在車銑複合加工中心技術高速發展的同時，也對其相應的數控編程技術提出了更高的要求，而這也是制約車銑複合加工中心設備在實際生產應用中的一個重要因素。由於車銑複合加工設備投入實際生產的應用時間還比較短，在沒有專業的複合加工解決方案的情況下，通常都是利用通用CAM 軟體編寫出部分加工程序，然後在交由技術人員對程序進行手工整合，以滿足複合加工工具機對加工程序的要求。然而這種解決方法對工藝人員的要求非常之高。
與傳統的數控編程技術相比，車銑複合加工的程序編制難點大概可以體現在以下幾個方面。
1.工藝的種類繁雜。
對於工藝人員來說，要完美使用車銑複合加工中心不僅要掌握數控車削、多軸銑削、鑽孔等多種加工方式的編程方法，還要對工序間的銜接與進退刀方式進行準確的界定。因此在進行數控編程時，就需要對當前工序、加工完成後的工序模型和加工餘量的分布有較為直觀的認識，以便於下一道工序的程序編寫和進退刀的設置。
2.程序編制過程中對於工藝路線的確定。
許多零件在車銑複合加工中心上加工時可以實現從毛胚料到成品的一次性完整加工，因此加工程序的編寫結果必須同工藝路線保持一致。同時，對於多通道並行加工也需要在數控加工程序編寫的過程中進行綜合考慮。由此看，為了實現高效的複合加工應該發展工藝 - 編程- 仿真一體化的工藝解決方案。
3.車銑複合加工編程通用CAM軟體尚不支持。
與常規的工具機設備加工相比，車銑複合加工具備的工具機運動和加工功能要複雜很多，目前市面上通用的CAM 軟體尚不足以完全支持這些先進功能的程序編寫，如在線測量、鋸斷、自動送料、尾座控制等程序的填寫。因此，利用通用CAM 軟體編制出來的程序仍然需要大量的手工編寫、調整、整合、交互的方式才能應用於自動化的車銑複合加工。
4.加工程序的整合。
目前通用CAM 軟體編寫完成後的NC 程序之間是相互獨立的，要實現車銑複合這樣複雜的自動化完整加工，需要對這些各自獨立的加工程序進行集成和整合。而這種整合必須以零件的工藝路線作為指導，因此，首先要確定出哪些程序是並行的，然後在對不同工藝方法的加工順序進行確定，並給出準確的換刀、裝卡更換、基準轉化以及進退刀指令等。
可以看出，車銑複合加工數控程序編寫難度非常大，而目前的通用CAM 軟體直接作用於車銑複合加工的話，仍然存在很多缺陷和不足。為了彌補這些不足，如果在現有通用CAD/CAM 軟體的基礎上，開發適用於產品工藝和複合加工設備的專用編程系統或許是一種更為現實的解決方案。
這一方面降低了對軟體購置的重複投資，同時也能避免由於編程平臺不統一而造成的工藝知識不能重用、人員配置複雜等缺陷。