第一章：人類反抗軍
寶箱：共9個
第一節：城市廢墟
step1.2B重新被製造並且出現在YoRHa基地當中。在走廊處她重遇了也被重新製造的9S，可是他已經遺忘了之前與2B奮戰的經歷，而且在戰鬥中萌生出來的情感也無影無蹤了，這對於有記憶殘存的2B來說是一種折磨。
隨後2B的系統會進入重啟，其中會播放一條關於《尼爾》世界觀的小短片。
劇情：公元5012年，外星人大(能夠與機械結合，類似於變形金剛)舉進攻這個世界，而且逐步威脅這人類的安全。在公元5204年，人類開始反擊，他們研發出智能人造人軍團並且建立了由人造人組建的軍團——YoRHa。
他們的宗旨是攘除機械外星人，為人類而戰感到光榮。
step2.在重啟程序當中，此時進入到設置菜單。
先調整遊戲的亮度，繼而調整音量，接著是開啟自毀模式，這時候2B就可以完全甦醒過來。
在與9S的對話當中，她確定9S已經喪失了之前的記憶。
step3.前往指揮室與指揮官見面，之前2B和9S為了擊敗敵人而摧毀了自己的黑匣子(自毀)，指揮官不希望兩人再有類似的冒險行為。
既然2B和9S已經維修完畢，指揮官需要他們再次回到地表，協助人類抵抗軍進行偵察任務。
step4.前往機庫船上機甲就可以出發。
在出擊途中，9S非常疑惑上頭為何要派戰鬥型的2B去執行偵察任務。2B認為她內置的掃描系統足以應付多種情況。
step5.這時候要進行打飛機遊戲。
當進入到市區，會遭遇到發射一排電球的無人機，繞著它作順時針飛行就可以躲過電球並且靠近無人機發動攻擊。
接下來要面對兩個五輪飛行器，先解決左側釋放電球的飛行器，跟隨著它旋轉而旋轉，就可以破開電球攻擊。
而右側的飛行器則使用近戰旋轉攻擊，以槍械射擊遠距離就可以摧毀它。
step6.2B和9S降落在一座樓宇上。
在樓頂小屋左側可以找到一個上鎖的寶箱(1/9)。
跳到小屋頂部，兩人俯瞰這座廢墟城市，這時候地圖上會標記出任務地點。
這時候不建議直接從樓上跳落地面，會受到大量的傷害。
而從樓宇內部的樓梯落到有機械兵的上一層樓，在淤泥雜物的後方可以找到一個寶箱(2/9)。
step7.落到地面以後往沙漠方向跑去，在橋底(此橋是通往序幕中的工廠)下擊退三名機械兵就可以解救一臺自動販賣機(遊戲中叫作「接入點」)。
通過接入點2B可以進行存檔以及查看郵箱的操作。
此時玩家可以在廢墟城市四週遊覽順別解救這些接入點，方便之後進行存檔。
step8.在反抗軍營地入口對出的小河上可以進行釣魚，按回車鍵讓Pod進行釣魚，待一段時間過後可以再按一次回車鍵查看Pod的收穫(一般時間越長才會有收穫)，停止釣魚的話按ESC鍵即可。