPortal🔓
生態毒性、環境歸趨和命運及毒性的物理化學屬性。
來源:經濟合作與發展組織(OECD)
OpenFoodTox🔓
歐洲食品安全局(EFSA)風險評估使用的毒理學信息摘要,包括食物和餵送鏈中的有毒物質,每年更新一次。
來源:歐洲食品安全局(EFSA)
OrgSyn🔓
有機化合物合成的詳細步驟。
來源:Organic Syntheses, Inc.
PubChem🔓
小分子的生物活性信息。
來源:美國國家生物技術信息中心(NBI)
PubMed
來自MEDLINE、生命科學期刊和在線圖書的兩千四百多萬個生物醫學文獻引文,引文包含了PubMed Central和發行網站的全文內容連結。
來源:美國國家生物技術信息中心(NBI)丨美國國家醫學圖書館丨美國國立衛生研究院
Reaxys🔒
Beilstein和Gmelin資料庫的引用數據,包括化學專利。
來源:Elsevier
Science of Synthesis🔒
包括有機和有機金屬化學從十九世紀至今所研發的合成方法的評論。
來源:Thieme
SciFinder🔒
化學與相關科學中的參考文獻、物質和反應的綜合權威資源。
來源:化學文摘社(CAS)
Scopus🔒
同行評審文獻、科學期刊、書籍和會議錄的摘要和引文資料庫,具有跟蹤、分析以及可視化研究功能。
來源:Elsevier
Spectra Lab🔒
使用經驗譜數據(二百二十多萬條MS、NMR和IR 光譜)的光譜數據系統,先進的軟體功能可以幫助化學家、毒理學家和生命科學家鑑定化學物質。
來源:Wiley
Spectral Database for Organic Compounds (SDBS)🔓
有機化合物的綜合光譜資料庫系統,包括34.600個化合物的六種不同類型的光譜(EI-MS、1H-NMR、13C-NMR、FT-IR、Raman、ESR)。
來源:日本國家先進工業科學技術研究所(AIST)
Springer Materials🔒
250, 000種材料和化學系統的3000個物理和化學屬性的數值和圖形數據。
來源:Springer
Web of Science🔒
通過引文和受控標引權威資料庫為出版物與研究者之間建立關聯。
來源:Clarivate Analytics
World Wide Protein Data Bank (wwPDB)🔓
蛋白質、核酸和複雜組裝體的3D結構信息。
來源:全球蛋白質資料庫基金會(Worldwide Protein Data Bank Foundation)
嘉峪檢測網AnyTesting.com🔓
第三方實驗分包平臺,6000家科研機構、高校實驗室,150萬實驗項目信息。
來源:北京優測科技發展有限公司
ZINC🔓
專門為虛擬篩選搜集的商用化合物,包含三千五百多萬中化合物的3D格式。
來源:美國加利福尼亞大學舊金山分校Irwin和shoichet實驗室
Toxnet (Toxicology Data Network)
是美國國立醫學圖書館編纂的關於藥理、毒理學的文獻資料庫,擁有一百多萬篇關於化學和毒物學的索引資料,是目前在毒理學領域資料最為全面的資料庫。自1998年8月15日起,美國國立醫學圖書館將此資料庫放入國際網際網路,人們可以免費使用此資料庫。
IPCS(International Program on Chemical Safety )
國際化學品安全規劃局網站是世界範圍通常使用的數據快速訪問通道,其資料庫整合有大量關於對化學品進行國際同行評議的信息,數據來源於許多國家政府間組織。
INTOX
衛生工作者感興趣的是整合有毒資料及毒物接觸管理信息的資料庫。
Chemfinder
該網站部分為公眾提供免費服務、部分屬於商業運作,是一個不錯的提供原創信息的站點,公眾可從中查詢特殊化學品的資料。
ATSDR
美國毒物和疾病登記署ATDR提供的化學品毒性信息
ILPI/MSDS
如今,通過國際網際網路可以訪問到大量MSDS資料庫,這些資料對純化學品的適用性比混合化學品(按配方製造的產品)更強。
NIOSH 危險化學品使用手冊
《危險化學品使用手冊》是美國國家職業安全衛生研究所出版的一本旨在幫助讀者識別和控制化學物質的職業危害的專業書籍。為勞動者、用人單位和職業衛生專業人員提供了簡明、通用的工業衛生信息來源。本手冊以簡表的形式提供了作業環境中常見的化學物質(如錳化合物、碲化合物、無機錫化合物等)的關鍵信息和數據。這些信息旨在幫助讀者識別和控制化學物質的職業危害。
由新澤西衛生部開發,所有數據可供下載
OSHA 技術連結
由美國職業安全和健康署製作。該站點從OSHA及其他機構的參考材料中選取有關職業安全和健康的綜合性信息提供查閱,其內容包括: 分析方法;苯系物;致癌物;化學物樣品信息;危險藥物;有毒物質;危險廢料;重金屬;室內空氣品質等。
還有這些。。。
1、Organic Syntheses(有機合成手冊), John Wiley & Sons(免費)
2、PubMed: MEDLINE和PREMEDLINE(免費)
3、從ChemWeb檢索Beilstein Abstracts (fromerly known as NetFire)(免費)
4、中藥化學資料庫TCMD
5、Chem Sources
6、ChemACX.com (化學品目錄、價格)(部分免費)
7、Glossary of Biochemistry and Molecular Biology (生物化學和分子生物學術語)(免費)
8、分子的3D顯示: WebMolecules(免費)
9、美國國家生物技術信息中心NCBI提供的免費資料庫Entrez(免費)
10、美國引地安那大學測試的X光衍射晶體結構數據 (1348個樣品)(部分免費)
11、歐洲生物信息學所EBI提供的免費資料庫(免費)
12、日本GenomeNet提供的分子生物學免費資料庫(免費)
13、物性、質譜、晶體結構資料庫(Kelvin, Dalton, Angstrom), JST(免費)
14、小分子生物活性資料庫ChemBank(免費)
15、藥物使用指南, USP DI(免費)
16、Ashley Abstracts Database (藥物研發、市場文獻摘要)(免費)
17、CASREACT - Chemical Reactions Database(CAS的化學反應資料庫)
18、CATH Protein Structure Classification (蛋白質結構分類)(免費)
19、Databases and Tools for 3-D Protein Structure Comparison and Alignment (三維蛋白質結構對比)(免費)
20、Natural Product Updates (NPU)
21、Properties of Organic Compounds on CD ROM, Version 5.0
22、Protein Data Bank (PDB, 蛋白質資料庫)(免費)
23、QCLDB (量子化學文獻資料庫)(部分免費)
24、Sigma-Aldrich Library of Rare Chemicals (2002 CD-ROM Database)
25、The Merck Index: CDROM Windows Version 12.3
26、從ChemWeb.com檢索MDL的化學品/廠家目錄:ACD(部分免費)
27、從ChemWeb.com檢索藥物交易信息庫PharmaDeals(部分免費)
28、從ChemWeb檢索CCD (Chapman & Hall/CRC Combined Chemical Dictionary)(部分免費)
29、從ChemWeb檢索有機藥物用途及別名庫Negwer: organic-chemical drugs and their synonyms(部分免費)
30、酶命名資料庫(ENZYME-Enzyme nomenclature database)(免費)
31、美國常用藥品索引庫RxList(免費)
32、美國斯克利普斯研究院:金屬蛋白質結構和設計項目(Metalloprotein Structure and Design Program at the Scripps Research Institute)(免費)
33、日本豐橋大學 Jinno實驗室的研究資料庫(液相色譜、多環芳烴/藥物/殺蟲劑的紫外譜、物性)(免費)
34、有機合成文獻綜述資料庫Synthesis Reviews(免費)
35、2-D聚丙烯醯胺凝膠電泳資料庫(丹麥,Danish Centre for Human Genome Research's 2-D PAGE Databases)(免費)
36、AntiBase (微生物、高等真菌)
37、AQUASOL dATAbASE of Aqueous Solubility (水溶液溶解度數據)
38、Arachnova藥物研究機構資料庫CRO(免費)
39、ASINEX Ltd. (組合化學樣品庫)
40、BBID-Biological Biochemical Image Database
41、BIND - The Biomolecular Interaction Network Database.(免費)
42、BioCatalysis (生物催化資料庫)
43、BioMagResBank (BMRBlack Eye: 多肽、蛋白質、核酸等的核磁共振數據存儲庫(免費)
44、BIOSTER (相似生物活性資料庫)
45、Biotransfromations (生物轉化資料庫)
46、CAZY - Carbohydrate -Active enZYmes (法國,有關碳水化合物和酶的資料庫)(免費)
47、CBS Data Sets (丹麥生物信息資料庫)(免費)
48、CHIRBASE (手性色譜分離資料庫)
49、COMe-the bioinorganic motif database (生物無機模體資料庫)(免費)
50、Comprehensive Medicinal Chemistry (CMC)
51、Cytokine Family Database (dbCFC) (細胞因子資料庫)(免費)
52、Database of Macromolecular Movements(免費)
53、DNA Methylation Database (DNA 甲基化資料庫)(免費)
54、Drug Database: 一些藥物分子的2D和3D結構(免費)
55、DTP Data Search, Developmental Therapeutics Program, NIH
56、ECDYBASE (The Ecdysone Handbook)(免費)
57、ERMS:歐洲海洋生物物種庫
58、GenBank:美國健康研究院基因序列資料庫(NIH genetic sequence database)(免費)
59、GlycoSuiteDB (多糖/聚糖/多聚糖結構庫)(部分免費)
60、GlycoSuiteDB (有關聚糖結構的資料庫,總部在澳大利亞)
61、IHC World (免疫組織化學在線資源)(免費)
62、ILL's 3D structure gallery in VRML (各種有趣的無機材料的3D結構)
63、IMB Jena Image Library of Biological Macromolecules (生物大分子三維結構圖片庫)(免費)
64、INTERACT - Protein-Protein Interaction database at The University of Manchester
65、IRIS, EPA (對人體有害物質信息庫)(免費)
66、KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(免費)
67、Klotho: Biochemical Compounds Declarative Database(免費)
68、LIPIDAT (脂類資料庫)
69、LIPIDBANK for Web (脂類資料庫)
70、Marinlit (海洋天然產物文獻資料庫)
71、MDL Drug Data Report (MDDR)
72、MedChem/Biobyte QSAR database(免費)
73、Merck Synopsis online(製藥原料庫)(部分免費)
74、Metabolism database (代謝資料庫)
75、Metalloprotein Database and Browser (有關金屬蛋白的資料庫)(免費)
76、Methods in Organic Synthesis (可結構檢索)
77、MINT: a Molecular INTeraction database(免費)
78、NCI-3D庫, NLM, NIH (2D子結構檢索、3D結構顯示)(免費)
79、 NIH的DTP可下載的資料庫(免費)
80、NUTRACEUT (營養保健品文獻庫)
81、Pesticide Action Network Pesticide Database Pharmaprojects(在研新藥動態)
82、PlantsP: Functional Genomics of Plant Phosphorylation
83、PROMISE: 蛋白質活性位點的輔基和金屬離子(免費)
84、Protecting Groups (保護基團資料庫)
85、Receptor Database (RDB, 受體資料庫)(免費)
86、RNA modification database
87、RNA Structure Database (RNA 結構資料庫)
88、Science of Synthesis: Houben-Weyl Methods of Molecular Transfromation
89、Separation of enantiomers by chiral chromatography/chiral HPLC (對映異構體的分離)
90、Solid-Phase Synthesis database (固相有機合成)
91、SweeT-DB (糖類化合物資料庫)(免費)
92、Synthline: 藥物合成資料庫光碟
93、The MIPS Comprehensive Yeast Genome Database (CYGD)(免費)
94、WFCC-MIRCEN 國際微生物數據中心
95、胺基酸結構、性質, U. C. Davis
96、澳大利亞細菌多糖基因資料庫 (Bacterial Polysaccharide Gene Database (BPGD))
97、從ChemWeb.com檢索InfoChem中的結構和反應(部分免費)
98、從ChemWeb檢索有機合成文摘庫ChemInfrom
99、大分子結構資料庫MMDB (Molecular Modelling Database)
100、蛋白激酶資料庫 Protein Kinase Resource (PKR)
101、蛋白質二級結構匹配Secondary Structure Matching (SSM)(免費)
102、蛋白質結構分類(SCOP)資料庫(免費)
103、蛋白質晶體的重原子衍生物資料庫:Heavy Atom Databank (HAD)(免費)
104、蛋白質直系同源簇(COGs)資料庫(免費)
105、毒性物質與健康和環境資料庫(TSCATS)(免費)
106、核酸資料庫(Nucleic Acid Database)(免費)
107、化工產品、配方等資料庫,上海有機所課程材料:800個分子3D結構顯示庫 (Data Book of Molecules)
108、臨床試驗信息網站(ClinicalTrials.gov)
109、臨床藥物試驗研究信息(免費)
110、酶信息系統BRENDA(免費)
111、美國EPA/OPP註冊的殺蟲劑產品資料庫(免費)
112、美國FDA的食品添加劑目錄信息EAFUS(免費)
113、美國FDA與食品接觸的物品的添加劑目錄(免費)
114、美國NCBI的表達序列標記資料庫(dbEST)
115、美國NCBI的序列標記位點資料庫(dbSTS: database of "Sequence Tagged Sites")
116、美國國家農藥信息檢索系統 (NPIRS)
117、美國國家醫學圖書館:化合物結構資料庫系列(SIS)
118、美國藥典United States Pharmacopeia (USP)
119、美國一些實驗室測定的分子的晶體結構數據Reciprocal Net(部分免費)
120、歐洲核糖體RNA資料庫(European ribosomal RNA database,比利時)(免費)
121、日本DNA資料庫( DNA Data Bank of Japan( DDBJ))(免費)
122、溶度參數Internet資源導航溶劑選擇資料庫(免費)
123、溶解度(溶度)數據源Solubility Resources, Caltech
124、殺蟲劑毒性庫EXTOXNET(免費)
125、生物催化/生物降解資料庫,University of Minnesota(免費)
126、生物分子和生物化學資料庫 (哈佛大學)(免費)
127、生物化學和分子生物學資源導航(哈佛大學)
127、失敗的化學反應資料庫Failed Reactions database
128、世界藥物索引WDI (所有上市的藥物、正在開發的藥物)
129、手性藥物資料庫(免費)
130、通過美國FDA審查的藥物目錄(免費)
131、無機晶體結構資料庫ICSD (Inorganic Crystal Structure Database) Windows版
132、相互作用的蛋白質資料庫(DIP)(免費)
133、新抗生素資料庫 (Novel Antibiotics Data Base)(免費)
134、藥物研究與開發庫: Ensemble
135、藥物研究與開發信息庫Pharma-Transfer(部分免費)
136、應用化學資料庫(免費)
137、英國倫敦大學學院:生物化學與分子生物學系Biocomputing (提供蛋白質等生物信息資源的結構以及計算數據、結構)(免費)
138、油水分配係數LogP庫演示(免費)
139、有機合成方法資料庫ChemKey Search Database
140、預測LogP和LogW(免費)
141、在研藥物資料庫IDdb
144、植物化學與民族植物學資料庫(Dr. Duke's Phytochemical and Ethnobotanical Databases)(免費)
145、中醫藥在線 (中醫藥資料庫系列)
146、Complex Carbohydrate Structure Database (CarbBank)(免費)
147、中藥化學信息資料庫