真新鎮位於關都，那麼智爺寶可夢訓練大師生涯的起點也就是關都了，而關都地區的御三家（每批訓練家出發的時候，可以從當地的寶可夢博士那裡領取三個不同屬性的寶可夢）分別是妙蛙種子，傑尼龜和小火龍。由於御三家的限量，最主要還是因為智爺睡過了頭，與御三家失之交臂，同皮卡丘結下了不解之緣。
既然初始的寶可夢不是御三家其中的一隻，那麼只能依靠野外收服了。縱觀精靈寶可夢前五部，無印這一部算是儘可能地實現了智爺成為訓練家前的心願了，讓智爺將關都御三家全部打包帶走。那麼智爺收服的第一隻「御三家」是誰呢？很顯然是現任大木研究所的金牌調解員——妙蛙種子。而與妙蛙種子的初次相遇並不是多麼愉快的，但是妙蛙種子「調解員」的資質卻是能看出來的。
不愉快的相遇
在叢林之中，偶然發現了走路草，雖然小霞和小智都想收服它，小霞則搶佔先機消耗走路草的體力來收服。卻不料，剛扔出去精靈球被妙蛙種子用藤鞭打回去了。妙蛙種子同智爺的初次相遇卻是如此的尷尬，妙蛙種子敵視的表情和動作，很顯然智爺一行人被認定為「侵略者」了。
但是此時的智爺的表情卻非常亮眼，夢寐以求的「妙蛙種子」出現在了眼前，無限的期待讓智爺顯得非常可愛，激動的心，顫抖的手，扔出巴大蝴出戰，可想而知以失敗告終。妙蛙種子帶著受傷的走路草消失在眼皮底下。
不得不承認，此刻妙蛙種子的反應能力以及行動速度都是非常優秀的。而後面的戰鬥中，這隻妙蛙種子也展現出了驚人的實力。
寶可夢鄉的保鏢
敵視也僅僅限於素不相識的人類，對於寶可夢鄉中療傷的寶可夢，妙蛙種子自主承擔著「保鏢」的職責，而妙蛙種子負責的態度與此同時展現在我們的面前，這也為妙蛙種子今後擔任調解員打下了堅實的基礎。
面對火箭隊的來襲，獨自衝出去迎戰火箭隊，完全沒有畏懼危險，真的是太負責人了。不得不說，智爺的草系寶可夢都是比較負責任的，這應該也是一貫沿襲下來的傳統吧。
成功收服
當然，有誤解，自然也有所轉機。其實智爺並未受到妙蛙種子的厭惡，主要還是針對想擅自抓走路草的小霞，看到小霞一言不合就撞了上去。但是對待智爺呢，卻表現得相對溫和，頂頂膝蓋，從這裡便能看出其對智爺還是有一定好感的。
而真正地收服妙蛙種子還是需要火箭隊的助攻的，智爺頂著強力的吸力，推著妙蛙種子進入了屋子。雖然身體在前進，但是目光卻一直注視著智爺。當妙蛙種子單獨迎戰火箭隊時，只有智爺出來相助。
經過小翠的提議，妙蛙種子想要同智爺戰鬥，故意輸掉了比賽，成為了智爺寶可夢中的一員。雖然之後妙蛙種子沒有像小翠所說「茁壯地成長」，但是管理能力卻在今後的冒險中大幅度提高了。