和國內快遞最大的不同，莫過於寄國際快遞需要清關了。正常來說，清關只需要1-3天就能通過，但也不排除長時間被海關扣留的，很多時候都是因為包裹裡有敏感貨、需要繳納關稅等。
DHL、UPS、FedEx等國際快遞是採取主動報關的，也就是說，只需要提供包裹的申報種類和申報價值即可幫忙清關。而EMS則是採取抽查的方式，也就是說如果你包裹的申報價值沒超過每個國家的關稅起徵點，一般情況下都不會產生關稅，所以EMS是公認的清關能力最強的。
對於需要向海關申報被稅的包裹，這時由快遞公司通知收件人。收件人憑國際郵件領取通知單（或到貨通知單）和身份證件到海關辦理申報通關手續。正常來說，海關工作人員不會在單一包裹上停留太長時間，因為要處理的包裹數量實在是太多了。如果包裹內有違禁品，檢驗檢疫方面才會要求開箱檢查，海關人員並不私拆包裹。