葉片辨別：石菖蒲葉片色彩為暗綠色，長度適中；水菖蒲葉片色彩偏淺，長度較長。根部區分：石菖蒲外形為扁圓柱形，表皮色彩較深；水菖蒲外形更粗大，表皮色彩略淺。花朵辨別：前者外形為三稜狀，後者外形更扁部分。
一、葉片上不一樣：
石菖蒲的葉片色彩為暗綠色，長度約莫在20到50cm，從底部半數，葉脈平行散布，略微隆起。
水菖蒲葉片色彩稍淺，長度延長很長，約莫50到120cm。
二、根部的不一樣：
石菖蒲根部外形為扁圓柱形，曲折點許多，長3到20cm，直徑0.3到1cm，外面色彩較深，為棕褐色或許灰棕色。
水菖蒲外形較之前者粗大部分，分枝較少，直徑約莫在1到1.5cm左右，外面色彩略淺，最淺可偏至類白的。
三、花朵的不一樣：
石菖蒲花朵外形為三稜狀，色彩為黃綠色或許黃白色，花期約莫在2月份左右。
水菖蒲花朵外形更扁部分，花期在6到9月份，會合在春秋季。